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- PDB-1izl: Crystal Structure of Photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1izl
タイトルCrystal Structure of Photosystem II
要素(Photosystem II: Subunit ...光化学系II) x 14
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosynthetic reaction center / Core-antenna / Thermophilic cyanobacterium / Membrane protein complex (生体膜) / Electron transfer (電子移動反応) / Energy transfer (エネルギー)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding ...cytochrome c-heme linkage / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein ...Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / クロロフィルa / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / フェオフィチン / Chem-PLA / : / : / : ...Β-カロテン / クロロフィルa / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / フェオフィチン / Chem-PLA / : / : / : / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II protein D1 / Cytochrome c-550 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kamiya, N. / Shen, J.-R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II from Thermosynechococcus vulcanus at 3.7-A resolution
著者: Kamiya, N. / Shen, J.-R.
履歴
登録2002年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年11月28日Group: Other
改定 1.42019年11月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II: Subunit PsbA
B: Photosystem II: Subunit PsbB
C: Photosystem II: Subunit PsbC
D: Photosystem II: Subunit PsbD
E: Photosystem II: Subunit PsbE
F: Photosystem II: Subunit PsbF
G: Photosystem II: Subunit PsbG
H: Photosystem II: Subunit PsbH
I: Photosystem II: Subunit PsbI
K: Photosystem II: Subunit PsbK
O: Photosystem II: Subunit PsbO
U: Photosystem II: Subunit PsbU
V: Photosystem II: Subunit PsbV
X: Photosystem II: Subunit PsbX
J: Photosystem II: Subunit PsbA
L: Photosystem II: Subunit PsbB
M: Photosystem II: Subunit PsbC
N: Photosystem II: Subunit PsbD
P: Photosystem II: Subunit PsbE
Q: Photosystem II: Subunit PsbF
R: Photosystem II: Subunit PsbG
S: Photosystem II: Subunit PsbH
T: Photosystem II: Subunit PsbI
W: Photosystem II: Subunit PsbK
Y: Photosystem II: Subunit PsbO
Z: Photosystem II: Subunit PsbU
0: Photosystem II: Subunit PsbV
1: Photosystem II: Subunit PsbX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)600,356122
ポリマ－527,69228
非ポリマー72,66394
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.377, 225.192, 308.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

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Photosystem II: Subunit ... , 14種, 28分子 AJBLCMDNEPFQGRHSITKWOYUZV0X1

#1: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbA / 光化学系II / Photosystem Q(B) protein


分子量: 39792.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P51765
#2: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbB / 光化学系II / photosystem II core light harvesting protein


分子量: 49478.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1*PLUS
#3: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbC / 光化学系II / photosystem II CP43 protein


分子量: 49868.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8*PLUS
#4: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbD / 光化学系II / photosystem II reaction center D2 protein


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: GenBank: 22297998, UniProt: Q8CM25*PLUS
#5: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbE / 光化学系II / cytochrome b559 alpha subunit


分子量: 9449.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: GenBank: 22299084, UniProt: Q8DIP0*PLUS
#6: タンパク質・ペプチド Photosystem II: Subunit PsbF / 光化学系II / cytochrome b559 beta subunit


分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: GenBank: 22299085, UniProt: Q8DIN9*PLUS
#7: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbG / 光化学系II / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18741.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II: Subunit PsbH / 光化学系II


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II: Subunit PsbI / 光化学系II


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II: Subunit PsbK / 光化学系II / Photosystem II reaction center protein K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbO / 光化学系II


分子量: 17464.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#12: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbU / 光化学系II


分子量: 8273.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#13: タンパク質 Photosystem II: Subunit PsbV / 光化学系II / Cytochrome c-550


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P56150, UniProt: P0A387*PLUS
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II: Subunit PsbX / 光化学系II


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1

-
非ポリマー , 7種, 94分子

#15: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#16: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#18: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#19: 化合物 ChemComp-PLA / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID / N-PYRIDOXYL-2-METHYLASPARTIC ACID-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 378.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N2O9P
#20: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

