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- EMDB-5408: The Structure of the Sec13/31 COPII Cage Bound to Sec23 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5408
タイトルThe Structure of the Sec13/31 COPII Cage Bound to Sec23
マップデータReconstruction of COPII coat
試料
  • 試料: Sec13/31-23 coat
  • タンパク質・ペプチド: COPII
キーワードCOPII (COPII) / Sec13/31 / Sec23 / secretory pathway (分泌)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 38.0 Å
データ登録者Bhattacharya N / O'Donnell J / Stagg SM
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012
タイトル: The structure of the Sec13/31 COPII cage bound to Sec23.
著者: Nilakshee Bhattacharya / Jason O Donnell / Scott M Stagg /
要旨: Structural studies have revealed some of the organizing principles and mechanisms involved in the assembly of the COPII coat including the location of the Sec23/24 adapter layer. Previous studies, ...Structural studies have revealed some of the organizing principles and mechanisms involved in the assembly of the COPII coat including the location of the Sec23/24 adapter layer. Previous studies, however, were unable to unambiguously determine the positions of Sec23 and Sec24 in the coat. Here, we have determined a cryogenic electron microscopic structure of Sec13/31 together with Sec23. Electron tomography revealed that the binding of Sec23 induces Sec13/31 to form a variety of different geometries including a cuboctahedron, as was previously characterized for Sec13/31 alone. Single-particle reconstruction of the Sec13/31-23 cuboctahedra revealed that the binding of Sec23 induces a conformational change in Sec13/31, resulting in a more extended conformation. Docking Sec23 crystal structures into the electron microscopy map suggested that Sec24 projects its cargo binding surface out into the large open faces of the coat. These results have implications for the mechanisms by which COPII transports large cargos, cargos with large intracellular domains, and for tethering complexes that must project out of the coat in order to interact with their binding partners. Furthermore, Sec23 binds Sec13/31 at two unique sites in the coat, which suggests that each site may have unique roles in the mechanisms of COPII vesiculation.
履歴
登録2012年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月4日-
マップ公開2012年4月30日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of COPII coat
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.3 / ムービー #1: 4.3
最小 - 最大-7.48428011 - 13.17608929
平均 (標準偏差)0.0 (±0.94375163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-23-23-23
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 1070.7201 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.784.784.78
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1070.7201070.7201070.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-23-23-23
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-7.48413.1760.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sec13/31-23 coat

全体名称: Sec13/31-23 coat
要素
  • 試料: Sec13/31-23 coat
  • タンパク質・ペプチド: COPII

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超分子 #1000: Sec13/31-23 coat

超分子名称: Sec13/31-23 coat / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterotetramer Sec13/31 binds to Sec23 / Number unique components: 3
分子量理論値: 7.1 MDa

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分子 #1: COPII

分子名称: COPII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: expressed in insect cells / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: cytoplasm
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pfastBAC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 700 mM potassium acetate, 25 mM HEPES, 1 mM magnesium acetate, 1mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-grids
グリッド詳細: R 2/2 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
日付2010年9月9日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 2850 / 平均電子線量: 30 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC,spider,coran / 使用した粒子像数: 9571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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