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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jfu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF TLPA FROM BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM | ||||||
要素 | THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / THIOREDOXIN-LIKE (チオレドキシン) / DOUBLE DISULFIDE BRIDGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Capitani, G. / Rossmann, R. / Sargent, D.F. / Gruetter, M.G. / Richmond, T.J. / Hennecke, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure of the soluble domain of a membrane-anchored thioredoxin-like protein from Bradyrhizobium japonicum reveals unusual properties. 著者: Capitani, G. / Rossmann, R. / Sargent, D.F. / Grutter, M.G. / Richmond, T.J. / Hennecke, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jfu.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jfu.ent.gz | 69.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jfu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jfu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19788.889 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE DOMAIN OF TLPA (RESIDUES 36-221) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: TLPA / プラスミド: PMAL-P / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P43221 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.28 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Bicine, NaCl, PEG550 MME, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 7 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月4日 / 詳細: OSMIC Confocal Max-Flux |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 36890 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3346 / % possible all: 64 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→15 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.181 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.3 Å2 | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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