[日本語] English
万見
- EMDB-6289: Three dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6289
タイトルThree dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo electron microscopy
マップデータThree dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo electron microscopy
試料
  • 試料: Three-dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo EM
  • タンパク質・ペプチド: Arp1
  • タンパク質・ペプチド: Actinアクチン
  • タンパク質・ペプチド: Arp11
  • タンパク質・ペプチド: p62
  • タンパク質・ペプチド: p25
  • タンパク質・ペプチド: p27
  • タンパク質・ペプチド: CapZ alpha
  • タンパク質・ペプチド: CapZ beta
キーワードdynactin (ダイナクチン) / actin-related proteins / dynein (ダイニン)
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Chowdhury S / Ketcham SA / Schroer TA / Lander GC
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structural organization of the dynein-dynactin complex bound to microtubules.
著者: Saikat Chowdhury / Stephanie A Ketcham / Trina A Schroer / Gabriel C Lander /
要旨: Cytoplasmic dynein associates with dynactin to drive cargo movement on microtubules, but the structure of the dynein-dynactin complex is unknown. Using electron microscopy, we determined the ...Cytoplasmic dynein associates with dynactin to drive cargo movement on microtubules, but the structure of the dynein-dynactin complex is unknown. Using electron microscopy, we determined the organization of native bovine dynein, dynactin and the dynein-dynactin-microtubule quaternary complex. In the microtubule-bound complex, the dynein motor domains are positioned for processive unidirectional movement, and the cargo-binding domains of both dynein and dynactin are accessible.
履歴
登録2015年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月11日-
マップ公開2015年3月11日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.69
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.69
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6289.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6289.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo electron microscopy
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.69 / ムービー #1: 3.69
最小 - 最大-30.655632019999999 - 45.313503269999998
平均 (標準偏差)0.00019436 (±0.95106626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ258258258
Spacing258258258
セルA=B=C: 675.95996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z258258258
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z675.960675.960675.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS258258258
D min/max/mean-30.65645.3140.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Three-dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo EM

全体名称: Three-dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo EM
要素
  • 試料: Three-dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo EM
  • タンパク質・ペプチド: Arp1
  • タンパク質・ペプチド: Actinアクチン
  • タンパク質・ペプチド: Arp11
  • タンパク質・ペプチド: p62
  • タンパク質・ペプチド: p25
  • タンパク質・ペプチド: p27
  • タンパク質・ペプチド: CapZ alpha
  • タンパク質・ペプチド: CapZ beta

-
超分子 #1000: Three-dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo EM

超分子名称: Three-dimensional reconstruction of bovine dynactin complex by cryo EM
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was monodisperse. The shoulder domain of dynactin would dissociate during cryo grid preparation.
集合状態: One CapZ alpha, one capZ beta, eight Arp1, one actin, one Arp11, one p25, one p27, one p62
Number unique components: 8
分子量理論値: 1 MDa

-
分子 #1: Arp1

分子名称: Arp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 集合状態: Octamer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 42.6 KDa

-
分子 #2: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 42 KDa

-
分子 #3: Arp11

分子名称: Arp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 42 KDa

-
分子 #4: p62

分子名称: p62 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 62 KDa

-
分子 #5: p25

分子名称: p25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 25 KDa

-
分子 #6: p27

分子名称: p27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 27 KDa

-
分子 #7: CapZ alpha

分子名称: CapZ alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 33 KDa

-
分子 #8: CapZ beta

分子名称: CapZ beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 33 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 35 mM Tris, 5 mM MgSO4, 150 mM KCl, 1 mM TCEP
グリッド詳細: 400 mesh C-flat holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 83.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: External environment at 4 degrees Celsius, 98% humidity.
手法: 4 uL dynactin sample was applied to a cflat holey grid. Excess sample was manually blotted using filter paper for 5-7 seconds and immediately vitrified by plunge-freezing into liquid ethane ...手法: 4 uL dynactin sample was applied to a cflat holey grid. Excess sample was manually blotted using filter paper for 5-7 seconds and immediately vitrified by plunge-freezing into liquid ethane slurry at -179 degrees Celsius.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen-cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度最低: 83 K / 最高: 85 K / 平均: 84 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 22,500 times magnification.
詳細Imaging was done on a Gatan K2 Summit camera operated in counting mode at a dose rate of 10 electrons/pixel/s. Each movie comprised 30 frames acquired over 6s, with a cumulative dose of 35 electrons/A**2.
日付2014年10月20日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 2421 / 平均電子線量: 35 e/Å2
詳細: Data collected using Leginon automated image acquisition software. Each movie comprised 30 frames acquired over 6 seconds.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 角度割当詳細: Theta 45 degrees, phi 45 degrees
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion
詳細: Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected from micrographs using a template-based automated particle picker. The stack was ...詳細: Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected from micrographs using a template-based automated particle picker. The stack was subjected to five iterations of iterative 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). The clean particle stack was subjected to 25 iterations of 3D classification with three classes using the Relion suite. Particles belonging to well-resolved 3D class averages were used for further refinement by projection matching in Relion.
使用した粒子像数: 59538
詳細Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected from micrographs using a template-based automated particle picker. The stack was subjected to five iterations of iterative 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). The clean particle stack was subjected to 25 iterations of 3D classification with three classes using the Relion suite. Particles belonging to well-resolved 3D class averages were used for further refinement by projection matching in Relion.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る