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万見
- EMDB-5625: Architecture of a helicase loading intermediate containing ORC-Cd... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5625
タイトルArchitecture of a helicase loading intermediate containing ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7 on DNA reveals similarity to DNA polymerase clamp loading complexes
マップデータReconstruction of ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex at DNA origin in ATPrS
試料
  • 試料: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex
  • タンパク質・ペプチド: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex
キーワードPreRC / ORC / Cdc6 / Cdt1 / Mcm2-7 (ミニ染色体維持複合体成分2)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Sun J / Evrin C / Samel S / Fernandez-Cid A / Riera A / Kawakami H / Stillman B / Speck C / Li H
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Cryo-EM structure of a helicase loading intermediate containing ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7 bound to DNA.
著者: Jingchuan Sun / Cecile Evrin / Stefan A Samel / Alejandra Fernández-Cid / Alberto Riera / Hironori Kawakami / Bruce Stillman / Christian Speck / Huilin Li /
要旨: In eukaryotes, the Cdt1-bound replicative helicase core MCM2-7 is loaded onto DNA by the ORC-Cdc6 ATPase to form a prereplicative complex (pre-RC) with an MCM2-7 double hexamer encircling DNA. Using ...In eukaryotes, the Cdt1-bound replicative helicase core MCM2-7 is loaded onto DNA by the ORC-Cdc6 ATPase to form a prereplicative complex (pre-RC) with an MCM2-7 double hexamer encircling DNA. Using purified components in the presence of ATP-γS, we have captured in vitro an intermediate in pre-RC assembly that contains a complex between the ORC-Cdc6 and Cdt1-MCM2-7 heteroheptamers called the OCCM. Cryo-EM studies of this 14-subunit complex reveal that the two separate heptameric complexes are engaged extensively, with the ORC-Cdc6 N-terminal AAA+ domains latching onto the C-terminal AAA+ motor domains of the MCM2-7 hexamer. The conformation of ORC-Cdc6 undergoes a concerted change into a right-handed spiral with helical symmetry that is identical to that of the DNA double helix. The resulting ORC-Cdc6 helicase loader shows a notable structural similarity to the replication factor C clamp loader, suggesting a conserved mechanism of action.
履歴
登録2013年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年7月24日-
更新2013年8月14日-
現状2013年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5625_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 670.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex at DNA origin in ATPrS
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.23 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.49997807 - 7.94068527
平均 (標準偏差)0.25216204 (±0.86932105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-28-28-28
サイズ565656
Spacing565656
セルA=B=C: 236.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.234.234.23
M x/y/z565656
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z236.880236.880236.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-28-28-28
NC/NR/NS565656
D min/max/mean-1.5007.9410.252

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex

全体名称: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex
要素
  • 試料: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex
  • タンパク質・ペプチド: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex

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超分子 #1000: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex

超分子名称: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 14
分子量理論値: 1.1 MDa

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分子 #1: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex

分子名称: ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: OCCM / コピー数: 1 / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 1.1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES-KOH
グリッド詳細: thin carbon layer on holey carbon, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I
手法: A thin carbon layer was floated onto holey carbon and glow discharged. 2.8 uL sample was added and after 30 seconds was blotted for 5 seconds and plunge-frozen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400K magnification.
日付2010年3月8日
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
実像数: 800 / 平均電子線量: 15 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: each particle set by ctfit
最終 2次元分類クラス数: 1104
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1, EMAN2 / 使用した粒子像数: 92049
詳細Particles were selected with e2boxer.py in swarm mode. Additional good particles were selected and bad particles were removed manually. After structural factor and CTF correction in EMAN1, the phase-flipped particles were normalized (edgenorm, hp=1) and pooled. Refine2d.py was run and particles in bad class averages were removed. Initial models were made using EMAN2, but 3D refinement was performed using EMAN1.8 without ctfc or ctfcw.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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