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- EMDB-9517: cryo-EM structure of human Aichi virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9517
タイトルcryo-EM structure of human Aichi virus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Aichi virus A846/88 (アイチウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP1カプシド
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP0カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
キーワードPicornavirus (ピコルナウイルス科) / entry / receptor binding (受容体) / gastroenteritis / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ ...host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / symbiont entry into host cell / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus ...LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Aichi virus (strain Human/A846/88/1989) (アイチウイルス) / Aichi virus A846/88 (アイチウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhu L / Wang XX / Ren JS / Tuthill TJ / Fry EE / Rao ZH / Stuart DI
資金援助 中国, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology2014CB542800 中国
Medical Research Council (United Kingdom)G100099 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structure of human Aichi virus and implications for receptor binding.
著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Abhay Kotecha / Thomas S Walter / Shuai Yuan / Teruo Yamashita / Tobias J Tuthill / Elizabeth E Fry / Zihe Rao / David I Stuart /
要旨: Aichi virus (AiV), an unusual and poorly characterized picornavirus, classified in the genus Kobuvirus, can cause severe gastroenteritis and deaths in children below the age of five years, especially ...Aichi virus (AiV), an unusual and poorly characterized picornavirus, classified in the genus Kobuvirus, can cause severe gastroenteritis and deaths in children below the age of five years, especially in developing countries. The seroprevalence of AiV is approximately 60% in children under the age of ten years and reaches 90% later in life. There is no available vaccine or effective antiviral treatment. Here, we describe the structure of AiV at 3.7 Å. This first high-resolution structure for a kobuvirus is intermediate between those of the enteroviruses and cardioviruses, with a shallow, narrow depression bounded by the prominent VP0 CD loops (linking the C and D strands of the β-barrel), replacing the depression known as the canyon, frequently the site of receptor attachment in enteroviruses. VP0 is not cleaved to form VP2 and VP4, so the 'VP2' β-barrel structure is complemented with a unique extended structure on the inside of the capsid. On the outer surface, a polyproline helix structure, not seen previously in picornaviruses is present at the C terminus of VP1, a position where integrin binding motifs are found in some other picornaviruses. A peptide corresponding to this polyproline motif somewhat attenuates virus infectivity, presumably blocking host-cell attachment. This may guide cellular receptor identification.
履歴
登録2016年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月3日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gka
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5gka
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.21457675 - 0.3053629
平均 (標準偏差)0.0015915065 (±0.015703281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 486.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.000486.000486.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.2150.3050.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aichi virus A846/88

全体名称: Aichi virus A846/88 (アイチウイルス)
要素
  • ウイルス: Aichi virus A846/88 (アイチウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP1カプシド
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP0カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein

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超分子 #1: Aichi virus A846/88

超分子名称: Aichi virus A846/88 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 650132 / 生物種: Aichi virus A846/88 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aichi virus A846/88 (アイチウイルス)
分子量理論値: 6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: capsid protein VP1

分子名称: capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aichi virus (strain Human/A846/88/1989) (アイチウイルス)
分子量理論値: 27.195672 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: TLTEDLDAPQ DTGNIENGAA DNSPQPRTTF DYTGNPLPPD TKLENFFSFY RLLPMGGSGA PSLSFPADEG TIIPLDPINW LKGADVSGI AAMLSCFTYI AADLRITLRF SNPNDNPATM LVAFAPPGAT IPLKPTRQML SNFYMAEVPV SAATSTMVSF S IPYTSPLS ...文字列:
TLTEDLDAPQ DTGNIENGAA DNSPQPRTTF DYTGNPLPPD TKLENFFSFY RLLPMGGSGA PSLSFPADEG TIIPLDPINW LKGADVSGI AAMLSCFTYI AADLRITLRF SNPNDNPATM LVAFAPPGAT IPLKPTRQML SNFYMAEVPV SAATSTMVSF S IPYTSPLS AIPTSYFGWE DWSGTNFGQL SSGSWGNLML IPSLSVDSAI PFDFQLSCWV AFGNFKAWVP RPPPPLPPLP TP AANAERT VAVIKQ

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分子 #2: capsid protein VP0

分子名称: capsid protein VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aichi virus (strain Human/A846/88/1989) (アイチウイルス)
分子量理論値: 38.978031 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: TNIYGNGNNV NTDVGANGWA PTVSTGLGDG PVSCTPPTPS PGDTEVPPPR KPFTFPAPPT KSGSRFSKWW EPAAARASES ATDSAIEGI DAAGKAASKA ITRKLDRPAA PSSTANPQPS LIALNPSATQ SGNASILTGS TAPSLLAYPT ATPVPLPNPD E PSQPGPSG ...文字列:
TNIYGNGNNV NTDVGANGWA PTVSTGLGDG PVSCTPPTPS PGDTEVPPPR KPFTFPAPPT KSGSRFSKWW EPAAARASES ATDSAIEGI DAAGKAASKA ITRKLDRPAA PSSTANPQPS LIALNPSATQ SGNASILTGS TAPSLLAYPT ATPVPLPNPD E PSQPGPSG DRTWLLDTVT WSQEFTRGWN IAGSNGMQWT GLESLIFPVS TDTNWTSTSS PTAYPLPFSF VRAYPDSSWA AM YNTHSMW NCGWRVQVTV NGSQFHAGAL ILYMVPEATT HAIQTARDNA GFVFPYVILN LYESNTATIE VPYISPTPNT SSG LHAPWT FYLQVLSPLN PPPSLPTSLS CSIYVTPVDS SFHGLRYLAP Q

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aichi virus (strain Human/A846/88/1989) (アイチウイルス)
分子量理論値: 23.954115 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: HWKTRAVPGA GTFGSAVAGQ ELPLCGVRAY YPPNAYIPAQ VRDWLEFAHR PGLMATVPWT MADEPAERLG IFPVSPSAIA GTGAPISYV ISLFSQWRGE LAAHLLFTGS AQHYGRLVVC YTPAAPQPPS TMQEAMRGTY TVWDVNAAST LEFTIPFISN S YWKTVDVN ...文字列:
HWKTRAVPGA GTFGSAVAGQ ELPLCGVRAY YPPNAYIPAQ VRDWLEFAHR PGLMATVPWT MADEPAERLG IFPVSPSAIA GTGAPISYV ISLFSQWRGE LAAHLLFTGS AQHYGRLVVC YTPAAPQPPS TMQEAMRGTY TVWDVNAAST LEFTIPFISN S YWKTVDVN NPDALLSTTG YVSIWVQNPL VGPHTAPASA LVQAFISAGE SFNVRLMQNP ALTS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 1*PBS, pH 7.0
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37027 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: HELIUM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-22 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 776 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6394


詳細: filtered to 60 Ang
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 18566

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: correlation coefficent
得られたモデル

PDB-5gka:
cryo-EM structure of human Aichi virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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