+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8508 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM Structure of Immature Zika Virus | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM Reconstruction of Immature Zika Virus | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / negative regulation of innate immune response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding ...: / negative regulation of innate immune response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell surface / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / membrane => GO:0016020 / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) / ZIKV (ジカ熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Mangala Prasad V / Miller AS / Klose T / Sirohi D / Buda G / Jiang W / Kuhn RJ / Rossmann MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Structure of the immature Zika virus at 9 Å resolution. 著者: Vidya Mangala Prasad / Andrew S Miller / Thomas Klose / Devika Sirohi / Geeta Buda / Wen Jiang / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann / 要旨: The current Zika virus (ZIKV) epidemic is characterized by severe pathogenicity in both children and adults. Sequence changes in ZIKV since its first isolation are apparent when pre-epidemic strains ...The current Zika virus (ZIKV) epidemic is characterized by severe pathogenicity in both children and adults. Sequence changes in ZIKV since its first isolation are apparent when pre-epidemic strains are compared with those causing the current epidemic. However, the residues that are responsible for ZIKV pathogenicity are largely unknown. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the immature ZIKV at 9-Å resolution. The cryo-EM map was fitted with the crystal structures of the precursor membrane and envelope glycoproteins and was shown to be similar to the structures of other known immature flaviviruses. However, the immature ZIKV contains a partially ordered capsid protein shell that is less prominent in other immature flaviviruses. Furthermore, six amino acids near the interface between pr domains at the top of the spikes were found to be different between the pre-epidemic and epidemic ZIKV, possibly influencing the composition and structure of the resulting viruses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8508.map.gz | 56.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8508-v30.xml emd-8508.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8508_fsc.xml | 14 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8508.png | 289.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8508 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8508 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8508.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM Reconstruction of Immature Zika Virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Zika virus
全体 | 名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Zika virus
超分子 | 名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: prM-E glycoprotein / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-超分子 #2: Transmembrane domains
超分子 | 名称: Transmembrane domains / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
-分子 #1: E protein
分子 | 名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 44.80141 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: GENLYFQGMR CIGMSNRDFV EGVSGGSWVD IVLEHGSCVT TMAKNKPTLD FELIKTEAKQ PATLRKYCIE AKLTNTTTES RCPTQGEPS LNEEQDKRFV CKHSMVDRGW GNGCGLFGKG GIVTCAMFRC KKNMEGKVVQ PENLEYTIVI TPHSGEEHAV G NDTGKHGK ...文字列: GENLYFQGMR CIGMSNRDFV EGVSGGSWVD IVLEHGSCVT TMAKNKPTLD FELIKTEAKQ PATLRKYCIE AKLTNTTTES RCPTQGEPS LNEEQDKRFV CKHSMVDRGW GNGCGLFGKG GIVTCAMFRC KKNMEGKVVQ PENLEYTIVI TPHSGEEHAV G NDTGKHGK EIKITPQSSI TEAELTGYGT VTMECSPRTG LDFNEMVLLQ MENKAWLVHR QWFLDLPLPW LPGADTQGSN WI QKETLVT FKNPHAKKQD VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQMSSGNLLF TGHLKCRLRM DKLQLKGMSY SMCTGKFKVV KEI AETQHG TIVIRVQYEG DGSPCKIPFE IMDLEKRHVL GRLITVNPIV TEKDSPVNIE AEPPFGDSYI IIGVEPGQLK LNWF KK |
-分子 #2: pr domain
分子 | 名称: pr domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 9.261531 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: FHLTTRNGEP HMIVSRQEKG KSLLFKTEDG VNMCTLMAMD LGELCEDTIT YKCPLLRQNE PEDIDCWCNS TSTWVTYGTC T |
-分子 #3: Protein E
分子 | 名称: Protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 6.892228 KDa |
配列 | 文字列: GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTKNGSIS LMCLALGGVL IFLSTA |
-分子 #4: M protein
分子 | 名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 5.984065 KDa |
配列 | 文字列: REYTKHLIRV ENWIFRNPGF ALAAAAIAWL LGSSTSQKVI YLVMILLIAP AYS |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: beta-D-mannopyranose
分子 | 名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: BMA |
---|---|
分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-BMA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Ultrathin carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 3341 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 4.7 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
---|---|
得られたモデル | PDB-5u4w: |