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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6314 | |||||||||
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タイトル | Catalase solved at 3.2 Angstrom resolution by MicroED | |||||||||
マップデータ | Catalase diffraction data phased by molecular replacement | |||||||||
試料 |
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キーワード | catalase (カタラーゼ) / microcrystal | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Detoxification of Reactive Oxygen Species / catalase complex / cellular detoxification of hydrogen peroxide / Peroxisomal protein import / カタラーゼ / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide ...Detoxification of Reactive Oxygen Species / catalase complex / cellular detoxification of hydrogen peroxide / Peroxisomal protein import / カタラーゼ / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / ペルオキシソーム / heme binding / enzyme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Nannenga BL / Shi D / Hattne J / Reyes FE / Gonen T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Structure of catalase determined by MicroED. 著者: Brent L Nannenga / Dan Shi / Johan Hattne / Francis E Reyes / Tamir Gonen / 要旨: MicroED is a recently developed method that uses electron diffraction for structure determination from very small three-dimensional crystals of biological material. Previously we used a series of ...MicroED is a recently developed method that uses electron diffraction for structure determination from very small three-dimensional crystals of biological material. Previously we used a series of still diffraction patterns to determine the structure of lysozyme at 2.9 Å resolution with MicroED (Shi et al., 2013). Here we present the structure of bovine liver catalase determined from a single crystal at 3.2 Å resolution by MicroED. The data were collected by continuous rotation of the sample under constant exposure and were processed and refined using standard programs for X-ray crystallography. The ability of MicroED to determine the structure of bovine liver catalase, a protein that has long resisted atomic analysis by traditional electron crystallography, demonstrates the potential of this method for structure determination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6314.map.gz | 16.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6314-v30.xml emd-6314.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6314.gif 80_6314.gif | 105.4 KB 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6314 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6314 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3j7bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Catalase diffraction data phased by molecular replacement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.75156 Å / Y: 0.79667 Å / Z: 0.75863 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : catalase
全体 | 名称: catalaseカタラーゼ |
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要素 |
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-超分子 #1000: catalase
超分子 | 名称: catalase / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: catalase microcrystals / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: catalase
分子 | 名称: catalase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: catalase microcrystals / 集合状態: tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: liver |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
配列 | UniProtKB: カタラーゼ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.3 / 詳細: 50 mM sodium phosphate |
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グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid with holey carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Crystals were added to the grid for 30 seconds and then blotted for 2 to 6 seconds. |
詳細 | Catalase containing 10% sodium chloride was dialyzed overnight in 50 mM sodium phosphate to remove the sodium chloride. Crystals formed following dialysis. |
結晶化 | 詳細: Catalase containing 10% sodium chloride was dialyzed overnight in 50 mM sodium phosphate to remove the sodium chloride. Crystals formed following dialysis. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION回折 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle min: -55 / Tilt angle max: 55 / Tilt series - Axis1 - Min angle: -55 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 55 ° |
温度 | 最低: 90 K / 最高: 110 K / 平均: 100 K |
日付 | 2014年6月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 0.1 e/Å2 / カメラ長: 2000 詳細: Raw diffraction images are available upon request. Contact the Gonen lab for access. |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
結晶パラメータ | 単位格子 - A: 67.84 Å / 単位格子 - B: 172.08 Å / 単位格子 - C: 182.070 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P 21 21 21 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |