+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6669 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 | |||||||||
マップデータ | TrpML1 density map at 8.12A resolution, sharpened by post-processing procedure in RELION | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Li X / Zhou X | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Structural basis of dual Ca/pH regulation of the endolysosomal TRPML1 channel. 著者: Minghui Li / Wei K Zhang / Nicole M Benvin / Xiaoyuan Zhou / Deyuan Su / Huan Li / Shu Wang / Ioannis E Michailidis / Liang Tong / Xueming Li / Jian Yang / 要旨: The activities of organellar ion channels are often regulated by Ca and H, which are present in high concentrations in many organelles. Here we report a structural element critical for dual Ca/pH ...The activities of organellar ion channels are often regulated by Ca and H, which are present in high concentrations in many organelles. Here we report a structural element critical for dual Ca/pH regulation of TRPML1, a Ca-release channel crucial for endolysosomal function. TRPML1 mutations cause mucolipidosis type IV (MLIV), a severe lysosomal storage disorder characterized by neurodegeneration, mental retardation and blindness. We obtained crystal structures of the 213-residue luminal domain of human TRPML1 containing three missense MLIV-causing mutations. This domain forms a tetramer with a highly electronegative central pore formed by a novel luminal pore loop. Cysteine cross-linking and cryo-EM analyses confirmed that this architecture occurs in the full-length channel. Structure-function studies demonstrated that Ca and H interact with the luminal pore and exert physiologically important regulation. The MLIV-causing mutations disrupt the luminal-domain structure and cause TRPML1 mislocalization. Our study reveals the structural underpinnings of TRPML1's regulation, assembly and pathogenesis. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6669.map.gz | 348.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6669-v30.xml emd-6669.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6669.png | 83.6 KB | ||
その他 | emd_6669_additional.map.gz | 981.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6669 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6669 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TrpML1 density map at 8.12A resolution, sharpened by post-processing procedure in RELION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: TrpML1 density map, not sharpened
ファイル | emd_6669_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TrpML1 density map, not sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
全体 | 名称: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
超分子 | 名称: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: pFastBac1 |
-分子 #1: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1
分子 | 名称: The endolysosomal Ca2+ channel TRPML1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GGGGSMSRRS TTDRSDFNDN ASNASSNASR RPTINFQEIM EDLPHHERET GERLRRHLQF FFMNPMEKWK VRHQLPYKLV LQVLKIVFVT MQLILFAEMR MSHVDFLEDT TTVMRHRFLK EWNDDRDALQ YPPAEGRYSV YDDQGLSEHL SFLINSYYSI RNDSFASFSY ...文字列: GGGGSMSRRS TTDRSDFNDN ASNASSNASR RPTINFQEIM EDLPHHERET GERLRRHLQF FFMNPMEKWK VRHQLPYKLV LQVLKIVFVT MQLILFAEMR MSHVDFLEDT TTVMRHRFLK EWNDDRDALQ YPPAEGRYSV YDDQGLSEHL SFLINSYYSI RNDSFASFSY DVVSHPSGNL GAQISFESIP PIEVLIDRIS NVTVNNNTYN FDIREVKDTK RLNLTETEVF QIGQSDDAVR DILATRGITF LPEDALKIST VQFKFRLRTI HYSPTAGDQK PECYKISVSI KFDNSRHTGQ VHVTLSTVVS YVNVCNGRII KGVGWSFDTL LIGGTDIFVL ILCILSLILC CRALIKAHLL QIKTSDYFEN VLKNKITVTD QLDFLNLWYV MIVVNDALII IGTVAKISIE FQDFDNSLFT LTSIFLGMGA LLVYVGVLRY FGFFSQYNIL MLTLKRSAPN IMRFMTCAIV LYAGFLIAGW VIIGPYSMKF RTLAESSEAL FSLLNGDDMF ATFYTINDSN TVIKVFGTVY IYLFVSLFIY VVLSLFIAII MDAYEVVKDR YSDGLRAIEK RGCLRDFVES NPPPSELGSP TTRSAYAPSN LLNLGRGWQR LE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: waiting for 3 seconds before blotting for 3.5 seconds(double-sided,blot force 1), then the grid was immediately plunged into liquid ethane cooled by liquid-nitrogen.. | |||||||||
詳細 | the sample was homogeneous |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: an four pieces of propeller was drawn manually as initial model |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 71052 |