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- PDB-1hjs: Structure of two fungal beta-1,4-galactanases: searching for the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hjs
タイトルStructure of two fungal beta-1,4-galactanases: searching for the basis for temperature and pH optimum.
要素BETA-1,4-GALACTANASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / BETA-1 / 4-GALACTANASES / FAMILY 53 GLYCOSIDE HYDROLASE / THERMOSTABILITY (耐熱性) / PH OPTIMUM / CLAN GH-A / THERMOPHILE (好熱菌) / ALKALOPHILE (好アルカリ菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase / arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase activity / glucosidase activity / polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosyl hydrolase family 53 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
類似検索 - 構成要素
生物種THIELAVIA HETEROTHALLICA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Le Nours, J. / Ryttersgaard, C. / Lo Leggio, L. / Ostergaard, P.R. / Borchert, T.V. / Christensen, L.L.H. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Structure of Two Fungal Beta-1,4-Galactanases: Searching for the Basis for Temperature and Ph Optimum
著者: Le Nours, J. / Ryttersgaard, C. / Lo Leggio, L. / Ostergaard, P.R. / Borchert, T.V. / Christensen, L.L.H. / Larsen, S.
履歴
登録2003年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-1,4-GALACTANASE
B: BETA-1,4-GALACTANASE
C: BETA-1,4-GALACTANASE
D: BETA-1,4-GALACTANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,92433
ポリマ－147,3644
非ポリマー3,55929
水11,584643
1
A: BETA-1,4-GALACTANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,10911
ポリマ－36,8411
非ポリマー1,26810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-1,4-GALACTANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6798
ポリマ－36,8411
非ポリマー8387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: BETA-1,4-GALACTANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4676
ポリマ－36,8411
非ポリマー6265
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: BETA-1,4-GALACTANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6698
ポリマ－36,8411
非ポリマー8287
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.375, 136.145, 111.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
BETA-1,4-GALACTANASE


分子量: 36841.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2-N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSE(RESIDUE 601) LINKED TO ASN 111 IN THE FOUR MOLECULES
由来: (組換発現) THIELAVIA HETEROTHALLICA (菌類)
解説: MYCELIOPHTHORA THERMOPHILA IS THE ANAMORPH NAME WHILST THIELAVIA HETEROTHALLIC IS THE TELEOMORPH NAME
発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌)
参照: UniProt: P83692*PLUS, arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 668分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 30% PEG4000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES PH=7.5, pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.07
検出器日付: 2001年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→20 Å / Num. obs: 114360 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / % possible all: 89
反射
*PLUS
最高解像度: 1.88 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 61.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.87→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 381740.82 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 10292 9.3 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 110526 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4333 Å2 / ksol: 0.393179 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.24 Å20 Å22.29 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3----2.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10416 0 217 643 11276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1506 8.7 %
Rwork0.243 15759 -
obs--89.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SO4.PARSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION5EPE_XPLOR_PAR.TXTEPE_XPLOR_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.88 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rfree: 0.208 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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