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万見
- EMDB-6956: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, pih1d2_null mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6956
タイトルDoublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, pih1d2_null mutant
マップデータdoublet microtubule structure from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Doublet microtubule from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 45.1 Å
データ登録者Yamaguchi H / Oda T / Kikkawa M / Takeda H
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Systematic studies of all PIH proteins in zebrafish reveal their distinct roles in axonemal dynein assembly.
著者: Hiroshi Yamaguchi / Toshiyuki Oda / Masahide Kikkawa / Hiroyuki Takeda /
要旨: Construction of motile cilia/flagella requires cytoplasmic preassembly of axonemal dyneins before transport into cilia. Axonemal dyneins have various subtypes, but the roles of each dynein subtype ...Construction of motile cilia/flagella requires cytoplasmic preassembly of axonemal dyneins before transport into cilia. Axonemal dyneins have various subtypes, but the roles of each dynein subtype and their assembly processes remain elusive in vertebrates. The PIH protein family, consisting of four members, has been implicated in the assembly of different dynein subtypes, although evidence for this idea is sparse. Here, we established zebrafish mutants of all four PIH-protein genes: , , , and , and analyzed the structures of axonemal dyneins in mutant spermatozoa by cryo-electron tomography. Mutations caused the loss of specific dynein subtypes, which was correlated with abnormal sperm motility. We also found organ-specific compositions of dynein subtypes, which could explain the severe motility defects of mutant Kupffer's vesicle cilia. Our data demonstrate that all vertebrate PIH proteins are differently required for cilia/flagella motions and the assembly of axonemal dyneins, assigning specific dynein subtypes to each PIH protein.
履歴
登録2018年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年5月23日-
更新2018年12月12日-
現状2018年12月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6956.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈doublet microtubule structure from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.2 Å
密度
表面レベルムービー #1: 50
最小 - 最大-121.644226000000003 - 237.821179999999998
平均 (標準偏差)13.23016 (±48.751353999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180120120
Spacing120180120
セルA: 864.0 Å / B: 1296.0 Å / C: 864.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.27.27.2
M x/y/z120180120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z864.0001296.000864.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-153-266-98
NX/NY/NZ528514389
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120180120
D min/max/mean-121.644237.82113.230

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Doublet microtubule from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant

全体名称: Doublet microtubule from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Doublet microtubule from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant

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超分子 #1: Doublet microtubule from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant

超分子名称: Doublet microtubule from zebrafish sperm flagella, pih1d2_null mutant
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / Organelle: flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー
Manufacturer直径
BBInternational15 nm
Aurion15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FFC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 30000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 1.6 e/Å2

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 60
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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