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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6923 | |||||||||
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タイトル | M. smegmatis P/P state 30S ribosomal subunit | |||||||||
マップデータ | 30S masked map of translating-state ribosome of M. smegmatis | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌) / Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Mishra S / Ahmed T / Tyagi A / Shi J / Bhushan S | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structures of Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in complex with HPF, tmRNA, and P-tRNA. 著者: Satabdi Mishra / Tofayel Ahmed / Anu Tyagi / Jian Shi / Shashi Bhushan / 要旨: Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these ...Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these different functional states of ribosomes to understand their mechanism of action. Here, we present single particle cryo-EM reconstructions of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in the hibernating state (with HPF), trans-translating state (with tmRNA), and the P/P state (with P-tRNA) resolved to 4.1, 12.5, and 3.4 Å, respectively. A comparison of the P/P state with the hibernating state provides possible functional insights about the Mycobacteria-specific helix H54a rRNA segment. Interestingly, densities for all the four OB domains of bS1 protein is visible in the hibernating 70S ribosome displaying the molecular details of bS1-70S interactions. Our structural data shows a Mycobacteria-specific H54a-bS1 interaction which seems to prevent subunit dissociation and degradation during hibernation without the formation of 100S dimer. This indicates a new role of bS1 protein in 70S protection during hibernation in Mycobacteria in addition to its conserved function during translation initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6923.map.gz | 25.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6923-v30.xml emd-6923.xml | 34.4 KB 34.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6923.png | 106.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6923 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6923 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 30S masked map of translating-state ribosome of M. smegmatis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Translating-state 30S ribosome structure from M.smegmatis
+超分子 #1: Translating-state 30S ribosome structure from M.smegmatis
+超分子 #2: 30S ribosome
+超分子 #3: P-tRNAfMet
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #15: P-tRNAfMet
+分子 #2: 30S ribosomal protein S3
+分子 #3: 30S ribosomal protein S5
+分子 #4: 30S ribosomal protein S7
+分子 #5: 30S ribosomal protein S8
+分子 #6: 30S ribosomal protein S9
+分子 #7: 30S ribosomal protein S10
+分子 #8: 30S ribosomal protein S11
+分子 #9: 30S ribosomal protein S12
+分子 #10: 30S ribosomal protein S15
+分子 #11: 30S ribosomal protein S17
+分子 #12: 30S ribosomal protein S18 2
+分子 #13: 30S ribosomal protein S19
+分子 #14: 30S ribosomal protein S20
+分子 #16: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #17: 30S ribosomal protein S2
+分子 #18: 30S ribosomal protein S4
+分子 #19: 30S ribosomal protein S6
+分子 #20: 30S ribosomal protein S13
+分子 #21: 30S ribosomal protein S16
+分子 #22: Conserved domain protein
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 391837 |