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- EMDB-5122: RNA-releasing poliovirus intermediates -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5122
タイトルRNA-releasing poliovirus intermediates
マップデータLATE early RNA-releasing 80S poliovirus
試料
  • 試料: 80S poliovirus
  • ウイルス: poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
キーワードPicornavirus (ピコルナウイルス科) / poliovirus (ポリオウイルス) / intermediate / RNA-release / 80S
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / DNA複製 / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Levy HC / Bostina M / Filman DJ / Hogle JM
引用ジャーナル: J Virol / : 2010
タイトル: Catching a virus in the act of RNA release: a novel poliovirus uncoating intermediate characterized by cryo-electron microscopy.
著者: Hazel C Levy / Mihnea Bostina / David J Filman / James M Hogle /
要旨: Poliovirus infection requires that the particle undergo a series of conformational transitions that lead to cell entry and genome release. In an effort to understand the conformational changes ...Poliovirus infection requires that the particle undergo a series of conformational transitions that lead to cell entry and genome release. In an effort to understand the conformational changes associated with the release of the RNA genome, we have used cryo-electron microscopy to characterize the structure of the 80S "empty" particles of poliovirus that are thought to represent the final product of the cell entry pathway. Using two-dimensional classification methods, we show that preparations of 80S particles contain at least two structures, which might represent snapshots from a continuous series of conformers. Using three-dimensional reconstruction methods, we have solved the structure of two distinct forms at subnanometric resolution, and we have built and refined pseudoatomic models into the reconstructions. The reconstructions and the derived models demonstrate that the two structural forms are both slightly expanded, resulting in partial disruption of interprotomer interfaces near their particle 2-fold axes, which may represent the site where RNA is released. The models demonstrate that each of the two 80S structures has undergone a unique set of movements of the capsid proteins, associated with rearrangement of flexible loops and amino-terminal extensions that participate in contacts between protomers, between pentamers, and with the viral RNA.
履歴
登録2009年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年7月31日-
マップ公開2010年3月10日-
更新2011年9月27日-
現状2011年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 20.501312207
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  • 表面レベル: 20.501312207
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  • 原子モデル: PDB-3iyc
  • 表面レベル: 20.501312207
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iyc
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LATE early RNA-releasing 80S poliovirus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3223 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 20.5013122
最小 - 最大-29.207799999999999 - 68.046800000000005
平均 (標準偏差)1.89523 (±8.2149)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ201201201
Spacing201201201
セルA=B=C: 466.782 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32229850746272.32229850746272.3222985074627
M x/y/z201201201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z466.782466.782466.782
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS201201201
D min/max/mean-29.20868.0471.895

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80S poliovirus

全体名称: 80S poliovirus
要素
  • 試料: 80S poliovirus
  • ウイルス: poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)

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超分子 #1000: 80S poliovirus

超分子名称: 80S poliovirus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: native virus heat-treated at 56 degrees C / 集合状態: 60 promoters arranged as a icosahedron / Number unique components: 1
分子量実験値: 8.3 MDa / 理論値: 8.3 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: poliovirus 1 mahoney

超分子名称: poliovirus 1 mahoney / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: poliovirus 1 mahoney / 詳細: native virus is converted by heat-treatment to 80S / 生物種: poliovirus 1 mahoney / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: poliovirus 1 mahoney
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 8.3 MDa / 理論値: 8.3 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 290 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM Tris, 50mM NaCl, 2 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: not stained
グリッド詳細: 200 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made plunger / 手法: blot for 3 secs

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 138 / 平均電子線量: 15 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2, EM3DR2
詳細10,000 particle were partitioned into two distinct classes

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
ソフトウェア名称: INSOUT
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3iyc:
Poliovirus late RNA-release intermediate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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