-
詳細

配列の詳細CHAIN B, L: THE DEPOSITOR KNOWS THE SEQUENCE. GENBANK NP_682320 (ACCESSION CODE 22299073) BUT THEY ...CHAIN B, L: THE DEPOSITOR KNOWS THE SEQUENCE. GENBANK NP_682320 (ACCESSION CODE 22299073) BUT THEY COULD NOT ASSIGN THE RESIDUES 259-344 AND 345-402. THE RESIUDES 1001-1048 AND 1049-1106 (ONLY THE ALPHA CARBONS) ARE CERTAINLY PART OF RESIDUES 259-344 AND 345-402. BUT THEY DO NOT KNOW WHETHER THESE PART IS CORRECT DIRECTION. MET GLY LEU PRO TRP TYR ARG VAL HIS THR VAL LEU ILE ASN ASP PRO GLY ARG LEU ILE ALA ALA HIS LEU MET HIS THR ALA LEU VAL ALA GLY TRP ALA GLY SER MET ALA LEU TYR GLU LEU ALA THR PHE ASP PRO SER ASP PRO VAL LEU ASN PRO MET TRP ARG GLN GLY MET PHE VAL LEU PRO PHE MET ALA ARG LEU GLY VAL THR GLY SER TRP SER GLY TRP SER ILE THR GLY GLU THR GLY ILE ASP PRO GLY PHE TRP SER PHE GLU GLY VAL ALA LEU ALA HIS ILE VAL LEU SER GLY LEU LEU PHE LEU ALA ALA CYS TRP HIS TRP VAL TYR TRP ASP LEU GLU LEU PHE ARG ASP PRO ARG THR GLY GLU PRO ALA LEU ASP LEU PRO LYS MET PHE GLY ILE HIS LEU PHE LEU ALA GLY LEU LEU CYS PHE GLY PHE GLY ALA PHE HIS LEU THR GLY LEU PHE GLY PRO GLY MET TRP VAL SER ASP PRO TYR GLY LEU THR GLY SER VAL GLN PRO VAL ALA PRO GLU TRP GLY PRO ASP GLY PHE ASN PRO TYR ASN PRO GLY GLY VAL VAL ALA HIS HIS ILE ALA ALA GLY ILE VAL GLY ILE ILE ALA GLY LEU PHE HIS ILE LEU VAL ARG PRO PRO GLN ARG LEU TYR LYS ALA LEU ARG MET GLY ASN ILE GLU THR VAL LEU SER SER SER ILE ALA ALA VAL PHE PHE ALA ALA PHE VAL VAL ALA GLY THR MET TRP TYR GLY SER ALA THR THR PRO ILE GLU LEU PHE GLY PRO THR ARG TYR GLN TRP ASP SER SER TYR PHE GLN GLN GLU ILE ASN ARG ARG VAL GLN ALA SER LEU ALA SER GLY ALA THR LEU GLU GLU ALA TRP SER ALA ILE PRO GLU LYS LEU ALA PHE TYR ASP TYR ILE GLY ASN ASN PRO ALA LYS GLY GLY LEU PHE ARG THR GLY PRO MET ASN LYS GLY ASP GLY ILE ALA GLN ALA TRP LYS GLY HIS ALA VAL PHE ARG ASN LYS GLU GLY GLU GLU LEU PHE VAL ARG ARG MET PRO ALA PHE PHE GLU SER PHE PRO VAL ILE LEU THR ASP LYS ASN GLY VAL VAL LYS ALA ASP ILE PRO PHE ARG ARG ALA GLU SER LYS TYR SER PHE GLU GLN GLN GLY VAL THR VAL SER PHE TYR GLY GLY GLU LEU ASN GLY GLN THR PHE THR ASP PRO PRO THR VAL LYS SER TYR ALA ARG LYS ALA ILE PHE GLY GLU ILE PHE GLU PHE ASP THR GLU THR LEU ASN SER ASP GLY ILE PHE ARG THR SER PRO ARG GLY TRP PHE THR PHE ALA HIS ALA VAL PHE ALA LEU LEU PHE PHE PHE GLY HIS ILE TRP HIS GLY ALA ARG THR LEU PHE ARG ASP VAL PHE SER GLY ILE ASP PRO GLU LEU SER PRO GLU GLN VAL GLU TRP GLY PHE TYR GLN LYS VAL GLY ASP VAL THR THR ARG ARG LYS GLU ALA VAL CHAIN C, M:THE DEPOSITOR KNOWS THE SEQUENCE. GENBANK NP_682421 (ACCESSION CODE 22299174) BUT THEY COULD NOT ASSIGN THE RESIDUES 299-375. THE RESIUDES 1001-1077 (ONLY THE ALPHA CARBONS) ARE CERTAINLY PART OF RESIDUES 299-375. BUT THEY DO NOT KNOW WHETHER THIS PART IS CORRECT DIRECTION. MET LYS THR LEU SER SER GLN LYS ARG TYR SER PRO VAL VAL THR LEU SER SER ASN SER ILE PHE ALA THR ASN ARG ASP GLN GLU SER SER GLY PHE ALA TRP TRP ALA GLY ASN ALA ARG LEU ILE ASN LEU SER GLY LYS LEU LEU GLY ALA HIS VAL ALA HIS ALA GLY LEU ILE VAL PHE TRP ALA GLY ALA MET THR LEU PHE GLU LEU ALA HIS PHE ILE PRO GLU