+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5798 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of a ribosome bound to EF-G and P/E site tRNA. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | protein structure (タンパク質構造) / translation (翻訳 (生物学)) / EF-G (EF-G) / electron cryo-microscopy (低温電子顕微鏡法) / single particle analysis (単粒子解析法) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular anatomical structure / ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Brilot AF / Korostelev AA / Ermolenko DN / Grigorieff N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013 タイトル: Structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the pretranslocation state. 著者: Axel F Brilot / Andrei A Korostelev / Dmitri N Ermolenko / Nikolaus Grigorieff / 要旨: During protein synthesis, tRNAs and their associated mRNA codons move sequentially on the ribosome from the A (aminoacyl) site to the P (peptidyl) site to the E (exit) site in a process catalyzed by ...During protein synthesis, tRNAs and their associated mRNA codons move sequentially on the ribosome from the A (aminoacyl) site to the P (peptidyl) site to the E (exit) site in a process catalyzed by a universally conserved ribosome-dependent GTPase [elongation factor G (EF-G) in prokaryotes and elongation factor 2 (EF-2) in eukaryotes]. Although the high-resolution structure of EF-G bound to the posttranslocation ribosome has been determined, the pretranslocation conformation of the ribosome bound with EF-G and A-site tRNA has evaded visualization owing to the transient nature of this state. Here we use electron cryomicroscopy to determine the structure of the 70S ribosome with EF-G, which is trapped in the pretranslocation state using antibiotic viomycin. Comparison with the posttranslocation ribosome shows that the small subunit of the pretranslocation ribosome is rotated by ∼12° relative to the large subunit. Domain IV of EF-G is positioned in the cleft between the body and head of the small subunit outwardly of the A site and contacts the A-site tRNA. Our findings suggest a model in which domain IV of EF-G promotes the translocation of tRNA from the A to the P site as the small ribosome subunit spontaneously rotates back from the hybrid, rotated state into the nonrotated posttranslocation state. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5798.map.gz | 105.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5798-v30.xml emd-5798.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5798_1.jpg emd_5798_2.png | 220.9 KB 224.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5798 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of a ribosome bound to EF-G and P/E site tRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosome bound to EF-G and P/E tRNA
全体 | 名称: Ribosome bound to EF-G and P/E tRNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Ribosome bound to EF-G and P/E tRNA
超分子 | 名称: Ribosome bound to EF-G and P/E tRNA / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 6 |
---|---|
分子量 | 理論値: 3 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
分子量 | 理論値: 3 MDa |
-分子 #1: Elongation Factor G
分子 | 名称: Elongation Factor G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EF-G / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 78 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: K-12 |
配列 | UniProtKB: EF-G GO: translational elongation, GTP binding, translation elongation factor activity, intracellular anatomical structure InterPro: Translation elongation factor EFG/EF2 |
-分子 #2: Transfer RNA
分子 | 名称: Transfer RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 実験値: 25 KDa |
-分子 #3: Messenger RNA
分子 | 名称: Messenger RNA / タイプ: rna / ID: 3 / Name.synonym: mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12 KDa |
配列 | 文字列: GGCAAGGAGG UAAAAAUGUU UAAACGUAAA UCUACU |
-分子 #4: Fusidic Acid
分子 | 名称: Fusidic Acid / タイプ: ligand / ID: 4 / Name.synonym: Fus / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 1 KDa |
Chemical component information | ChemComp-FUA: |
-分子 #5: Viomycin
分子 | 名称: Viomycin / タイプ: ligand / ID: 5 / Name.synonym: Vio / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 1 KDa |
Chemical component information |
ChemComp-PRD_000226: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid |
グリッド | 詳細: C-flat 1.2/1.3 holey carbon 400 mesh copper grid, glow discharged with a current of -20 mA for 45 seconds in an EMITECH K100X glow discharge unit |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II 手法: Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side ...手法: Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 134615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.95 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.15 µm / 倍率(公称値): 133333 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Automatically corrected using FEI software |
日付 | 2012年11月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 実像数: 13341 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3, FREALIGN per micrograph |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC, FREALIGN, RSAMPLE, CTFFIND3 詳細: Refinement included data to 12 Angstrom resolution to limit FSC bias. See primary citation Supplementary Information for details. 使用した粒子像数: 1341961 |
詳細 | Refinement and 3D classification performed by Frealign. See primary citation Supplementary Information for details. |