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万見
- EMDB-4903: Echovirus 1 intact particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4903
タイトルEchovirus 1 intact particle
マップデータE1 control
試料
  • ウイルス: Echovirus E1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP4
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / カプシド ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP0 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種E-1 (ウイルス) / Echovirus E1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Domanska A / Ruokolainen VP / Pelliccia M / Laajala MA / Marjomaki VS / Butcher SJ
資金援助 フィンランド, 4件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland275199 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
Academy of Finland315950 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 1996
タイトル: A pseudo-cell based approach to efficient crystallographic refinement of viruses.
著者: D H Jacobson / J M Hogle / D J Filman /
要旨: Strategies have been developed for the inexpensive refinement of atomic models of viruses and of other highly symmetric structures. These methods, which have been used in the refinement of several ...Strategies have been developed for the inexpensive refinement of atomic models of viruses and of other highly symmetric structures. These methods, which have been used in the refinement of several strains of poliovirus, focus on an arbitrary-sized parallelepiped (termed the 'protomer' box) containing a single complete averaged copy of the structural motif which forms the protein capsid, together with the fragments of other symmetry-related copies of the motif which are located in its immediate neighborhood. The Fourier transform of the protomer box provides reference structure factors for stereochemically restrained crystallographic refinement of the atomic model parameters. The phases of the reference structure factors are based on the averaged map, and are not permitted to change during the refinement. It is demonstrated that models refined using the protomer box methods do not differ significantly from models refined by more expensive full-cell calculations.
履歴
登録2019年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rjf
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rjf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E1 control
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.05575123 - 0.12277953
平均 (標準偏差)-0.00021832122 (±0.009797896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 496.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z496.000496.000496.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0560.123-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: E1 control half map 2

ファイルemd_4903_half_map_1.map
注釈E1 control half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E1 control half map

ファイルemd_4903_half_map_2.map
注釈E1 control half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Echovirus E1

全体名称: Echovirus E1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Echovirus E1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP4
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸

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超分子 #1: Echovirus E1

超分子名称: Echovirus E1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 46633 / 生物種: Echovirus E1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: icosahedral / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: E-1 (ウイルス) / 株: Human/Egypt/Farouk/1951
分子量理論値: 31.604373 KDa
配列文字列: GDVQNAVEGA MVRVADTVQT SATNSERVPN LTAVETGHTS QAVPGDTMQT RHVINNHVRS ESTIENFLAR SACVFYLEYK TGTKEDSNS FNNWVITTRR VAQLRRKLEM FTYLRFDMEI TVVITSSQDQ STSQNQNAPV LTHQIMYVPP GGPIPVSVDD Y SWQTSTNP ...文字列:
GDVQNAVEGA MVRVADTVQT SATNSERVPN LTAVETGHTS QAVPGDTMQT RHVINNHVRS ESTIENFLAR SACVFYLEYK TGTKEDSNS FNNWVITTRR VAQLRRKLEM FTYLRFDMEI TVVITSSQDQ STSQNQNAPV LTHQIMYVPP GGPIPVSVDD Y SWQTSTNP SIFWTEGNAP ARMSIPFISI GNAYSNFYDG WSHFSQAGVY GFTTLNNMGQ LFFRHVNKPN PAAITSVARI YF KPKHVRA WVPRPPRLCP YINSTNVNFE PKPVTEVRTN IITT

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: E-1 (ウイルス)
分子量理論値: 28.87226 KDa
配列文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGEWPE YLSDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WENGSPGWWW KFPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCILVVCVPE AEMGSAQTSG VVNYEHISKG EIASRFTTTT T AEDHGVQA ...文字列:
SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGEWPE YLSDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WENGSPGWWW KFPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCILVVCVPE AEMGSAQTSG VVNYEHISKG EIASRFTTTT T AEDHGVQA AVWNAGMGVG VGNLTIFPHQ WINLRTNNSA TIVMPYVNSV PMDNMYRHHN FTLMIIPFVP LDFSAGASTY VP ITVTVAP MCAEYNGLRL AGHQ

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: E-1 (ウイルス)
分子量理論値: 26.471074 KDa
配列文字列: GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVMPINNDSA AKVSSMEAYR VELSTNTNAG TQVFGFQLN PGAESVMNRT LMGEILNYYA HWSGSIKITF VFCGSAMTTG KFLLSYAPPG AGAPKTRKDA MLGTHVVWDV G LQSSCVLC ...文字列:
GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVMPINNDSA AKVSSMEAYR VELSTNTNAG TQVFGFQLN PGAESVMNRT LMGEILNYYA HWSGSIKITF VFCGSAMTTG KFLLSYAPPG AGAPKTRKDA MLGTHVVWDV G LQSSCVLC IPWISQTHYR FVEKDPYTNA GFVTCWYQTS VVSPASNQPK CYMMCMVSAC NDFSVRMLRD TKFIEQTSFY Q

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分子 #4: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E1 (ウイルス)
分子量理論値: 7.398131 KDa
配列文字列:
GAQVSTQKTG AHETSLSATG NSIIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPG KFTEPMKDVM IKTLPALN

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 2 mM magnesium chloride in PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 979 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 45309
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Used Relion initial model protocol
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 45309

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ev1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6rjf:
Echovirus 1 intact particle

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1ev1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6rjf:
Echovirus 1 intact particle

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1ev1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6rjf:
Echovirus 1 intact particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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