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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41993 | |||||||||
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タイトル | Proteasome 20S Core Particle from Beta 3 D205 deletion | |||||||||
マップデータ | Map of Proteasome 20S core particle from B3 D205 deletion | |||||||||
試料 |
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キーワード | Proteasome (プロテアソーム) / core particle (ヌクレオソーム) / HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Walsh Jr RM / Rawson S / Velez B / Blickling M / Razi A / Hanna J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Mechanism of autocatalytic activation during proteasome assembly. 著者: Benjamin Velez / Richard M Walsh / Shaun Rawson / Aida Razi / Lea Adams / Erignacio Fermin Perez / Fenglong Jiao / Marie Blickling / Tamayanthi Rajakumar / Darlene Fung / Lan Huang / John Hanna / 要旨: Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the ...Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the proteasome, where protein degradation occurs, its six active sites are simultaneously activated via cleavage of N-terminal propeptides. Such activation is autocatalytic and coupled to fusion of two half-CP intermediates, which protects cells by preventing activation until enclosure of the active sites within the CP interior. Here we uncover key mechanistic aspects of autocatalytic activation, which proceeds through alignment of the β5 and β2 catalytic triad residues, respectively, with these triads being misaligned before fusion. This mechanism contrasts with most other zymogens, in which catalytic centers are preformed. Our data also clarify the mechanism by which individual subunits can be added in a precise, temporally ordered manner. This work informs two decades-old mysteries in the proteasome field, with broader implications for protease biology and multisubunit complex assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41993.map.gz | 159.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41993-v30.xml emd-41993.xml | 33.6 KB 33.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41993_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41993.png | 25.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41993.cif.gz | 8.8 KB | ||
その他 | emd_41993_half_map_1.map.gz emd_41993_half_map_2.map.gz | 157.1 MB 157.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41993 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41993 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8u7uMC 8u6yC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 169.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of Proteasome 20S core particle from B3 D205 deletion | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map B of Proteasome 20S core particle from B3 D205 deletion
ファイル | emd_41993_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B of Proteasome 20S core particle from B3 D205 deletion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map A of Proteasome 20S core particle...
ファイル | emd_41993_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A of Proteasome 20S core particle from B3 D205 deletionMap of Proteasome 20S core particle from B3 D205 deletion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Proteasome 20S Core Particle from Beta 3 D205 deletion mutant
+超分子 #1: Proteasome 20S Core Particle from Beta 3 D205 deletion mutant
+分子 #1: Proteasome subunit alpha type-5
+分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2
+分子 #3: Proteasome subunit beta type-1
+分子 #4: Proteasome subunit alpha type-6
+分子 #5: Proteasome subunit beta type-6
+分子 #6: Proteasome subunit beta type-4
+分子 #7: Proteasome subunit alpha type-7
+分子 #8: Proteasome subunit beta type-7
+分子 #9: Proteasome subunit beta type-2
+分子 #10: Proteasome subunit beta type-5
+分子 #11: Proteasome subunit alpha type-3
+分子 #12: Proteasome subunit alpha type-1
+分子 #13: Proteasome subunit beta type-3
+分子 #14: Proteasome subunit alpha type-4
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.48 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Fluorinated Fos-Choline was added immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 47169 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7461 / 平均露光時間: 3.995 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |