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- EMDB-4980: Cryo-EM structure of an MCM loading intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4980
タイトルCryo-EM structure of an MCM loading intermediate
マップデータFull map - complete MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
試料
  • 複合体: The MCM-ORC (MO) loading intermediate
    • 複合体: MCM-Orc6N lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate.
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: Orc1-5-Orc6C lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • 複合体: The MCM-ORC (MO) loading intermediate protein complex
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Orc1 removal from chromatin / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / nuclear DNA replication / MCM complex binding ...CDC6 association with the ORC:origin complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Orc1 removal from chromatin / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / nuclear DNA replication / MCM complex binding / premeiotic DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication origin binding / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / nucleosome binding / heterochromatin formation / DNA helicase activity / helicase activity / single-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / chromosome, telomeric region / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal ...Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 1 ...DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Miller TCR / Locke J / Costa A
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC0010065 英国
European Research Council820102 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Mechanism of head-to-head MCM double-hexamer formation revealed by cryo-EM.
著者: Thomas C R Miller / Julia Locke / Julia F Greiwe / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: In preparation for bidirectional DNA replication, the origin recognition complex (ORC) loads two hexameric MCM helicases to form a head-to-head double hexamer around DNA. The mechanism of MCM double- ...In preparation for bidirectional DNA replication, the origin recognition complex (ORC) loads two hexameric MCM helicases to form a head-to-head double hexamer around DNA. The mechanism of MCM double-hexamer formation is debated. Single-molecule experiments have suggested a sequential mechanism, in which the ORC-dependent loading of the first hexamer drives the recruitment of the second hexamer. By contrast, biochemical data have shown that two rings are loaded independently via the same ORC-mediated mechanism, at two inverted DNA sites. Here we visualize MCM loading using time-resolved electron microscopy, and identify intermediates in the formation of the double hexamer. We confirm that both hexamers are recruited via the same interaction that occurs between ORC and the C-terminal domains of the MCM helicases. Moreover, we identify the mechanism of coupled MCM loading. The loading of the first MCM hexamer around DNA creates a distinct interaction site, which promotes the engagement of ORC at the N-terminal homodimerization interface of MCM. In this configuration, ORC is poised to direct the recruitment of the second hexamer in an inverted orientation, which is suitable for the formation of the double hexamer. Our results therefore reconcile the two apparently contrasting models derived from single-molecule experiments and biochemical data.
履歴
登録2019年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rqc
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4980.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map - complete MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.036754306 - 0.06955264
平均 (標準偏差)0.00020005555 (±0.0018424687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 469.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z469.200469.200469.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0370.0700.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4980_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_4980_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_4980_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map - MCM-Orc6N lobe of MCM-ORC (MO)...

ファイルemd_4980_additional_1.map
注釈Half map - MCM-Orc6N lobe of MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate - Map from RELION multibody refinement of full MO complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map - MCM-Orc6N lobe of MCM-ORC (MO)...

ファイルemd_4980_additional_2.map
注釈Half map - MCM-Orc6N lobe of MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate - Map from RELION multibody refinement of full MO complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Full map - MCM-Orc6N lobe of MCM-ORC (MO)...

ファイルemd_4980_additional_3.map
注釈Full map - MCM-Orc6N lobe of MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate, derived from RELION multibody refinement of full MO complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map - Orc1-5-Orc6C lobe of MCM-ORC (MO)...

ファイルemd_4980_additional_4.map
注釈Half map - Orc1-5-Orc6C lobe of MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate, derived from RELION multibody refinement of full MO complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Full map - Orc1-5-Orc6C lobe of MCM-ORC (MO)...

ファイルemd_4980_additional_5.map
注釈Full map - Orc1-5-Orc6C lobe of MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate, derived from RELION multibody refinement of full MO complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map – Orc1-5-Orc6C lobe of MCM-ORC (MO)...

