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万見
- EMDB-7126: Recombinant major vault protein [Rattus norvegicus] structure in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7126
タイトルRecombinant major vault protein [Rattus norvegicus] structure in solution: conformation 1
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Major vault protein [Rattus norvegicus]
    • タンパク質・ペプチド: Major vault protein
キーワードVault Recombinant protein structure Engineered nano-particle / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / 細胞骨格 / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / 細胞骨格 / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Ding K / Zhang X
資金援助 米国, 9件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI043203 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106528 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-338135 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Solution Structures of Engineered Vault Particles.
著者: Ke Ding / Xing Zhang / Jan Mrazek / Valerie A Kickhoefer / Mason Lai / Hwee L Ng / Otto O Yang / Leonard H Rome / Z Hong Zhou /
要旨: Prior crystal structures of the vault have provided clues of its structural variability but are non-conclusive due to crystal packing. Here, we obtained vaults by engineering at the N terminus of rat ...Prior crystal structures of the vault have provided clues of its structural variability but are non-conclusive due to crystal packing. Here, we obtained vaults by engineering at the N terminus of rat major vault protein (MVP) an HIV-1 Gag protein segment and determined their near-atomic resolution (∼4.8 Å) structures in a solution/non-crystalline environment. The barrel-shaped vaults in solution adopt two conformations, 1 and 2, both with D39 symmetry. From the N to C termini, each MVP monomer has three regions: body, shoulder, and cap. While conformation 1 is identical to one of the crystal structures, the shoulder in conformation 2 is translocated longitudinally up to 10 Å, resulting in an outward-projected cap. Our structures clarify the structural discrepancies in the body region in the prior crystallography models. The vault's drug-delivery potential is highlighted by the internal disposition and structural flexibility of its Gag-loaded N-terminal extension at the barrel waist of the engineered vault.
履歴
登録2017年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月27日-
マップ公開2018年4月4日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bp8
  • 表面レベル: 0.0139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6bp8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7126.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0139 / ムービー #1: 0.0139
最小 - 最大-0.035749298 - 0.041839883
平均 (標準偏差)-0.0007795452 (±0.002158929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-400-400-400
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 800.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z800.000800.000800.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-400-400-400
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-0.0360.042-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Major vault protein [Rattus norvegicus]

全体名称: Major vault protein [Rattus norvegicus]
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Major vault protein [Rattus norvegicus]
    • タンパク質・ペプチド: Major vault protein

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超分子 #1: Major vault protein [Rattus norvegicus]

超分子名称: Major vault protein [Rattus norvegicus] / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Major vault protein

分子名称: Major vault protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 103.931305 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTPRTLNAWV KVVEEKAFSP EVIPMFTALS EGATPSDLNT MLNTIGGHQA AMQMLKDTIN EEAAEWDRGF LGLMATEEAI IRIPPYHYI HVLDQNSNVS RVEVGPKTYI RQDNERVLFA PVRMVTVPPR HYCIVANPVS RDTQSSVLFD ITGQVRLRHA D QEIRLAQD ...文字列:
MTPRTLNAWV KVVEEKAFSP EVIPMFTALS EGATPSDLNT MLNTIGGHQA AMQMLKDTIN EEAAEWDRGF LGLMATEEAI IRIPPYHYI HVLDQNSNVS RVEVGPKTYI RQDNERVLFA PVRMVTVPPR HYCIVANPVS RDTQSSVLFD ITGQVRLRHA D QEIRLAQD PFPLYPGEVL EKDITPLQVV LPNTALHLKA LLDFEDKNGD KVMAGDEWLF EGPGTYIPQK EVEVVEIIQA TV IKQNQAL RLRARKECFD REGKGRVTGE EWLVRSVGAY LPAVFEEVLD LVDAVILTEK TALHLRALQN FRDLRGVLHR TGE EWLVTV QDTEAHVPDV YEEVLGVVPI TTLGPRHYCV ILDPMGPDGK NQLGQKRVVK GEKSFFLQPG ERLERGIQDV YVLS EQQGL LLKALQPLEE GESEEKVSHQ AGDCWLIRGP LEYVPSAKVE VVEERQAIPL DQNEGIYVQD VKTGKVRAVI GSTYM LTQD EVLWEKELPS GVEELLNLGH DPLADRGQKG TAKPLQPSAP RNKTRVVSYR VPHNAAVQVY DYRAKRARVV FGPELV TLD PEEQFTVLSL SAGRPKRPHA RRALCLLLGP DFFTDVITIE TADHARLQLQ LAYNWHFELK NRNDPAEAAK LFSVPDF VG DACKAIASRV RGAVASVTFD DFHKNSARII RMAVFGFEMS EDTGPDGTLL PKARDQAVFP QNGLVVSSVD VQSVEPVD Q RTRDALQRSV QLAIEITTNS QEAAAKHEAQ RLEQEARGRL ERQKILDQSE AEKARKELLE LEAMSMAVES TGNAKAEAE SRAEAARIEG EGSVLQAKLK AQALAIETEA ELERVKKVRE MELIYARAQL ELEVSKAQQL ANVEAKKFKE MTEALGPGTI RDLAVAGPE MQVKLLQSLG LKSTLITDGS SPINLFSTAF GLLGLGSDGQ PPAQK

UniProtKB: Major vault protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4hl8

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9669

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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