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万見
- PDB-1hfb: Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-D-arabino-hep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hfb
タイトルCrystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Saccharomyces cerevisiae complexed with phosphoenolpyruvate
要素TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / BETA-ALPHA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOENOLPYRUVATE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schneider, T.R. / Hartmann, M. / Braus, G.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Evolution of Feedback-Inhibited Beta /Alpha Barrel Isoenzymes by Gene Duplication and a Single Mutation
著者: Hartmann, M. / Schneider, T.R. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Lipscomb, W. / Braus, G.H.
履歴
登録2000年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AB, BA, CB, DA, EB, FA, GB, AND HA BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AB, BA, CB, DA, EB, FA, GB, AND HA BELOW ARE ACTUALLY 8-STRANDED BARRELS. THESE ARE REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
B: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
C: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
D: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
E: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
F: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
G: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
H: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,72116
ポリマ－318,3768
非ポリマー1,3448
水22,5371251
1
A: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
B: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9304
ポリマ－79,5942
非ポリマー3362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-38.9 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PQS
2
C: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
D: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9304
ポリマ－79,5942
非ポリマー3362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-26.5 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PQS
3
E: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
F: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9304
ポリマ－79,5942
非ポリマー3362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-54.2 kcal/mol
Surface area28520 Å2
手法PQS
4
G: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
H: TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9304
ポリマ－79,5942
非ポリマー3362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-37.6 kcal/mol
Surface area28870 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.000, 93.800, 104.500
Angle α, β, γ (deg.)65.60, 85.60, 75.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))
詳細THE 8 MOLECULES CONTAINED IN THE ASSYMETRIC UNIT AREARRANGED IN TWO TETRAMERS (DIMER OF DIMERS) WITH APPROXIMATE222 POINT SYMMETRY. THE TETRAMERS HAVE VERY SIMILAR ORIENTATIONS,WITH THEIR CENTERS OF MASS BEING RELATED BY ACRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATION OF (0.5,0.5,0).

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要素

#1: タンパク質
TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE / PHOSPHO-2-KETO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / DAHP SYNTHETASE / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7- ...PHOSPHO-2-KETO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / DAHP SYNTHETASE / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE TYROSINE-INHIBITED / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE


分子量: 39797.055 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: RH1326 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): RH1326 / 参照: UniProt: P32449, EC: 4.1.2.15
#2: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化pH: 9 / 詳細: pH 9.00
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 %PEG30001reservoir
21 mMdithiothreitol1reservoirpH9.0
310 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 210365 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射
*PLUS
冗長度: 2.9 % / Num. measured all: 423490
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHAINS A AND B OF PDB ENTRY 1QR7

1qr7


解像度: 1.9→40 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 9891 4.6 %THIN SHELLS
Rwork0.2079 ---
obs0.2079 198354 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9802 Å2 / ksol: 0.34361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.75 Å23.627 Å21.667 Å2
2---1.712 Å2-6.502 Å2
3---7.463 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20624 0 80 1251 21955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.66387
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78448
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.053
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.3884
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.964
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.6135
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PEP1.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMPEP1.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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