ファイルemd_4980_additional_6.map
注釈Half map – Orc1-5-Orc6C lobe of MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate, derived from RELION multibody refinement of full MO complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map - complete MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate

ファイルemd_4980_half_map_1.map
注釈Half map - complete MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map - complete MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate

ファイルemd_4980_half_map_2.map
注釈Half map - complete MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : The MCM-ORC (MO) loading intermediate

全体名称: The MCM-ORC (MO) loading intermediate
要素
  • 複合体: The MCM-ORC (MO) loading intermediate
    • 複合体: MCM-Orc6N lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate.
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6複製起点認識複合体
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
      • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5MCM複合体
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
      • DNA: DNA (88-MER)
      • DNA: DNA (88-MER)
    • 複合体: Orc1-5-Orc6C lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1複製起点認識複合体
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2複製起点認識複合体
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3複製起点認識複合体
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4複製起点認識複合体
      • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5複製起点認識複合体
    • 複合体: The MCM-ORC (MO) loading intermediate protein complex
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: The MCM-ORC (MO) loading intermediate

超分子名称: The MCM-ORC (MO) loading intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14

+
超分子 #2: MCM-Orc6N lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate.

超分子名称: MCM-Orc6N lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate.
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#14 / 詳細: Map derived from multibody refinement in RELION-3.

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超分子 #3: Orc1-5-Orc6C lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate

超分子名称: Orc1-5-Orc6C lobe of the MCM-ORC (MO) origin licensing intermediate
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #13-#14 / 詳細: Map derived from multibody refinement in RELION-3.

+
超分子 #4: The MCM-ORC (MO) loading intermediate protein complex

超分子名称: The MCM-ORC (MO) loading intermediate protein complex
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12 / 詳細: Recombinant complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
超分子 #5: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#14 / 詳細: Synthetic DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence includes an N-terminal CBP-tag and TEV cleavage site.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 108.612922 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMAKTL KDLQGWEIIT TDEQGNIIDG GQKRLRRRGA KTEHYLKRSS DGIKLGRGD SVVMHNEAAG TYSVYMIQEL RLNTLNNVVE LWALTYLRWF EVNPLAHYRQ FNPDANILNR PLNYYNKLFS E TANKNELY ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMAKTL KDLQGWEIIT TDEQGNIIDG GQKRLRRRGA KTEHYLKRSS DGIKLGRGD SVVMHNEAAG TYSVYMIQEL RLNTLNNVVE LWALTYLRWF EVNPLAHYRQ FNPDANILNR PLNYYNKLFS E TANKNELY LTAELAELQL FNFIRVANVM DGSKWEVLKG NVDPERDFTV RYICEPTGEK FVDINIEDVK AYIKKVEPRE AQ EYLKDLT LPSKKKEIKR GPQKKDKATQ TAQISDAETR ATDITDNEDG NEDESSDYES PSDIDVSEDM DSGEISADEL EEE EDEEED EDEEEKEARH TNSPRKRGRK IKLGKDDIDA SVQPPPKKRG RKPKDPSKPR QMLLISSCRA NNTPVIRKFT KKNV ARAKK KYTPFSKRFK SIAAIPDLTS LPEFYGNSSE LMASRFENKL KTTQKHQIVE TIFSKVKKQL NSSYVKEEIL KSANF QDYL PARENEFASI YLSAYSAIES DSATTIYVAG TPGVGKTLTV REVVKELLSS SAQREIPDFL YVEINGLKMV KPTDCY ETL WNKVSGERLT WAASMESLEF YFKRVPKNKK KTIVVLLDEL DAMVTKSQDI MYNFFNWTTY ENAKLIVIAV ANTMDLP ER QLGNKITSRI GFTRIMFTGY THEELKNIID LRLKGLNDSF FYVDTKTGNA ILIDAAGNDT TVKQTLPEDV RKVRLRMS A DAIEIASRKV ASVSGDARRA LKVCKRAAEI AEKHYMAKHG YGYDGKTVIE DENEEQIYDD EDKDLIESNK AKDDNDDDD DNDGVQTVHI THVMKALNET LNSHVITFMT RLSFTAKLFI YALLNLMKKN GSQEQELGDI VDEIKLLIEV NGSNKFVMEI AKTLFQQGS DNISEQLRII SWDFVLNQLL DAGILFKQTM KNDRICCVKL NISVEEAKRA MNEDETLRNL

