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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8141 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human FANCD2/FANCI complex reveals a novel Tower domain required for FANCD2 monoubiquitination- Full length FANCD2/FANCI | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Helenium autumnale (ダンゴギク) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liang CC / Li Z / Nicholson WV / Venien-Bryan C / Cohn MA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: The FANCD2-FANCI complex is recruited to DNA interstrand crosslinks before monoubiquitination of FANCD2. 著者: Chih-Chao Liang / Zhuolun Li / David Lopez-Martinez / William V Nicholson / Catherine Vénien-Bryan / Martin A Cohn / 要旨: The Fanconi anaemia (FA) pathway is important for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL). The FANCD2-FANCI complex is central to the pathway, and localizes to ICLs dependent on its ...The Fanconi anaemia (FA) pathway is important for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL). The FANCD2-FANCI complex is central to the pathway, and localizes to ICLs dependent on its monoubiquitination. It has remained elusive whether the complex is recruited before or after the critical monoubiquitination. Here, we report the first structural insight into the human FANCD2-FANCI complex by obtaining the cryo-EM structure. The complex contains an inner cavity, large enough to accommodate a double-stranded DNA helix, as well as a protruding Tower domain. Disease-causing mutations in the Tower domain are observed in several FA patients. Our work reveals that recruitment of the complex to a stalled replication fork serves as the trigger for the activating monoubiquitination event. Taken together, our results uncover the mechanism of how the FANCD2-FANCI complex activates the FA pathway, and explains the underlying molecular defect in FA patients with mutations in the Tower domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8141.map.gz | 374.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8141-v30.xml emd-8141.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8141.png | 42.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8141 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8141 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8141_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8141_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8141_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8141 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8141 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human FANCD2/FANCI complex
全体 | 名称: human FANCD2/FANCI complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human FANCD2/FANCI complex
超分子 | 名称: human FANCD2/FANCI complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: FANCD2 is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an engineered N-terminal Flag-HA tag, and FANCI is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an ...詳細: FANCD2 is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an engineered N-terminal Flag-HA tag, and FANCI is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an engineered N-terminal Flag-MBP tag or a N-terminal Flag-HA tag |
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由来(天然) | 生物種: Helenium autumnale (ダンゴギク) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: hela / 組換プラスミド: pX459 |
分子量 | 実験値: 300 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素: (名称: Tris, KCl) |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 293 K / 詳細: manually prepared with an home-made device. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100 |
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温度 | 最低: 93.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 6 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |