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- EMDB-5493: Reconstruction of the Microtubule Alone on CCD for Difference Map... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5493
タイトルReconstruction of the Microtubule Alone on CCD for Difference Map Calculation
マップデータReconstruction of undecorated 14 protofilament microtubule for difference map calculation
試料
  • 試料: microtubule微小管
  • タンパク質・ペプチド: tubulinチューブリン
キーワードmicrotubule (微小管) / Ndc80 / Hec1 / kinetochore (動原体) / mitosis (有糸分裂)
生物種Bos taurus (ウシ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Alushin GM / Musinipally V / Matson D / Tooley J / Stukenberg PT / Nogales E
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Multimodal microtubule binding by the Ndc80 kinetochore complex.
著者: Gregory M Alushin / Vivek Musinipally / Daniel Matson / John Tooley / P Todd Stukenberg / Eva Nogales /
要旨: The Ndc80 complex is a key site of kinetochore-microtubule attachment during cell division. The human complex engages microtubules with a globular 'head' formed by tandem calponin-homology domains ...The Ndc80 complex is a key site of kinetochore-microtubule attachment during cell division. The human complex engages microtubules with a globular 'head' formed by tandem calponin-homology domains and an 80-amino-acid unstructured 'tail' that contains sites of phosphoregulation by the Aurora B kinase. Using biochemical, cell biological and electron microscopy analyses, we dissected the roles of the tail in binding of microtubules and mediation of cooperative interactions between Ndc80 complexes. Two segments of the tail that contain Aurora B phosphorylation sites become ordered at interfaces; one with tubulin and the second with an adjacent Ndc80 head on the microtubule surface, forming interactions that are disrupted by phosphorylation. We propose a model in which Ndc80's interaction with either growing or shrinking microtubule ends can be tuned by the phosphorylation state of its tail.
履歴
登録2012年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年10月3日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.81
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.81
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of undecorated 14 protofilament microtubule for difference map calculation
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.81 / ムービー #1: 1.81
最小 - 最大-5.29937935 - 7.26525879
平均 (標準偏差)0.16558601 (±1.88758683)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 191.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.742.742.74
M x/y/z707070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z191.800191.800191.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-5.2997.2650.166

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : microtubule

全体名称: microtubule微小管
要素
  • 試料: microtubule微小管
  • タンパク質・ペプチド: tubulinチューブリン

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超分子 #1000: microtubule

超分子名称: microtubule / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: tubulin is a heterodimer of alpha- and beta- tubulin
Number unique components: 1
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: tubulin

分子名称: tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tubulin / コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: brain / 細胞中の位置: cytoskeleton
分子量理論値: 110 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05% Nonidet P-40, 20uM taxol
グリッド詳細: C-flat 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II
手法: 2 uL of 0.25 mg/mL MTs applied to grid for 1 minute, 4 uL of 0.7 mg/mL Ndc80 bonsai added, manually blot 1 minute, another 4 uL of Ndc80 applied for 1 minute, 2 uL removed with pipettor, blot ...手法: 2 uL of 0.25 mg/mL MTs applied to grid for 1 minute, 4 uL of 0.7 mg/mL Ndc80 bonsai added, manually blot 1 minute, another 4 uL of Ndc80 applied for 1 minute, 2 uL removed with pipettor, blot for 2 seconds before plunging, 0 mm offset

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism corrected at 100Kx mag
日付2011年8月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 146 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase-flipping each image
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.90136 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 25.75775 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2/SPARX
詳細: Particles were aligned using multi-model IHRSR protocol in EMAN2/SPARX with naked 13 and 14 protofilament microtubules as references. The deposited map is a segmented region for difference ...詳細: Particles were aligned using multi-model IHRSR protocol in EMAN2/SPARX with naked 13 and 14 protofilament microtubules as references. The deposited map is a segmented region for difference map calculation. No amplitude scaling was applied.
詳細The phase-flipped particles were aligned using IHRSR in EMAN2/SPARX.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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