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万見
- EMDB-5174: Structure of 70S ribosome in the 100S ribosome in the hibernation... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5174
タイトルStructure of 70S ribosome in the 100S ribosome in the hibernation stage
マップデータThe density map of 70S ribosome with part of its partner in the 100S ribosome in hibernation stage.
試料
  • 試料: E. coli 100S ribosome
  • 複合体: 100S ribosome
キーワードcryoelectron microscopy (低温電子顕微鏡法) / ribosomal protein
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Kato T / Yoshida H / Miyata T / Maki Y / Wada A / Namba K
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron cryomicroscopy.
著者: Takayuki Kato / Hideji Yoshida / Tomoko Miyata / Yasushi Maki / Akira Wada / Keiichi Namba /
要旨: In the stationary growth phase of bacteria, protein biosynthesis on ribosomes is suppressed, and the ribosomes are preserved in the cell by the formation of the 100S ribosome. The 100S ribosome is a ...In the stationary growth phase of bacteria, protein biosynthesis on ribosomes is suppressed, and the ribosomes are preserved in the cell by the formation of the 100S ribosome. The 100S ribosome is a dimer of the 70S ribosome and is formed by the binding of the ribosome modulation factor and the hibernation promoting factor. However, the binding mode between the two 70S ribosomes and the mechanism of complex formation are still poorly understood. Here, we report the structure of the 100S ribosome by electron cryomicroscopy and single-particle image analysis. The 100S ribosome purified from the cell in the stationary growth phase is composed of two transfer RNA-free 70S ribosomes, has two-fold symmetry, and is formed through interactions between their 30S subunits, where interactions between small subunit proteins, S2, S3 and S5, appear to be critical for the dimerization.
履歴
登録2010年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月23日-
マップ公開2010年10月19日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5174.png

emd_5174_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The density map of 70S ribosome with part of its partner in the 100S ribosome in hibernation stage.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.61667633 - 7.85508204
平均 (標準偏差)0.00009336 (±0.86218983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 432.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.640432.640432.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-4.6177.8550.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 100S ribosome

全体名称: E. coli 100S ribosome
要素
  • 試料: E. coli 100S ribosome
  • 複合体: 100S ribosome

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超分子 #1000: E. coli 100S ribosome

超分子名称: E. coli 100S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The 100S ribosome was fixed by GraFix with glutaraldehyde.
集合状態: dimer of 70S ribosome / Number unique components: 1

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超分子 #1: 100S ribosome

超分子名称: 100S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM HEPES-KCL, 77 mM KCl, 15 mM (CH3COO)2Mg
グリッド詳細: Quantifoil 0.6/1 on 200 mesh molybdenum grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 7 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 88760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Top entry liquid helium-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: JEOL
温度最低: 50 K / 最高: 70 K
日付2009年2月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 300 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 2次元分類クラス数: 552
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 17461
詳細Each of the two 70S ribosome particle images with part of the dimer pair was extracted in a box with circler mask from 100S ribosome particle image.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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