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万見
- EMDB-4459: Structure of native bacteriophage P68 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4459
タイトルStructure of native bacteriophage P68
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
    • 複合体: Capsid of native phage P68
      • タンパク質・ペプチド: Major head protein
      • タンパク質・ペプチド: Arstotzka protein
      • タンパク質・ペプチド: Head fiber protein
    • 複合体: Tail complex尾
      • タンパク質・ペプチド: Lower collar protein
      • タンパク質・ペプチド: Minor structural protein
    • 複合体: Portal protein
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • 複合体: Inner core protein内核
      • タンパク質・ペプチド: Tail fibre protein
      • タンパク質・ペプチド: Inner core protein内核
キーワードstructural protein (タンパク質) / bacteriophage (ファージ) / receptor binding protein (受容体) / complex / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性: / Phage 5-bladed beta propeller receptor binding platform domain / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Major head protein / Lower collar protein / Minor structural protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage P68 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Dominik H / Karel S / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, 3件
OrganizationGrant number国
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure and genome ejection mechanism of phage P68.
著者: Dominik Hrebík / Dana Štveráková / Karel Škubník / Tibor Füzik / Roman Pantůček / Pavel Plevka /
要旨: Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect ...Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect Gram-positive bacteria. Here, we present the structures of native phage P68, genome ejection intermediate, and empty particle. The P68 head contains 72 subunits of inner core protein, 15 of which bind to and alter the structure of adjacent major capsid proteins and thus specify attachment sites for head fibers. Unlike in the previously studied phages, the head fibers of P68 enable its virion to position itself at the cell surface for genome delivery. The unique interaction of one end of P68 DNA with one of the 12 portal protein subunits is disrupted before the genome ejection. The inner core proteins are released together with the DNA and enable the translocation of phage genome across the bacterial membrane into the cytoplasm.
履歴
登録2018年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月6日-
マップ公開2019年11月6日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6q3g
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6q3g
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4459.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.19396262 - 0.41469824
平均 (標準偏差)0.0007894909 (±0.009443255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-500-500-500
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 1063.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z100010001000
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1063.0001063.0001063.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-500-500-500
NC/NR/NS100010001000
D min/max/mean-0.1940.4150.001

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添付データ

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追加マップ: Masked asymmetric reconstruction of native bacteriophage P68

ファイルemd_4459_additional.map
注釈Masked asymmetric reconstruction of native bacteriophage P68
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage P68

全体名称: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
    • 複合体: Capsid of native phage P68
      • タンパク質・ペプチド: Major head protein
      • タンパク質・ペプチド: Arstotzka protein
      • タンパク質・ペプチド: Head fiber protein
    • 複合体: Tail complex尾
      • タンパク質・ペプチド: Lower collar protein
      • タンパク質・ペプチド: Minor structural protein
    • 複合体: Portal protein
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • 複合体: Inner core protein内核
      • タンパク質・ペプチド: Tail fibre protein
      • タンパク質・ペプチド: Inner core protein内核

+
超分子 #1: Staphylococcus phage P68

超分子名称: Staphylococcus phage P68 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: dTarM 4220
分子量理論値: 19.7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 480.0 Å / T番号(三角分割数): 4

+
超分子 #2: Capsid of native phage P68

超分子名称: Capsid of native phage P68 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #7
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)

+
超分子 #3: Tail complex

超分子名称: Tail complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)

+
超分子 #4: Portal protein

超分子名称: Portal protein / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)

+
超分子 #5: Inner core protein

超分子名称: Inner core protein / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6, #8
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)

+
分子 #1: Major head protein

分子名称: Major head protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 235 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 46.954941 KDa
配列文字列: MAQQSTKNET ALLVAKSAKS ALQDFNHDYS KSWTFGDKWD NSNTMFETFV NKYLFPKINE TLLIDIALGN RFNWLAKEQD FIGQYSEEY VIMDTVPINM DLSKNEELML KRNYPRMATK LYGNGIVKKQ KFTLNNNDTR FNFQTLADAT NYALGVYKKK I SDINVLEE ...文字列:
MAQQSTKNET ALLVAKSAKS ALQDFNHDYS KSWTFGDKWD NSNTMFETFV NKYLFPKINE TLLIDIALGN RFNWLAKEQD FIGQYSEEY VIMDTVPINM DLSKNEELML KRNYPRMATK LYGNGIVKKQ KFTLNNNDTR FNFQTLADAT NYALGVYKKK I SDINVLEE KEMRAMLVDY SLNQLSETNV RKATSKEDLA SKVFEAILNL QNNSAKYNEV HRASGGAIGQ YTTVSKLKDI VI LTTDSLK SYLLDTKIAN TFQIAGIDFT DHVISFDDLG GVFKVTKEFK LQNQDSIDFL RAYGDYQSQL GDTIPVGAVF TYD VSKLKE FTGNVEEIKP KSDLYAFILD INSIKYKRYT KGMLKPPFHN PEFDEVTHWI HYYSFKAISP FFNKILITDQ DVNP KPEEE LQE

