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- EMDB-6669: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6669
タイトルThe endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
マップデータTrpML1 density map at 8.12A resolution, sharpened by post-processing procedure in RELION
試料
  • 複合体: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
    • タンパク質・ペプチド: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.12 Å
データ登録者Li X / Zhou X
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2017
タイトル: Structural basis of dual Ca/pH regulation of the endolysosomal TRPML1 channel.
著者: Minghui Li / Wei K Zhang / Nicole M Benvin / Xiaoyuan Zhou / Deyuan Su / Huan Li / Shu Wang / Ioannis E Michailidis / Liang Tong / Xueming Li / Jian Yang /
要旨: The activities of organellar ion channels are often regulated by Ca and H, which are present in high concentrations in many organelles. Here we report a structural element critical for dual Ca/pH ...The activities of organellar ion channels are often regulated by Ca and H, which are present in high concentrations in many organelles. Here we report a structural element critical for dual Ca/pH regulation of TRPML1, a Ca-release channel crucial for endolysosomal function. TRPML1 mutations cause mucolipidosis type IV (MLIV), a severe lysosomal storage disorder characterized by neurodegeneration, mental retardation and blindness. We obtained crystal structures of the 213-residue luminal domain of human TRPML1 containing three missense MLIV-causing mutations. This domain forms a tetramer with a highly electronegative central pore formed by a novel luminal pore loop. Cysteine cross-linking and cryo-EM analyses confirmed that this architecture occurs in the full-length channel. Structure-function studies demonstrated that Ca and H interact with the luminal pore and exert physiologically important regulation. The MLIV-causing mutations disrupt the luminal-domain structure and cause TRPML1 mislocalization. Our study reveals the structural underpinnings of TRPML1's regulation, assembly and pathogenesis.
履歴
登録2016年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2018年9月5日-
現状2018年9月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.205
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.205
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TrpML1 density map at 8.12A resolution, sharpened by post-processing procedure in RELION
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.205 / ムービー #1: 0.205
最小 - 最大-0.9824227 - 1.065085
平均 (標準偏差)0.0040150178 (±0.055325072)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 211.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.642.642.64
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.9821.0650.004

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添付データ

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追加マップ: TrpML1 density map, not sharpened

ファイルemd_6669_additional.map
注釈TrpML1 density map, not sharpened
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1

全体名称: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
要素
  • 複合体: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
    • タンパク質・ペプチド: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1

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超分子 #1: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1

超分子名称: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: pFastBac1

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分子 #1: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1

分子名称: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGGGSMSRRS TTDRSDFNDN ASNASSNASR RPTINFQEIM EDLPHHERET GERLRRHLQF FFMNPMEKWK VRHQLPYKLV LQVLKIVFVT MQLILFAEMR MSHVDFLEDT TTVMRHRFLK EWNDDRDALQ YPPAEGRYSV YDDQGLSEHL SFLINSYYSI RNDSFASFSY ...文字列:
GGGGSMSRRS TTDRSDFNDN ASNASSNASR RPTINFQEIM EDLPHHERET GERLRRHLQF FFMNPMEKWK VRHQLPYKLV LQVLKIVFVT MQLILFAEMR MSHVDFLEDT TTVMRHRFLK EWNDDRDALQ YPPAEGRYSV YDDQGLSEHL SFLINSYYSI RNDSFASFSY DVVSHPSGNL GAQISFESIP PIEVLIDRIS NVTVNNNTYN FDIREVKDTK RLNLTETEVF QIGQSDDAVR DILATRGITF LPEDALKIST VQFKFRLRTI HYSPTAGDQK PECYKISVSI KFDNSRHTGQ VHVTLSTVVS YVNVCNGRII KGVGWSFDTL LIGGTDIFVL ILCILSLILC CRALIKAHLL QIKTSDYFEN VLKNKITVTD QLDFLNLWYV MIVVNDALII IGTVAKISIE FQDFDNSLFT LTSIFLGMGA LLVYVGVLRY FGFFSQYNIL MLTLKRSAPN IMRFMTCAIV LYAGFLIAGW VIIGPYSMKF RTLAESSEAL FSLLNGDDMF ATFYTINDSN TVIKVFGTVY IYLFVSLFIY VVLSLFIAII MDAYEVVKDR YSDGLRAIEK RGCLRDFVES NPPPSELGSP TTRSAYAPSN LLNLGRGWQR LE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
グリッドモデル: R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: waiting for 3 seconds before blotting for 3.5 seconds(double-sided,blot force 1), then the grid was immediately plunged into liquid ethane cooled by liquid-nitrogen..
詳細the sample was homogeneous

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 倍率(公称値): 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: an four pieces of propeller was drawn manually as initial model
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 71052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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