+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5498 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of ABCA4, the photoreceptor-specific ATP-binding cassette transporter, in complex with AMPPNP | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the ABCA4-AMPPNP complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ABC transporter / ABCA subfamily / vision / photoreceptor / retinoids | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Tsybovsky Y / Orban T / Molday RS / Taylor D / Palczewski K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Molecular organization and ATP-induced conformational changes of ABCA4, the photoreceptor-specific ABC transporter. 著者: Yaroslav Tsybovsky / Tivadar Orban / Robert S Molday / Derek Taylor / Krzysztof Palczewski / 要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters use ATP to translocate various substrates across cellular membranes. Several members of subfamily A of mammalian ABC transporters are associated with severe ...ATP-binding cassette (ABC) transporters use ATP to translocate various substrates across cellular membranes. Several members of subfamily A of mammalian ABC transporters are associated with severe health disorders, but their unusual complexity and large size have so far precluded structural characterization. ABCA4 is localized to the discs of vertebrate photoreceptor outer segments. This protein transports N-retinylidene-phosphatidylethanolamine to the outer side of disc membranes to prevent formation of toxic compounds causing macular degeneration. An 18 Å-resolution structure of ABCA4 isolated from bovine rod outer segments was determined using electron microscopy and single-particle reconstruction. Significant conformational changes in the cytoplasmic and transmembrane regions were observed upon binding of a nonhydrolyzable ATP analog and accompanied by altered hydrogen/deuterium exchange in the Walker A motif of one of the nucleotide-binding domains. These findings provide an initial view of the molecular organization and functional rearrangements for any member of the ABCA subfamily of ABC transporters. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5498.map.gz | 10.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5498-v30.xml emd-5498.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5498.tif | 60.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5498 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5498 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5498_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5498_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5498_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5498 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5498 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of the ABCA4-AMPPNP complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented wi...
全体 | 名称: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented with AMPPNP, a non-hydrolyzable ATP analogue |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented wi...
超分子 | 名称: ABCA4 purified from bovine rod outer segments and supplemented with AMPPNP, a non-hydrolyzable ATP analogue タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The total molecular weight includes estimated MW of Amphipol 8-35 bound to the protein 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 360 KDa / 手法: Size exclusion chromatography |
-分子 #1: ABCA4
分子 | 名称: ABCA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ABCR, rim protein 詳細: The total molecular weight includes estimated MW of Amphipol 8-35 bound to the protein コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Retina / 細胞: Rod photoreceptor / Organelle: outer segment / 細胞中の位置: outer segment disk membrane |
分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 360 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM BTP, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 1 mM AMPPNP |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 1% w/v uranyl acetate for 10 seconds |
グリッド | 詳細: Glow discharged Cu/Pd 400 mesh grids with thin carbon support. |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
日付 | 2012年4月21日 |
撮影 | 実像数: 200 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 70373 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected manually |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Each defocus group |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 38090 |