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万見
- EMDB-6003: Cryo-electron tomography of full-length glycoprotein from Ebola v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6003
タイトルCryo-electron tomography of full-length glycoprotein from Ebola virus-like particles
マップデータMolecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer, including the mucin-like domain
試料
  • 試料: Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
キーワードEbola (エボラ出血熱) / glycoprotein (糖タンパク質) / mucin-like domain
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Tran EEH / Simmons JA / Bartesaghi A / Shoemaker CJ / Nelson E / White JM / Subramaniam S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Spatial localization of the Ebola virus glycoprotein mucin-like domain determined by cryo-electron tomography.
著者: Erin E H Tran / James A Simmons / Alberto Bartesaghi / Charles J Shoemaker / Elizabeth Nelson / Judith M White / Sriram Subramaniam /
要旨: The Ebola virus glycoprotein mucin-like domain (MLD) is implicated in Ebola virus cell entry and immune evasion. Using cryo-electron tomography of Ebola virus-like particles, we determined a three- ...The Ebola virus glycoprotein mucin-like domain (MLD) is implicated in Ebola virus cell entry and immune evasion. Using cryo-electron tomography of Ebola virus-like particles, we determined a three-dimensional structure for the full-length glycoprotein in a near-native state and compared it to that of a glycoprotein lacking the MLD. Our results, which show that the MLD is located at the apex and the sides of each glycoprotein monomer, provide a structural template for analysis of MLD function.
履歴
登録2014年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月6日-
マップ公開2014年8月6日-
更新2014年9月3日-
現状2014年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.217
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.217
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6003.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer, including the mucin-like domain
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.217 / ムービー #1: 0.217
最小 - 最大-0.67349398 - 1.2895354
平均 (標準偏差)-0.00107782 (±0.12826303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ555599
Spacing555599
セルA: 225.5 Å / B: 225.5 Å / C: 405.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z555599
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z225.500225.500405.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS555599
D min/max/mean-0.6731.290-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer

全体名称: Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer
要素
  • 試料: Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein

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超分子 #1000: Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer

超分子名称: Molecular structure of Ebola VLP full-length glycoprotein trimer
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 1

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分子 #1: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Envelope glycoproteins present on the surface of intact virus-like particles
コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 別称: Ebola
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T
組換プラスミド: pVP40, pBeta-Lactamase-VP40, pmCherry-VP40, pEbola Zaire GP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 130 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10% sucrose
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil Multi-A
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Blot for 6 seconds at 22 degrees C, 100% humidity, blot offset -2, plunge into an ethane slurry cooled by liquid nitrogen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 34000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
温度平均: 81 K
日付2013年3月5日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 37 / 平均電子線量: 150 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 5298
詳細Subtomogram density was selected using an automatic selection program.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3csy


Chain - #0 - Chain ID: I / Chain - #1 - Chain ID: K / Chain - #2 - Chain ID: M / Chain - #3 - Chain ID: O
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body, automated fitting procedures
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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