+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43643 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of HamA(E138A,K140A)B-plasmid DNA complex from the Escherichia coli Hachiman defense system | |||||||||
マップデータ | Sharp map of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Nuclease-helicase complex / antiphage defense system / IMMUNE SYSTEM (免疫系) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Tuck OT / Hu JJ / Doudna JA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Hachiman is a genome integrity sensor. 著者: Owen T Tuck / Benjamin A Adler / Emily G Armbruster / Arushi Lahiri / Jason J Hu / Julia Zhou / Joe Pogliano / Jennifer A Doudna / 要旨: Hachiman is a broad-spectrum antiphage defense system of unknown function. We show here that Hachiman comprises a heterodimeric nuclease-helicase complex, HamAB. HamA, previously a protein of unknown ...Hachiman is a broad-spectrum antiphage defense system of unknown function. We show here that Hachiman comprises a heterodimeric nuclease-helicase complex, HamAB. HamA, previously a protein of unknown function, is the effector nuclease. HamB is the sensor helicase. HamB constrains HamA activity during surveillance of intact dsDNA. When the HamAB complex detects DNA damage, HamB helicase activity liberates HamA, unleashing nuclease activity. Hachiman activation degrades all DNA in the cell, creating 'phantom' cells devoid of both phage and host DNA. We demonstrate Hachiman activation in the absence of phage by treatment with DNA-damaging agents, suggesting that Hachiman responds to aberrant DNA states. Phylogenetic similarities between the Hachiman helicase and eukaryotic enzymes suggest this bacterial immune system has been repurposed for diverse functions across all domains of life. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43643.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-43643-v30.xml emd-43643.xml | 25.4 KB 25.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43643_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43643.png | 68.5 KB | ||
マスクデータ | emd_43643_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43643.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_43643_additional_1.map.gz emd_43643_half_map_1.map.gz emd_43643_half_map_2.map.gz | 32.2 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43643 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43643 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharp map of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.048 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43643_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex
ファイル | emd_43643_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex
ファイル | emd_43643_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex
ファイル | emd_43643_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A of nuclease-deficient HamAB-plasmid DNA complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HamA(E138A,K140A)B-plasmid DNA complex
全体 | 名称: HamA(E138A,K140A)B-plasmid DNA complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: HamA(E138A,K140A)B-plasmid DNA complex
超分子 | 名称: HamA(E138A,K140A)B-plasmid DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ECOR31 |
-分子 #1: Plasmid DNA
分子 | 名称: Plasmid DNA / タイプ: dna / ID: 1 / 詳細: unknown sequence / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 9.38502 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) |
-分子 #2: Plasmid DNA
分子 | 名称: Plasmid DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: unknown sequence / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 9.664453 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA) |
-分子 #3: HamA
分子 | 名称: HamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ECOR31 |
分子量 | 理論値: 28.807664 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MANFEDWCDS TERNISDHYL QSITARDAEC MFGVQVMAAL IPEHYASPRN IANAFEALGK PGLAAYIAGK LPETKQIRSG DLGEIFATE WINARSNGYK TPIKRLRWKD HRNMSMRGED VIGIYIDQSS QQLFFLKTAA ASRAKMTGEV VSEARDNLNK E QGLPSSHA ...文字列: MANFEDWCDS TERNISDHYL QSITARDAEC MFGVQVMAAL IPEHYASPRN IANAFEALGK PGLAAYIAGK LPETKQIRSG DLGEIFATE WINARSNGYK TPIKRLRWKD HRNMSMRGED VIGIYIDQSS QQLFFLKTAA ASRAKMTGEV VSEARDNLNK E QGLPSSHA LMFIADRLNE QGEELLAKAI LNATLRQGIV PGCVRHLIFL LSGNSSETML TTSIEKYTGQ NNQWGVCLRI AR HGEFIAA TFEKVISDAS NS UniProtKB: DUF1837 domain-containing protein |
-分子 #4: HamB
分子 | 名称: HamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ECOR31 |
分子量 | 理論値: 130.898453 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPATADEIIE AIKEASAVGF RGRLIARGQA RSVIWRDGDL PPDAPEFSAL LSQDLQGYAY ALIDLGLRLR ELNGDDAYAR IAFEQAGTA LESAIAKGKR DSRDTDFHFV MAAASYHLAH LSARAYSLLA MVGQDDNFSP IERALTQLIR RDLRTLRDNA L GFRLRGDG ...文字列: MPATADEIIE AIKEASAVGF RGRLIARGQA RSVIWRDGDL PPDAPEFSAL LSQDLQGYAY ALIDLGLRLR ELNGDDAYAR IAFEQAGTA LESAIAKGKR DSRDTDFHFV MAAASYHLAH LSARAYSLLA MVGQDDNFSP IERALTQLIR RDLRTLRDNA L GFRLRGDG SDVKITEILQ ARLNLPQDEN GDSESEEDIL FDGLDLALTD AYMSAISLYL LAVERGESRL LSRAIEKLRI SL SICAQFN MLPQWWLNFI TIHLLSDLWS DTFHERLPLV PVGGDAAEWP ALRELFIALL QRRPRAEIDL WPSQREAAGR SVN DNDDLV VSLPTSAGKT RIAELCILRC LAGGKRVVFI TPLRALSAQT EATLSRTFGP LGKTISMLYG SIGVSGMDED AIRQ RDIVV ATPEKLDFAL RNDPSIINDV GLFIFDEGHM IGADEREVRY EVQIQRLLRR QDADTRRIVC LSAILPDGEQ LDDFA GWLR RDKPGGPIKN NWRPTRLQFG EVIWSAPAGR LNLSVGYEAA WVSRFIVSRQ PPKVKLPNKK QRTKMFPSDN KELCLA TAW RLIEDGQTVL IYCPLRRSVE PFAETIVDLH QRGLLPSLFD AAPDILDTAI SLGEEWLGAH SPILACLRLG VALHHGA LP TAYRKEIERL LRDGVLKVTI SSPTLAQGLN LSATAIVMHS LHRNRELIKV SEFRNVIGRA GRAYVDVEGL VIYPIFDK V NKRQTNWHTL TSDTGAREME SGLIQLVCVL LIRMHTRLGG DLKALTEYVT NNAVAWEFPE IMTESPQERD IAQAIWEKQ LSTLDTAILS LLGENDIPDD QIETALDDIL QSSLWQRSLQ RYRDENERIL LKSGLLSRSR YIWQRSTAAG RRGYFLSGVG LTTGLRLDA IAAKANQLLI DANAAIMGGD AEEAIAAITA LAEEVFTFYP FIPDPLPGDW RGILRSWLLG EPMTNVANTQ A SETLQFVE NGLVYRLPWA MEAIRVRATA NGDLIGDTDT TLDDYELGFA VAAVETGTLS RSSSLLIQAG FSSRLAAIKV VT DTTADFQ SGQELRRWLN SEEVISHTDN HDWPTPETRV MWLEFLGSLS PKGSQVWSRH RYNGMVDWRD TPAVIGTPLQ LYT VDGIHH VLADDGTPLG SINGRINTNR RGLLRVEVDD ENGRAMFDYL GPDDFIST UniProtKB: DEAD/DEAH box helicase |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3724 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: v1.4.0 |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-8vxy: |