LYS PRO MET TYR GLU GLN GLY LEU ILE LEU ILE PRO HIS ILE ALA THR LEU GLY TRP GLY VAL GLY PRO GLY GLY GLU VAL VAL ASP THR PHE PRO PHE PHE VAL VAL GLY VAL VAL HIS LEU ILE SER SER ALA VAL LEU GLY PHE GLY GLY VAL TYR HIS ALA ILE ARG GLY PRO GLU THR LEU GLU GLU TYR SER SER PHE PHE GLY TYR ASP TRP LYS ASP LYS ASN LYS MET THR THR ILE LEU GLY PHE HIS LEU ILE VAL LEU GLY ILE GLY ALA LEU LEU LEU VAL ALA LYS ALA MET PHE PHE GLY GLY LEU TYR ASP THR TRP ALA PRO GLY GLY GLY ASP VAL ARG VAL ILE THR ASN PRO THR LEU ASP PRO ARG VAL ILE PHE GLY TYR LEU LEU LYS SER PRO PHE GLY GLY GLU GLY TRP ILE VAL SER VAL ASN ASN LEU GLU ASP VAL VAL GLY GLY HIS ILE TRP ILE GLY LEU ILE CYS ILE ALA GLY GLY ILE TRP HIS ILE LEU THR THR PRO PHE GLY TRP ALA ARG ARG ALA PHE ILE TRP SER GLY GLU ALA TYR LEU SER TYR SER LEU GLY ALA LEU SER MET MET GLY PHE ILE ALA THR CYS PHE VAL TRP PHE ASN ASN THR VAL TYR PRO SER GLU PHE TYR GLY PRO THR GLY PRO GLU ALA SER GLN ALA GLN ALA MET THR PHE LEU ILE ARG ASP GLN LYS LEU GLY ALA ASN VAL GLY SER ALA GLN GLY PRO THR GLY LEU GLY LYS TYR LEU MET ARG SER PRO THR GLY GLU ILE ILE PHE GLY GLY GLU THR MET ARG PHE TRP ASP PHE ARG GLY PRO TRP LEU GLU PRO LEU ARG GLY PRO ASN GLY LEU ASP LEU ASN LYS ILE LYS ASN ASP ILE GLN PRO TRP GLN GLU ARG ARG ALA ALA GLU TYR MET THR HIS ALA PRO LEU GLY SER LEU ASN SER VAL GLY GLY VAL ALA THR GLU ILE ASN SER VAL ASN PHE VAL SER PRO ARG SER TRP LEU ALA THR SER HIS PHE VAL LEU ALA PHE PHE PHE LEU VAL GLY HIS LEU TRP HIS ALA GLY ARG ALA ARG ALA ALA ALA ALA GLY PHE GLU LYS GLY ILE ASP ARG GLU SER GLU PRO VAL LEU SER MET PRO SER LEU ASP CHAIN G, R:THE AUTHOR COULD NOT DECIDE THE SEQUENCE. CHAIN H, S: THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN REALLY IS THE FIRST OF THE SEQUENCE. MET ALA ARG ARG THR TRP LEU GLY ASP ILE LEU ARG PRO LEU ASN SER GLU TYR GLY LYS VAL ALA PRO GLY TRP GLY THR THR PRO LEU MET ALA VAL PHE MET GLY LEU PHE LEU VAL PHE LEU LEU ILE ILE LEU GLU ILE TYR ASN SER THR LEU ILE LEU ASP GLY VAL ASN VAL SER TRP LYS ALA LEU GLY CHAIN I, T:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN REALLY IS THE FIRST OF THE SEQUENCE. MET GLU THR LEU LYS ILE THR VAL TYR ILE VAL VAL THR PHE PHE VAL LEU LEU PHE VAL PHE GLY PHE LEU SER GLY ASP PRO ALA ARG ASN PRO LYS ARG LYS ASP LEU GLU CHAIN O, Y:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. CHAIN O INCLUDES THREE POLYPEPTIDES. RESIDUES 1-9, 10-175 AND 176-205. CHAIN Y INCLUDES FOUR POLYPEPTIDES. RESIDUES 1-37, 43-65, 67-168 AND 176-205. BUT THEY DON'T KNOW THE PART OF THE SEQUENCE WHERE EACH OF THESE PARTS CORRESPONDS TO. ALA LYS GLN THR LEU THR TYR ASP ASP ILE VAL GLY THR GLY LEU ALA ASN LYS CYS PRO THR LEU ASP ASP THR ALA ARG GLY ALA TYR PRO ILE ASP SER SER GLN THR TYR ARG ILE ALA ARG LEU CYS LEU GLN PRO THR THR PHE LEU VAL LYS GLU GLU PRO LYS ASN LYS ARG GLN GLU ALA GLU PHE VAL PRO THR LYS LEU VAL THR ARG GLU THR THR SER LEU ASP GLN ILE GLN GLY GLU LEU LYS VAL ASN SER ASP GLY SER LEU THR PHE VAL GLU GLU ASP GLY ILE ASP PHE GLN PRO VAL THR VAL GLN MET ALA GLY GLY GLU ARG ILE PRO LEU LEU PHE THR VAL LYS ASN LEU VAL ALA SER THR