+
分子 #2: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 71.34218 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE PPEPATPSKK SLTTNHDFTS PLKQIIMNNL KEYKDSTSPG KLTLSRNFTP TPVPKNKKLY QTSETKSASS FL DTFEGYF DQRKIVRTNA KSRHTMSMAP DVTREEFSLV SNFFNENFQK RPRQKLFEIQ KKMFPQYWFE LTQGFSLLFY GVG SKRNFL EEFAIDYLSP KIAYSQLAYE NELQQNKPVN SIPCLILNGY NPSCNYRDVF KEITDLLVPA ELTRSETKYW GNHV ILQIQ KMIDFYKNQP LDIKLILVVH NLDGPSIRKN TFQTMLSFLS VIRQIAIVAS TDHIYAPLLW DNMKAQNYNF VFHDI SNFE PSTVESTFQD VMKMGKSDTS SGAEGAKYVL QSLTVNSKKM YKLLIETQMQ NMGNLSANTG PKRGTQRTGV ELKLFN HLC AADFIASNEI ALRSMLREFI EHKMANITKN NSGMEIIWVP YTYAELEKLL KTVLNTL

+
分子 #3: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 72.161766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN DEDGDFTEQN NDVSYDLSLV ENFKRLFGKD LAMVFNFKDV DSINFNTLDN FIILLKSAFK YDHVKISLIF NI NTNLSNI EKNLRQSTIR LLKRNYHKLD VSSNKGFKYG NQIFQSFLDT VDGKLNLSDR FVEFILSKMA NNTNHNLQLL TKM LDYSLM SYFFQNAFSV FIDPVNVDFL NDDYLKILSR CPTFMFFVEG LIKQHAPADE ILSLLTNKNR GLEEFFVEFL VREN PINGH AKFVARFLEE ELNITNFNLI ELYHNLLIGK LDSYLDRWSA CKEYKDRLHF EPIDTIFQEL FTLDNRSGLL TQSIF PSYK SNIEDNLLSW EQVLPSLDKE NYDTLSGDLD KIMAPVLGQL FKLYREANMT INIYDFYIAF RETLPKEEIL NFIRKD PSN TKLLELAETP DAFDKVALIL FMQAIFAFEN MGLIKFQSTK SYDLVEKCVW RGI

+
分子 #4: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 60.772152 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS ...文字列:
MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS LETISSGSLT EVFEKILLLL DSTTKTRNED SGEVDRESIT KITVVFIFDE IDTFAGPVRQ TLLYNLFDMV EH SRVPVCI FGCTTKLNIL EYLEKRVKSR FSQRVIYMPQ IQNLDDMVDA VRNLLTVRSE ISPWVSQWNE TLEKELSDPR SNL NRHIRM NFETFRSLPT LKNSIIPLVA TSKNFGSLCT AIKSCSFLDI YNKNQLSNNL TGRLQSLSDL ELAILISAAR VALR AKDGS FNFNLAYAEY EKMIKAINSR IPTVAPTTNV GTGQSTFSID NTIKLWLKKD VKNVWENLVQ LDFFTEKSAV GLRDN ATAA FYASNYQFQG TMIPFDLRSY QMQIILQELR RIIPKSNMYY SWTQL

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分子 #5: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 55.347168 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY TMLETSFLQR YSTHCIPTVM FPRYNVDEVS TILVMSRCGE LMEDSCLRKR IIEEQITDCT DDQFQNVAAN FI HLIVQAF HSYTGNDIFA LNDLIDFKWP KYVSRITKEN IFEPLALYKS AIKLFLSTDD NLSENGQGES AITTNRDDLE NSQ TYDLSI ISKYLLIASY ICSYLEPRYD ASIFSRKTRI IQGRAAYGRR KKKEVNPRYL QPSLFAIERL LAIFQAIFPI QGKA ESGSL SALREESLMK ANIEVFQNLS ELHTLKLIAT TMNKNIDYLS PKVRWKVNVP WEIIKEISES VHFNISDYFS DIHE

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分子 #6: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 50.369531 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ ...文字列:
MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ TNESPSITRR KLAFEEDEDE DEEEPGNDGL SLKSHSNKSI TGTRNVDSDE YENHESDPTS EEEPLGVQES RS GRTKQNK AVGKPQSELK TAKALRKRGR IPNSLLVKKY CKMTTEEIIR LCNDFELPRE VAYKIVDEYN INASRLVCPW QLV CGLVLN CTFIVFNERR RKDPRIDHFI VSKMCSLMLT SKVDDVIECV KLVKELIIGE KWFRDLQIRY DDFDGIRYDE IIFR KLGSM LQTTNILVTD DQYNIWKKRI EMDLALTEPL

