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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1csx | |||||||||
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タイトル | REPLACEMENTS IN A CONSERVED LEUCINE CLUSTER IN THE HYDROPHOBIC HEME POCKET OF CYTOCHROME C | |||||||||
要素 | CYTOCHROME Cシトクロムc | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT(HEME PROTEIN) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pyroptosis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding ...Pyroptosis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Lo, T.P. / Brayer, G.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: Replacements in a conserved leucine cluster in the hydrophobic heme pocket of cytochrome c. 著者: Lo, T.P. / Murphy, M.E. / Guillemette, J.G. / Smith, M. / Brayer, G.D. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structural Studies of the Roles of Residues 82 and 85 at the Interactive Face of Cytochrome C 著者: Lo, T.P. / Guillemette, J.G. / Louie, G.V. / Smith, M. / Brayer, G.D. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Oxidation State-Dependent Conformational Changes in Cytochrome C 著者: Berghuis, A.M. / Brayer, G.D. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Refinement of Yeast Iso-1-Cytochrome C and Comparisons with Other Eukaryotic Cytochromes C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: A Polypeptide Chain-Refolding Event Occurs in the Gly82 Variant of Yeast Iso-1-Cytochrome C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystallization of Yeast Iso-2-Cytochrome C Using a Novel Hair Seeding Technique 著者: Leung, C.J. / Nall, B.T. / Brayer, G.D. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Yeast Iso-1-Cytochrome C. A 2.8 Angstrom Resolution Three-Dimensional Structure Determination 著者: Louie, G.V. / Hutcheon, W.L.B. / Brayer, G.D. #7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988 タイトル: Role of Phenylalanine-82 in Yeast Iso-1-Cytochrome C and Remote Conformational Changes Induced by a Serine Residue at This Position 著者: Louie, G.V. / Pielak, G.J. / Smith, M. / Brayer, G.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1csx.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1csx.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1csx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1csx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1csx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE HEME GROUP IS COVALENTLY ATTACHED TO THE PROTEIN VIA THIOETHER BONDS FROM THE SG ATOMS OF CYS 14 AND CYS 17, TO THE CAB AND CAC HEME ATOMS, RESPECTIVELY. 2: RESIDUE 72 IS EPSILON-N-TRIMETHYLLYSINE. THE THREE METHYL CARBONS FOR THIS RESIDUE ARE PRESENT AS HETATMS WITH RESIDUE NAME TML (FOLLOWING THE HEME). RESIDUE 72 IS IDENTIFIED AS LYS ON THE ATOM ...2: RESIDUE 72 IS EPSILON-N-TRIMETHYLLYSINE. THE THREE METHYL CARBONS FOR THIS RESIDUE ARE PRESENT AS HETATMS WITH RESIDUE NAME TML (FOLLOWING THE HEME). RESIDUE 72 IS IDENTIFIED AS LYS ON THE ATOM AND SEQRES RECORDS. RESIDUE LYS 72 IS TRIMETHYLATED AT THE AMINO END OF ITS SIDE CHAIN. 3: RESIDUES MET 80 AND HIS 18 FORM HEME IRON LIGAND BONDS. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12087.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P00044 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THIS PROTEIN HAS BEEN STABILIZED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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