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- EMDB-8264: Mock-treated Brome Mosaic Virus (RNA2.3/4) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8264
タイトルMock-treated Brome Mosaic Virus (RNA2.3/4)
マップデータCryo-EM density map of BMV (B2.3/4 Mock-treated)
試料
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Hoover HS / Wang JC-Y / Middleton S / Ni P / Zlotnick A / Vaughan RC / Kao CC
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2016
タイトル: Phosphorylation of the Brome Mosaic Virus Capsid Regulates the Timing of Viral Infection.
著者: Haley S Hoover / Joseph Che-Yen Wang / Stefani Middleton / Peng Ni / Adam Zlotnick / Robert C Vaughan / C Cheng Kao /
要旨: The four brome mosaic virus (BMV) RNAs (RNA1 to RNA4) are encapsidated in three distinct virions that have different disassembly rates in infection. The mechanism for the differential release of BMV ...The four brome mosaic virus (BMV) RNAs (RNA1 to RNA4) are encapsidated in three distinct virions that have different disassembly rates in infection. The mechanism for the differential release of BMV RNAs from virions is unknown, since 180 copies of the same coat protein (CP) encapsidate each of the BMV genomic RNAs. Using mass spectrometry, we found that the BMV CP contains a complex pattern of posttranslational modifications. Treatment with phosphatase was found to not significantly affect the stability of the virions containing RNA1 but significantly impacted the stability of the virions that encapsidated BMV RNA2 and RNA3/4. Cryo-electron microscopy reconstruction revealed dramatic structural changes in the capsid and the encapsidated RNA. A phosphomimetic mutation in the flexible N-terminal arm of the CP increased BMV RNA replication and virion production. The degree of phosphorylation modulated the interaction of CP with the encapsidated RNA and the release of three of the BMV RNAs. UV cross-linking and immunoprecipitation methods coupled to high-throughput sequencing experiments showed that phosphorylation of the BMV CP can impact binding to RNAs in the virions, including sequences that contain regulatory motifs for BMV RNA gene expression and replication. Phosphatase-treated virions affected the timing of CP expression and viral RNA replication in plants. The degree of phosphorylation decreased when the plant hosts were grown at an elevated temperature. These results show that phosphorylation of the capsid modulates BMV infection.
IMPORTANCE: How icosahedral viruses regulate the release of viral RNA into the host is not well understood. The selective release of viral RNA can regulate the timing of replication and gene ...IMPORTANCE: How icosahedral viruses regulate the release of viral RNA into the host is not well understood. The selective release of viral RNA can regulate the timing of replication and gene expression. Brome mosaic virus (BMV) is an RNA virus, and its three genomic RNAs are encapsidated in separate virions. Through proteomic, structural, and biochemical analyses, this work shows that posttranslational modifications, specifically, phosphorylation, on the capsid protein regulate the capsid-RNA interaction and the stability of the virions and affect viral gene expression. Mutational analysis confirmed that changes in modification affected virion stability and the timing of viral infection. The mechanism for modification of the virion has striking parallels to the mechanism of regulation of chromatin packaging by nucleosomes.
履歴
登録2016年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月6日-
マップ公開2016年7月6日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8264.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8264.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 104 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map of BMV (B2.3/4 Mock-treated)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.512 Å
密度
表面レベル登録者による: 7. / ムービー #1: 7
最小 - 最大-14.736412 - 33.876938000000003
平均 (標準偏差)0.9484691 (±4.480711)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ301301301
Spacing301301301
セルA=B=C: 455.112 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5121.5121.512
M x/y/z301301301
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.112455.112455.112
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS301301301
D min/max/mean-14.73633.8770.948

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Brome mosaic virus

全体名称: Brome mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1: Brome mosaic virus

超分子名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: BMV B2.3/4 Mock-treated / NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 4.6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 280.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 5.2 / 詳細: 250 mM NaOAc and 10 mM MgCl2 (pH 5.2)
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細0.5-1 mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 80000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 97.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 32214
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: de novo model building in AUTO3DEM
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.04)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.04)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.04) / 使用した粒子像数: 19332

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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