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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9539 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / subthalamus development / pons development / respiratory chain complex III / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein import / thalamus development / Complex I biogenesis ...TP53 Regulates Metabolic Genes / subthalamus development / pons development / respiratory chain complex III / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein import / thalamus development / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / gliogenesis / mitochondrial respiratory chain complex III / anterograde axonal transport / neural precursor cell proliferation / mitochondrial respiratory chain complex IV / NADH dehydrogenase activity / oxygen sensor activity / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / acyl binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl carrier activity / hypothalamus development / midbrain development / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / axon cytoplasm / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / hippocampus development / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / 小胞体 / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Pig (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gu J / Wu M / Guo R / Yang M | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of Mammalian Respiratory Supercomplex IIIIIV. 著者: Meng Wu / Jinke Gu / Runyu Guo / Yushen Huang / Maojun Yang / 要旨: The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to ...The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to synthesize ATP. The precise arrangement of SCs is largely unknown. Here, we report a 4.0-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the major SC in porcine heart, the 1.7-MDa SCIIIIIV. The complex III (CIII) dimer and complex IV (CIV) bind at the same side of the L-shaped complex I (CI). Several accessory or supernumerary subunits of CI, such as NDUFA11, NDUFB4, NDUFB8, and NDUFB9, directly contribute to the oligomerization of CI, CIII, and CIV. COX7C and COX7A of CIV attach CIV to the concave surface formed by CIII and the distal end of membrane arm of CI. The structure suggests a possible mechanism by which electrons are transferred from NADH to cytochrome c and provides a platform for future functional dissection of respiration. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9539.map.gz | 29.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9539-v30.xml emd-9539.xml | 78.9 KB 78.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9539.png | 15.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9539 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9539 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Respiratory supercomplex I1III2IV1
+超分子 #1: Respiratory supercomplex I1III2IV1
+分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 6C
+分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
+分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
+分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
+分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
+分子 #7: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
+分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
+分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
+分子 #10: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...
+分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
+分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
+分子 #15: Acyl carrier protein, mitochondrial
+分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
+分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
+分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
+分子 #20: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...
+分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
+分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
+分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...
+分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
+分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...
+分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
+分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
+分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...
+分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
+分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
+分子 #32: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
+分子 #33: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #34: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #35: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #36: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #37: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
+分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
+分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
+分子 #41: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #42: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
+分子 #44: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
+分子 #45: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
+分子 #46: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
+分子 #47: Cytochrome b
+分子 #48: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
+分子 #49: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
+分子 #50: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
+分子 #51: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
+分子 #52: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
+分子 #53: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
+分子 #54: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
+分子 #55: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske transit peptide, mitochondrial
+分子 #56: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
+分子 #57: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
+分子 #58: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
+分子 #59: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
+分子 #60: Cytochrome c oxidase subunit 1
+分子 #61: Cytochrome c oxidase subunit 2
+分子 #62: Cytochrome c oxidase subunit 3
+分子 #63: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
+分子 #64: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
+分子 #65: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
+分子 #66: Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial
+分子 #67: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
+分子 #68: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #69: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #70: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #71: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...
+分子 #72: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #73: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
+分子 #74: CARDIOLIPIN
+分子 #75: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
+分子 #76: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #77: HEME C
+分子 #78: HEME-A
+分子 #79: COPPER (II) ION
+分子 #80: MAGNESIUM ION
+分子 #81: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3.0) |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 161912 |