+
分子 #7: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL LSDMDIDPLR EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SE SLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI SDFPTIYSLR ELRESNLSSL VRV TGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ILGPFFQDSN EEIRISFCTN CKSKGPFRVN GEKTVYRNYQ RVTLQEAPGT VPPG RLPRH REVILLADLV DVSKPGEEVE VTGIYKNNYD GNLNAKNGFP VFATIIEANS IKRREGNTAN EGEEGLDVFS WTEEE EREF RKISRDRGII DKIISSMAPS IYGHRDIKTA VACSLFGGVP KNVNGKHSIR GDINVLLLGD PGTAKSQILK YVEKTA HRA VFATGQGASA VGLTASVRKD PITKEWTLEG GALVLADKGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTTL QA RCSIIAAANP NGGRYNSTLP LAQNVSLTEP ILSRFDILCV VRDLVDEEAD ERLATFVVDS HVRSHPENDE DREGEELK N NGESAIEQGE DEINEQLNAR QRRLQRQRKK EEEISPIPQE LLMKYIHYAR TKIYPKLHQM DMDKVSRVYA DLRRESIST GSFPITVRHL ESILRIAESF AKMRLSEFVS SYDLDRAIKV VVDSFVDAQK VSVRRQLRRS FAIYTLGH

+
分子 #8: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: Sequence includes an N-terminal CBP-tag and TEV cleavage site.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 111.720242 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMEGST GFDGDATTFF APDAVFGDRV RRFQEFLDTF TSYRDSVRSI QVYNSNNAA NYNDDQDDAD ERDLLGDDDG DDLEKEKKAA SSTSLNILPH RIIISLDDLR EFDRSFWSGI LVEPAYFIPP A EKALTDLA ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMEGST GFDGDATTFF APDAVFGDRV RRFQEFLDTF TSYRDSVRSI QVYNSNNAA NYNDDQDDAD ERDLLGDDDG DDLEKEKKAA SSTSLNILPH RIIISLDDLR EFDRSFWSGI LVEPAYFIPP A EKALTDLA DSMDDVPHPN ASAVSSRHPW KLSFKGSFGA HALSPRTLTA QHLNKLVSVE GIVTKTSLVR PKLIRSVHYA AK TGRFHYR DYTDATTTLT TRIPTPAIYP TEDTEGNKLT TEYGYSTFID HQRITVQEMP EMAPAGQLPR SIDVILDDDL VDK TKPGDR VNVVGVFKSL GAGGMNQSNS NTLIGFKTLI LGNTVYPLHA RSTGVAARQM LTDFDIRNIN KLSKKKDIFD ILSQ SLAPS IYGHDHIKKA ILLMLMGGVE KNLENGSHLR GDINILMVGD PSTAKSQLLR FVLNTASLAI ATTGRGSSGV GLTAA VTTD RETGERRLEA GAMVLADRGV VCIDEFDKMT DVDRVAIHEV MEQQTVTIAK AGIHTTLNAR CSVIAAANPV FGQYDV NRD PHQNIALPDS LLSRFDLLFV VTDDINEIRD RSISEHVLRT HRYLPPGYLE GEPVRERLNL SLAVGEDADI NPEEHSN SG AGVENEGEDD EDHVFEKFNP LLQAGAKLAK NKGNYNGTEI PKLVTIPFLR KYVQYAKERV IPQLTQEAIN VIVKNYTD L RNDDNTKKSP ITARTLETLI RLATAHAKVR LSKTVNKVDA KVAANLLRFA LLGEDIGNDI DEEESEYEEA LSKRSPQKS PKKRQRVRQP ASNSGSPIKS TPRRSTASSV NATPSSARRI LRFQDDEQNA GEDDNDIMSP LPADEEAELQ RRLQLGLRVS PRRREHLHA PEEGSSGPLT EVGTPRLPNV SSAGQDDEQQ QSVISFDNVE PGTISTGRLS LISGIIARLM QTEIFEEESY P VASLFERI NEELPEEEKF SAQEYLAGLK IMSDRNNLMV ADDKVWRV