UniProtKB: Major head protein

+
分子 #2: Arstotzka protein

分子名称: Arstotzka protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 235 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 6.922464 KDa
配列文字列:
MYEGNNMRSM MGTSYEDSRL NKRTELNENM SIDTNKSEDS YGVQIHSLSK QSFTGDVEEE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 37.874699 KDa
配列文字列: MNNDKRGLNV ELSKEISKRV VEHRNRFKRL MFNRYLEFLP LLINYTNRDT VGIDFIQLES ALRQNINVVV GEARNKQIMI LGYVNNTYF NQAPNFSSNF NFQFQKRLTK EDIYFIVPDY LIPDDCLQIH KLYDNCMSGN FVVMQNKPIQ YNSDIEIIEH Y TDELAEVA ...文字列:
MNNDKRGLNV ELSKEISKRV VEHRNRFKRL MFNRYLEFLP LLINYTNRDT VGIDFIQLES ALRQNINVVV GEARNKQIMI LGYVNNTYF NQAPNFSSNF NFQFQKRLTK EDIYFIVPDY LIPDDCLQIH KLYDNCMSGN FVVMQNKPIQ YNSDIEIIEH Y TDELAEVA LSRFSLIMQA KFSKIFKSEI NDESINQLVS EIYNGAPFVK MSPMFNADDD IIDLTSNSVI PALTEMKREY QN KISELSN YLGINSLAVD KESGVSDEEA KSNRGFTTSN SNIYLKGREP ITFLSKRYGL DIKPYYDDET TSKISMVDTL FKD ESSDIN G

+
分子 #4: Lower collar protein

分子名称: Lower collar protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 29.164445 KDa
配列文字列: MARYTMTLYD FIKSELIKKG FNEFVNDNKL TFYDDEFQFM QKMLKFDKDV LAIVNEKVFK GFSLKDELSD LLFKKSFTIH FLDREINRQ TVEAFGMQVI TVCITHEDYL NVVYSSSEVE KYLQSQGFTE HNEDTTSNTD ETSNQNATSL DNSTGMTANR N AYVSLPQS ...文字列:
MARYTMTLYD FIKSELIKKG FNEFVNDNKL TFYDDEFQFM QKMLKFDKDV LAIVNEKVFK GFSLKDELSD LLFKKSFTIH FLDREINRQ TVEAFGMQVI TVCITHEDYL NVVYSSSEVE KYLQSQGFTE HNEDTTSNTD ETSNQNATSL DNSTGMTANR N AYVSLPQS EVNIDVDNTT LRFADNNTID NGKTVNKSSN ESNQNAKRNQ NQKGNAKGTQ FTKQYLIDNI DKAYDLRKKI LN EFDKKCF LQIW

UniProtKB: Lower collar protein

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分子 #5: Minor structural protein

分子名称: Minor structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 72 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 74.83375 KDa
配列文字列: MAYNENDFKY FDDIRPFLDE IYKTRERYTP FYDDRADYNT NSKSYYDYIS RLSKLIEVLA RRIWDYDNEL KKRFKNWDDL MKAFPEQAK DLFRGWLNDG TIDSIIHDEF KKYSAGLTSA FALFKVTEMK QMNDFKSEVK DLIKDIDRFV NGFELNELEP K FVMGFGGI ...文字列:
MAYNENDFKY FDDIRPFLDE IYKTRERYTP FYDDRADYNT NSKSYYDYIS RLSKLIEVLA RRIWDYDNEL KKRFKNWDDL MKAFPEQAK DLFRGWLNDG TIDSIIHDEF KKYSAGLTSA FALFKVTEMK QMNDFKSEVK DLIKDIDRFV NGFELNELEP K FVMGFGGI RNAVNQSINI DKETNHMYST QSDSQKPEGF WINKLTPSGD LISSMRIVQG GHGTTIGLER QSNGEMKIWL HH DGVAKLL QVAYKDNYVL DLEEAKGLTD YTPQSLLNKH TFTPLIDEAN DKLILRFGDG TIQVRSRADV KNHIDNVEKE MTI DNSENN DNRWMQGIAV DGDDLYWLSG NSSVNSHVQI GKYSLTTGQK IYDYPFKLSY QDGINFPRDN FKEPEGICIY TNPK TKRKS LLLAMTNGGG GKRFHNLYGF FQLGEYEHFE ALRARGSQNY KLTKDDGRAL SIPDHIDDLN DLTQAGFYYI DGGTA EKLK NMPMNGSKRI IDAGCFINVY PTTQTLGTVQ ELTRFSTGRK MVKMVRGMTL DVFTLKWDYG LWTTIKTDAP YQEYLE ASQ YNNWIAYVTT AGEYYITGNQ MELFRDAPEE IKKVGAWLRV SSGNAVGEVR QTLEANISEY KEFFSNVNAE TKHREYG WV AKHQK

UniProtKB: Minor structural protein

+
分子 #6: Tail fibre protein

分子名称: Tail fibre protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 72 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 15.250671 KDa
配列文字列:
MTEFDEIVKP DDKEETSEST EENLESTEET SESTEESTEE STEESTEDKT VETIEEENEN KLEPTTTDED SSKFDPVVLE QRIASLEQQ VTTFLSSQMQ QPQQVQQTQS DVTESNKEDN DYSDEELVDK LDLD

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #7: Head fiber protein

分子名称: Head fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: Poly-alanine chain fitted to the electron density of head fiber protein from five-fold symmetric reconstruction of native phage P68
コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 3.927292 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAA

+
分子 #8: Inner core protein

分子名称: Inner core protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: Poly-alanine chain fitted to a electron density of the inner core protein located at the hexon adjacent to portal from five-fold symmetric reconstruction of native phage P68
コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
分子量理論値: 1.226338 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンtris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mMCaClcalcium chloride
10.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 2s; blot force -2; 3.6 ul of sample.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2891 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 37218
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1222


詳細: The initial model was scaled and clipped in EMAN2 to match the dimensions of phage P68. command: e2proc3d.py --clip=600 --scale=0.73
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: The final map is combination of maps of individual parts of bacteriophage P68 as described in the assembly section.
使用した粒子像数: 33612

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6iab

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6iat

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6iaw

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6iac

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6q3g:
Structure of native bacteriophage P68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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