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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hmv | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF UNLIGANDED REVERSE TRANSCRIPTASE FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Rodgers, D.W. / Gamblin, S.J. / Harris, B.A. / Ray, S. / Culp, J.S. / Hellmig, B. / Woolf, D.J. / Debouck, C. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: The structure of unliganded reverse transcriptase from the human immunodeficiency virus type 1. 著者: Rodgers, D.W. / Gamblin, S.J. / Harris, B.A. / Ray, S. / Culp, J.S. / Hellmig, B. / Woolf, D.J. / Debouck, C. / Harrison, S.C. #1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1989 タイトル: Recombinant HIV-1 Reverse Transcriptase: Purification, Primary Structure, and Polymerase(Slash)Ribonuclease H Activities 著者: Misrahi, V. / Lazarus, G.M. / Miles, L.M. / Meyers, C.A. / Debouck, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hmv.cif.gz | 730.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hmv.ent.gz | 600.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hmv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/1hmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/1hmv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CONSISTS OF TWO SUBUNITS, P66 (DESIGNATED CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B). IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. COORDINATES FOR ONE MOLECULE ARE CONTAINED IN THIS ENTRY, AND THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW ARE BASED ON THE BEST SUPERPOSITION OF THIS MOLECULE ON EACH OF THE REMAINING THREE. MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD COORDINATES FOR THE OTHER THREE MOLECULES PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT. APPLIED TO WILL GENERATE MTRIX RESIDUES RESIDUES M1 A 1 .. A 554 C 1 .. C 554 M1 B 5 .. B 427 D 5 .. D 427 M2 A 1 .. A 554 E 1 .. E 554 M2 B 5 .. B 427 F 5 .. F 427 M3 A 1 .. A 554 G 1 .. G 554 M3 B 5 .. B 427 H 5 .. H 427 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64517.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: HIV-1 POL / プラスミド: POTSKF33 GENE: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 51371.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: HIV-1 POL / プラスミド: POTSKF33 GENE: HIV-1 POL / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 #3: 化合物 | ChemComp-MG / 構成要素の詳細 | THE SECONDARY STRUCTURAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 120337 / % possible obs: 85 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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