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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6726 | |||||||||
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タイトル | Folding intermediate of RuBisCO in complex with the GroEL chaperonin. Class2 | |||||||||
マップデータ | Folding intermediate of RuBisCO in complex with the GroEL chaperonin. Class2. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Rhodospirillum rubrum (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Natesh R / Clare DK / Farr GW / Horwich AL / Saibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2018 タイトル: A two-domain folding intermediate of RuBisCO in complex with the GroEL chaperonin. 著者: Ramanathan Natesh / Daniel K Clare / George W Farr / Arthur L Horwich / Helen R Saibil / 要旨: The chaperonins (GroEL and GroES in Escherichia coli) are ubiquitous molecular chaperones that assist a subset of essential substrate proteins to undergo productive folding to the native state. Using ...The chaperonins (GroEL and GroES in Escherichia coli) are ubiquitous molecular chaperones that assist a subset of essential substrate proteins to undergo productive folding to the native state. Using single particle cryo EM and image processing we have examined complexes of E. coli GroEL with the stringently GroE-dependent substrate enzyme RuBisCO from Rhodospirillum rubrum. Here we present snapshots of non-native RuBisCO - GroEL complexes. We observe two distinct substrate densities in the binary complex reminiscent of the two-domain structure of the RuBisCO subunit, so that this may represent a captured form of an early folding intermediate. The occupancy of the complex is consistent with the negative cooperativity of GroEL with respect to substrate binding, in accordance with earlier mass spectroscopy studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6726.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6726-v30.xml emd-6726.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6726.png | 103.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6726 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6726 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Folding intermediate of RuBisCO in complex with the GroEL chaperonin. Class2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Non-native RuBisCO in complex with chaperonin GroEL
全体 | 名称: Non-native RuBisCO in complex with chaperonin GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1: Non-native RuBisCO in complex with chaperonin GroEL
超分子 | 名称: Non-native RuBisCO in complex with chaperonin GroEL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: GroEL.D473C.His6 with RuBisCO folding intermediate |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 863 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GroEL Tetradecamer / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 3.6.4.9 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AAKDVKFGND AGVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTTT ATVLAQAIIT EGLKAVAAGM NPMDLKRGID KAVTVAVEEL KALSVPCSDS KAIAQVGTIS ANSDETVGKL IAEAMDKVGK ...文字列: AAKDVKFGND AGVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTTT ATVLAQAIIT EGLKAVAAGM NPMDLKRGID KAVTVAVEEL KALSVPCSDS KAIAQVGTIS ANSDETVGKL IAEAMDKVGK EGVITVEDGT GLQDELDVVE GMQFDRGYLS PYFINKPETG AVELESPFIL LADKKISNIR EMLPVLEAVA KAGKPLLIIA EDVEGEALAT AVVNTIRGIV KVAAVKAPGF GDRRKAMLQD IATLTGGTVI SEEIGMELEK ATLEDLGQAK RVVINKDTTT IIDGVGEEAA IQGRVAQIRQ QIEEATSDYD REKLQERVAK LAGGVAVIKV GAATEVEMKE KKARVEDALH ATRAAVEEGV VAGGGVALIR VASKLADLRG QNEDQNVGIK VALRAMEAPL RQIVLNCGEE PSVVANTVKG GCGNYGYNAA TEEYGNMIDM GILDPTKVTR SALQYAASVA GLMITTECMV TDLP |
-分子 #2: RuBisCO
分子 | 名称: RuBisCO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: RuBisCO / 光学異性体: LEVO EC番号: リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TMITNSPDRW GYSAPHRTSR ESPPMDQSSR YVNLALKEED LIAGGEHVLC AYIMKPKAGY GYVATAAHFA AESSTGTNVE VCTTDDFTRG VDALVYEVDE ARELTKIAYP VALFDRNITD GKAMIASFLT LTMGNNQGMG DVEYAKMHDF YVPEAYRALF DGPSVNISAL ...文字列: TMITNSPDRW GYSAPHRTSR ESPPMDQSSR YVNLALKEED LIAGGEHVLC AYIMKPKAGY GYVATAAHFA AESSTGTNVE VCTTDDFTRG VDALVYEVDE ARELTKIAYP VALFDRNITD GKAMIASFLT LTMGNNQGMG DVEYAKMHDF YVPEAYRALF DGPSVNISAL WKVLGRPEVD GGLVVGTIIK PKLGLRPKPF AEACHAFWLG GDFIKNDEPQ GNQPFAPLRD TIALVADAMR RAQDETGEAK LFSANITADD PFEIIARGEY VLETFGENAS HVALLVDGYV AGAAAITTAR RRFPDNFLHY HRAGHGAVTS PQSKRGYTAF VHCKMARLQG ASGIHTGTMG FGKMEGESSD RAIAYMLTQD EAQGPFYRQS WGGMKACTPI ISGGMNALRM PGFFENLGNA NVILTAGGGA FGHIDGPVAG ARSLRQAWQA WRDGVPVLDY AREHKELARA FESFPGDADQ IYPGWRKALG VEDTRSALPA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.0863 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Folding Buffer (FB) consists of 50 mM HEPES pH7.5, 10 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 10 mM DTT. RuBisCO denatured in 20mM HCl, 10 M Urea, 20 mM DTT | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Protochips Inc., USA / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: The C-flat holey grids were coated with thin home made carbon film. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Blot approx. 1 sec before plunging. Visual.. | |||||||||||||||
詳細 | RuBisCO denatured in acid urea was complexed with GroEL.D473C.His6 in Folding Buffer |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN CT3500 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 撮影したグリッド数: 11 / 実像数: 468 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 詳細: Images were collected on Kodak SO-163 Film. Dose was 10-15 e-/A2/sec. |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 15477 詳細: 15477 particles were used in image processing after pruning bad particles in the dataset. 3 classes were obtained. This reconstruction is class 2 with non-native RuBisCO bound to GroELD473C.His6. |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: ctffind3, label and spider / 詳細: CTF phase flipping was perfomed |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: An image of side view generated from a 30 A filtered empty GroEL EM map previously constructed within the lab. |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 詳細: ANCHOR SET |
最終 3次元分類 | クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 5000 / ソフトウェア - 名称: IMAGIC 詳細: approximately 5000 in each class, with total 15477 particles in total. |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Number reference projections: 260 Projection matching processing - Merit function: CC Projection matching processing - Angular sampling: 2.0 degrees ソフトウェア - 名称: SPIDER |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 4845 |
詳細 | For both binary complex data sets, the positions of particles were noted in MRC programme XIMDISP. Perl script was used to extract particles in boxes of 512 x 512 pixels using the MRC program LABEL, and phase corrected using SPIDER. After CTF correction, the box size was cropped and sampling reduced so that all images were at 2.8 A per pixel in 196 x 196 pixel boxes. Images were band-pass filtered between 285 A and 6 A and normalized to zero mean and the same sigma in SPIDER. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Residue range: 2-525 |
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詳細 | Rigid body fit |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |