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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7520 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM reconstruction of microtubule-bound 2R-Tau | |||||||||
マップデータ | cryo-EM reconstruction of shortened tau construct (WT residues: 197-304,368-400) corresponding to the first two microtubule-binding repeat sequences. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Nogales E / Hejab NMA / Kellogg EH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Near-atomic model of microtubule-tau interactions. 著者: Elizabeth H Kellogg / Nisreen M A Hejab / Simon Poepsel / Kenneth H Downing / Frank DiMaio / Eva Nogales / 要旨: Tau is a developmentally regulated axonal protein that stabilizes and bundles microtubules (MTs). Its hyperphosphorylation is thought to cause detachment from MTs and subsequent aggregation into ...Tau is a developmentally regulated axonal protein that stabilizes and bundles microtubules (MTs). Its hyperphosphorylation is thought to cause detachment from MTs and subsequent aggregation into fibrils implicated in Alzheimer's disease. It is unclear which tau residues are crucial for tau-MT interactions, where tau binds on MTs, and how it stabilizes them. We used cryo-electron microscopy to visualize different tau constructs on MTs and computational approaches to generate atomic models of tau-tubulin interactions. The conserved tubulin-binding repeats within tau adopt similar extended structures along the crest of the protofilament, stabilizing the interface between tubulin dimers. Our structures explain the effect of phosphorylation on MT affinity and lead to a model of tau repeats binding in tandem along protofilaments, tethering together tubulin dimers and stabilizing polymerization interfaces. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7520.map.gz | 481.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7520-v30.xml emd-7520.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7520.png | 423.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7520 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM reconstruction of shortened tau construct (WT residues: 197-304,368-400) corresponding to the first two microtubule-binding repeat sequences. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of alpha-beta tubulin with shortened tau construct
全体 | 名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with shortened tau construct |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of alpha-beta tubulin with shortened tau construct
超分子 | 名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with shortened tau construct タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Tau construct contains first two microtubule-targeting repeat motifs and portions of projection-domain and R' sequences |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-分子 #1: 2R-tau
分子 | 名称: 2R-tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: YSSPGSPGTP GSRSRTPSLP TPPTREPKKV AVVRTPPKSP SSAKSRLQTA PVPMPDLKNV KSKIGSTENL KHQPGGGKVQ IINKKLDLSN VQSKCGSKDN IKHVPGGGNK KIETHKLTFR ENAKAKTDHG AEIVYKSPVV S |
-分子 #2: alpha-tubulin
分子 | 名称: alpha-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLITGKEDAA NNYARGHYTI GKEIIDLVLD RIRKLADQCT GLQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSVD YGKKSKLEFS ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLITGKEDAA NNYARGHYTI GKEIIDLVLD RIRKLADQCT GLQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSVD YGKKSKLEFS IYPAPQVSTA VVEPYNSILT THTTLEHSDC AFMVDNEAIY DICRRNLDIE RPTYTNLNRL ISQIVSSITA SLRFDGALNV DLTEFQTNLV PYPRIHFPLA TYAPVISAEK AYHEQLSVAE ITNACFEPAN QMVKCDPRHG KYMACCLLYR GDVVPKDVNA AIATIKTKRS IQFVDWCPTG FKVGINYQPP TVVPGGDLAK VQRAVCMLSN TTAIAEAWAR LDHKFDLMYA KRAFVHWYVG EGMEEGEFSE AREDMAALEK DYEEVGVDS |
-分子 #3: beta-tubulin
分子 | 名称: beta-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVV ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVV PSPKVSDTVV EPYNATLSVH QLVENTDETY CIDNEALYDI CFRTLKLTTP TYGDLNHLVS ATMSGVTTCL RFPGQLNADL RKLAVNMVPF PRLHFFMPGF APLTSRGSQQ YRALTVPELT QQMFDAKNMM AACDPRHGRY LTVAAVFRGR MSMKEVDEQM LNVQNKNSSY FVEWIPNNVK TAVCDIPPRG LKMSATFIGN STAIQELFKR ISEQFTAMFR RKAFLHWYTG EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA D |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: upspecified | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot force 10 pN, 6 second blot time. used C-flat 1.2/1.3 holey grids. First 2 uL of microtubules were adhered to grid for 30 seconds, followed by 2 4 uL washes with 30 second incubation for each wash.. | ||||||||||||||||||
詳細 | tubulin concentration is 0.5 mg/mL, tau concentration is 1 mg/mL |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 310 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 27.5 e/Å2 |
-画像解析
Segment selection | 選択した数: 26106 / ソフトウェア - 名称: Appion 詳細: manually selected helical segments, then filled in with overlapping boxes spaced 80 Angstrom apart. |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 詳細: used a naked microtubule reconstruction as the initial model, low pass filtered to 20 Angstrom |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.09) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.75 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.76 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.09) / 使用した粒子像数: 16613 |
詳細 | used motioncorr to correct for beam-induced motion |