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- PDB-1bvr: M.TB. ENOYL-ACP REDUCTASE (INHA) IN COMPLEX WITH NAD+ AND C16-FAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bvr
タイトルM.TB. ENOYL-ACP REDUCTASE (INHA) IN COMPLEX WITH NAD+ AND C16-FATTY-ACYL-SUBSTRATE
要素PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-THT / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rozwarski, D.A. / Vilcheze, C. / Sugantino, M. / Bittman, R. / Jacobs, W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis enoyl-ACP reductase, InhA, in complex with NAD+ and a C16 fatty acyl substrate.
著者: Rozwarski, D.A. / Vilcheze, C. / Sugantino, M. / Bittman, R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1998年9月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年3月10日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_site
Item: _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
B: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
C: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
D: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
E: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
F: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,95216
ポリマ－170,5426
非ポリマー5,41110
水11,944663
1
C: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
D: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
E: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
F: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,06310
ポリマ－113,6944
非ポリマー3,3696
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20640 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area34160 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
B: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8896
ポリマ－56,8472
非ポリマー2,0424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
B: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
B: PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,77812
ポリマ－113,6944
非ポリマー4,0848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area22570 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area33240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.080, 83.450, 192.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1409-

HOH

21B-1418-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP) REDUCTASE) / INHA


分子量: 28423.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-THT / TRANS-2-HEXADECENOYL-(N-ACETYL-CYSTEAMINE)-THIOESTER / C16-FATTY-ACYL-SUBSTRATE-MIMIC / S-パルミトイル-N-アセチルシステアミン


分子量: 357.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H39NO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 10% PEG-4000, 6% DMSO, 100 MM AMMONIUM ACETATE, AND 100 MM ADA, PH 6.8
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %PEG40001reservoir
26 %1reservoirMe2SO
3100 mMammonium acetate1reservoir
4100 mMADA1reservoir
510 mg/mlprotain1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→10 Å / Num. obs: 30077 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 0.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 58
反射
*PLUS
Num. obs: 35800 / Rmerge(I) obs: 0.162
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.3 % / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 3029 / Rmerge(I) obs: 0.255

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ENY

1eny


解像度: 2.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.344 -10 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 34838 90.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11964 0 360 663 12987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 -10 %
Rwork0.298 2584 -
obs--67.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.396 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.298 / Rfactor obs: 0.298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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