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万見
- EMDB-6471: Platelet from a healthy woman -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6471
タイトルPlatelet from a healthy woman血小板
マップデータTomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
試料
  • 試料: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
  • 細胞器官・細胞要素: platelet血小板
キーワードovarian cancer (卵巣腫瘍) / platelet (血小板) / thrombosis (血栓症) / ultrastructure (微細構造)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wang R / Stone RL / Kaelber JT / Rochat RH / Nick AM / Vijayan KV / Afshar-Kharghan V / Schmid MF / Dong JF / Sood AK / Chiu W
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Electron cryotomography reveals ultrastructure alterations in platelets from patients with ovarian cancer.
著者: Rui Wang / Rebecca L Stone / Jason T Kaelber / Ryan H Rochat / Alpa M Nick / K Vinod Vijayan / Vahid Afshar-Kharghan / Michael F Schmid / Jing-Fei Dong / Anil K Sood / Wah Chiu /
要旨: Thrombocytosis and platelet hyperreactivity are known to be associated with malignancy; however, there have been no ultrastructure studies of platelets from patients with ovarian cancer. Here, we ...Thrombocytosis and platelet hyperreactivity are known to be associated with malignancy; however, there have been no ultrastructure studies of platelets from patients with ovarian cancer. Here, we used electron cryotomography (cryo-ET) to examine frozen-hydrated platelets from patients with invasive ovarian cancer (n = 12) and control subjects either with benign adnexal mass (n = 5) or free from disease (n = 6). Qualitative inspections of the tomograms indicate significant morphological differences between the cancer and control platelets, including disruption of the microtubule marginal band. Quantitative analysis of subcellular features in 120 platelet electron tomograms from these two groups showed statistically significant differences in mitochondria, as well as microtubules. These structural variations in the platelets from the patients with cancer may be correlated with the altered platelet functions associated with malignancy. Cryo-ET of platelets shows potential as a noninvasive biomarker technology for ovarian cancer and other platelet-related diseases.
履歴
登録2015年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月21日-
マップ公開2015年11月4日-
更新2015年11月11日-
現状2015年11月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_6471.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
ボクセルのサイズX=Y=Z: 12 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)7.05368996 (±86.030555730000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-282-896200
サイズ34203135500
Spacing34203135500
セルA: 37620.0 Å / B: 41040.0 Å / C: 6000.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z121212
M x/y/z31353420500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z37620.00041040.0006000.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ46-111107
NX/NY/NZ131164142
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-896-282200
NC/NR/NS31353420500
D min/max/mean-128.000127.0007.054

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor

全体名称: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
要素
  • 試料: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
  • 細胞器官・細胞要素: platelet血小板

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超分子 #1000: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor

超分子名称: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: platelet

超分子名称: platelet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: thrombocyte / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: blood / 細胞: platelet

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液詳細: native platelet-rich plasma
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R3.5/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 2 blots, 2 seconds each

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 12500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 15.0 µm / 倍率（公称値）: 10000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -62 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 62 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism correction
詳細2 degree tilt increment
日付2011年10月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 62 / 平均電子線量: 2 e/Å2

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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