+
分子 #9: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
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+
分子 #10: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 86.505734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS TSVLSSRATY LSIMCRNCRH TTSITINNFN SITGNTVSLP RSCLSTIESE SSMANESNIG DESTKKNCGP DP YIIIHES SKFIDQQFLK LQEIPELVPV GEMPRNLTMT CDRYLTNKVI PGTRVTIVGI YSIYNSKNGA GSGRSGGGNG GSG VAIRTP YIKILGIQSD VETSSIWNSV TMFTEEEEEE FLQLSRNPKL YEILTNSIAP SIFGNEDIKK AIVCLLMGGS KKIL PDGMR LRGDINVLLL GDPGTAKSQL LKFVEKVSPI AVYTSGKGSS AAGLTASVQR DPMTREFYLE GGAMVLADGG VVCID EFDK MRDEDRVAIH EAMEQQTISI AKAGITTVLN SRTSVLAAAN PIYGRYDDLK SPGDNIDFQT TILSRFDMIF IVKDDH NEE RDISIANHVI NIHTGNANAM QNQQEENGSE ISIEKMKRYI TYCRLKCAPR LSPQAAEKLS SNFVTIRKQL LINELES TE RSSIPITIRQ LEAIIRITES LAKLELSPIA QERHVDEAIR LFQASTMDAA SQDPIGGLNQ ASGTSLSEIR RFEQELKR R LPIGWSTSYQ TLRREFVDTH RFSQLALDKA LYALEKHETI QLRHQGQNIY RSGV

+
分子 #11: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM AISEQYYRFL PFLQKGLRRV VRKYAPELLN TSDSLKRSEG DEGQADEDEQ QDDDMNGSSL PRDSGSSAAP GN GTSAMAT RSITTSTSPE QTERVFQISF FNLPTVHRIR DIRSEKIGSL LSISGTVTRT SEVRPELYKA SFTCDMCRAI VDN VEQSFK YTEPTFCPNP SCENRAFWTL NVTRSRFLDW QKVRIQENAN EIPTGSMPRT LDVILRGDSV ERAKPGDRCK FTGV EIVVP DVTQLGLPGV KPSSTLDTRG ISKTTEGLNS GVTGLRSLGV RDLTYKISFL ACHVISIGSN IGASSPDANS NNRET ELQM AANLQANNVY QDNERDQEVF LNSLSSDEIN ELKEMVKDEH IYDKLVRSIA PAVFGHEAVK KGILLQMLGG VHKSTV EGI KLRGDINICV VGDPSTSKSQ FLKYVVGFAP RSVYTSGKAS SAAGLTAAVV RDEEGGDYTI EAGALMLADN GICCIDE FD KMDISDQVAI HEAMEQQTIS IAKAGIHATL NARTSILAAA NPVGGRYNRK LSLRGNLNMT APIMSRFDLF FVILDDCN E KIDTELASHI VDLHMKRDEA IEPPFSAEQL RRYIKYARTF KPILTKEARS YLVEKYKELR KDDAQGFSRS SYRITVRQL ESMIRLSEAI ARANCVDEIT PSFIAEAYDL LRQSIIRVDV DDVEMDEEFD NIESQSHAAS GNNDDNDDGT GSGVITSEPP ADIEEGQSE ATARPGTSEK KKTTVTYDKY VSMMNMIVRK IAEVDREGAE ELTAVDIVDW YLLQKENDLG SLAEYWEERR L AFKVIKRL VKDRILMEIH GTRHNLRDLE NEENENNKTV YVIHPNCEVL DQLEPQDSS

+
分子 #12: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

+
分子 #13: DNA (88-MER)

分子名称: DNA (88-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 27.116334 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)

+
分子 #14: DNA (88-MER)

分子名称: DNA (88-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 27.154562 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DA)

+
分子 #15: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES
10.0 mMMagnesium acetate
100.0 mMPotassium acetate
1.0 mMDTT
0.75 mMATPアデノシン三リン酸
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 10 second incubation, 3.5 seconds single side blotting..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.68 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3), Gctf (ver. 1.18))
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generated using cryoSPARC v1.6
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 20 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 177637
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

5zr1

,

6eyc

,

5bk4

,

6f0l

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6rqc:
Cryo-EM structure of an MCM loading intermediate

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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