GLN PRO ASN VAL THR SER ILE THR THR SER THR ASP PHE LYS GLY GLU PHE ASN VAL PRO SER TYR ARG THR ALA ASN PHE LEU ASP PRO LYS GLY ARG GLY LEU ALA SER GLY TYR ASP SER ALA ILE ALA LEU PRO GLN ALA LYS GLU GLU GLU LEU ALA ARG ALA ASN VAL LYS ARG PHE SER LEU THR LYS GLY GLN ILE SER LEU ASN VAL ALA LYS VAL ASP GLY ARG THR GLY GLU ILE ALA GLY THR PHE GLU SER GLU GLN LEU SER ASP ASP ASP MET GLY ALA HIS GLU PRO HIS GLU VAL LYS ILE GLN GLY VAL PHE TYR ALA SER ILE GLU PRO ALA CHAIN U, Z:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN REALLY IS THE FIRST OF THE SEQUENCE. ALA THR ALA SER THR GLU GLU GLU LEU VAL ASN VAL VAL ASP GLU LYS LEU GLY THR ALA TYR GLY GLU LYS ILE ASP LEU ASN ASN THR ASN ILE ALA ALA PHE ILE GLN TYR ARG GLY LEU TYR PRO THR LEU ALA LYS LEU ILE VAL LYS ASN ALA PRO TYR GLU SER VAL GLU ASP VAL LEU ASN ILE PRO GLY LEU THR GLU ARG GLN LYS GLN ILE LEU ARG GLU ASN LEU GLU HIS PHE THR VAL THR GLU VAL GLU THR ALA LEU VAL GLU GLY GLY ASP ARG TYR ASN ASN GLY LEU TYR LYS CHAIN X, 1:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN REALLY IS THE FIRST OF THE SEQUENCE. MET ILE GLN SER ALA SER SER LEU LEU LEU THR ILE THR PRO SER LEU LYS GLY PHE PHE ILE GLY LEU LEU SER GLY ALA VAL VAL LEU GLY LEU THR PHE ALA VAL LEU ILE ALA ILE SER GLN ILE ASP LYS VAL GLN ARG SER LEU

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 100

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5
詳細: PEG 1450, MES, calcium chloride, magnesium sulfate, dodecyl maltoside, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 詳細: Shen, J.R., (2000) Biochemistry, 39, 14739.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14-5 mg/mlprotein11
220 mM11MgSO4
38 mM11CaCl2
46-7 %PEG145012
540 mM12MgSO4
620 mM12CaCl2
720 mMMES12pH6.5
820 mM12NaCl
90.02 %n-dodecyl beta-D-maltoside12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月21日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Rotated Inclined Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→25 Å / Num. all: 94859 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 94859 / % possible all: 95
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 94859
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 3.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.485 / SU B: 246.899 / SU ML: 2.608 / Isotropic thermal model: 1.02 / ESU R: 1.006
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: the missing atom list was suppressed. each unkown atom has C, CA, N, O atom only.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.53045 --
obs0.53045 96299 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.095 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.11 Å20 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----6.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19964 0 2840 0 22804
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.794 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.57 6812
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.53
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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