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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6420 | |||||||||
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タイトル | Local map for Cwf17/Cwf8 region of the yeast spliceosome at 4.28 angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | Reconstruction by applying local mask for Cwf17/Cwf8 region | |||||||||
試料 |
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キーワード | Local masking / Cwf17/Cwf8 region / 4.28 angstrom | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / protein modification by small protein conjugation or removal / regulation of siRNA-mediated facultative heterochromatin formation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / second spliceosomal transesterification activity / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER ...: / : / : / : / protein modification by small protein conjugation or removal / regulation of siRNA-mediated facultative heterochromatin formation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / second spliceosomal transesterification activity / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / : / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / Prp19 complex / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / フォールディング / 核膜 / cysteine-type deubiquitinase activity / 細胞周期 / ribonucleoprotein complex / DNA修復 / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan C / Hang J / Wan R / Huang M / Wong C / Shi Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution. 著者: Chuangye Yan / Jing Hang / Ruixue Wan / Min Huang / Catherine C L Wong / Yigong Shi / 要旨: Splicing of precursor messenger RNA (pre-mRNA) in yeast is executed by the spliceosome, which consists of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), NTC (nineteen complex), NTC-related proteins ...Splicing of precursor messenger RNA (pre-mRNA) in yeast is executed by the spliceosome, which consists of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), NTC (nineteen complex), NTC-related proteins (NTR), and a number of associated enzymes and cofactors. Here, we report the three-dimensional structure of a Schizosaccharomyces pombe spliceosome at 3.6-angstrom resolution, revealed by means of single-particle cryogenic electron microscopy. This spliceosome contains U2 and U5 snRNPs, NTC, NTR, U6 small nuclear RNA, and an RNA intron lariat. The atomic model includes 10,574 amino acids from 37 proteins and four RNA molecules, with a combined molecular mass of approximately 1.3 megadaltons. Spp42 (Prp8 in Saccharomyces cerevisiae), the key protein component of the U5 snRNP, forms a central scaffold and anchors the catalytic center. Both the morphology and the placement of protein components appear to have evolved to facilitate the dynamic process of pre-mRNA splicing. Our near-atomic-resolution structure of a central spliceosome provides a molecular framework for mechanistic understanding of pre-mRNA splicing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6420.map.gz | 166.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6420-v30.xml emd-6420.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6420.gif 80_6420.gif | 47.6 KB 3.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6420 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6420 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction by applying local mask for Cwf17/Cwf8 region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Spliceosome
全体 | 名称: Spliceosomeスプライセオソーム |
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要素 |
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-超分子 #1000: Spliceosome
超分子 | 名称: Spliceosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Spliceosome
分子 | 名称: Spliceosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2015年3月29日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - スキャナー: TEMSCAN / 実像数: 2246 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.28 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 112795 |