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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9977 | |||||||||
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タイトル | Local map of the core region of the phycobilisome from P. purpureum | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Porphyridium purpureum (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Sui SF / Ma JF / You X / Sun S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural basis of energy transfer in Porphyridium purpureum phycobilisome. 著者: Jianfei Ma / Xin You / Shan Sun / Xiaoxiao Wang / Song Qin / Sen-Fang Sui / 要旨: Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red ...Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red algae, although how the energies of the chromophores within these complexes are modulated by their environment is unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a 14.7-megadalton phycobilisome with a hemiellipsoidal shape from the red alga Porphyridium purpureum. Within this complex we determine the structures of 706 protein subunits, including 528 phycoerythrin, 72 phycocyanin, 46 allophycocyanin and 60 linker proteins. In addition, 1,598 chromophores are resolved comprising 1,430 phycoerythrobilin, 48 phycourobilin and 120 phycocyanobilin molecules. The markedly improved resolution of our structure compared with that of the phycobilisome of Griffithsia pacifica enabled us to build an accurate atomic model of the P. purpureum phycobilisome system. The model reveals how the linker proteins affect the microenvironment of the chromophores, and suggests that interactions of the aromatic amino acids of the linker proteins with the chromophores may be a key factor in fine-tuning the energy states of the chromophores to ensure the efficient unidirectional transfer of energy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9977.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9977-v30.xml emd-9977.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9977.png | 54 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9977 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9977 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Local map of the core region of the phycobilisome from the red al...
全体 | 名称: Local map of the core region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum |
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要素 |
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-超分子 #1: Local map of the core region of the phycobilisome from the red al...
超分子 | 名称: Local map of the core region of the phycobilisome from the red alga P. purpureum タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Porphyridium purpureum (真核生物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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糖包埋 | 材質: ice | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 686369 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 191825 |