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- EMDB-40567: Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40567
タイトルStructure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)
マップデータ
試料
  • 複合体: human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
    • タンパク質・ペプチド: Secretory component
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha Fc receptor
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSecretory immunoglobulin A / SIgA / IgA / CD89 / FcaR1 / IgA Fc receptor / protein complex (タンパク質複合体) / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA receptor activity / polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin binding / cellular response to interferon-alpha / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex ...IgA receptor activity / polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin binding / cellular response to interferon-alpha / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / IgA binding / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / クレアチニンクリアランス / IgA immunoglobulin complex / 好中球 / positive regulation of neutrophil apoptotic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / neutrophil mediated immunity / cellular response to interleukin-6 / azurophil granule membrane / receptor clustering / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of respiratory burst / tertiary granule membrane / 液性免疫 / ficolin-1-rich granule membrane / Scavenging of heme from plasma / specific granule membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to type II interferon / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / blood microparticle / cellular response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / receptor complex / 免疫応答 / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin J chain / Polymeric immunoglobulin receptor / Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Immunoglobulin alpha Fc receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu Q / Stadtmueller BM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI165570 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: SIgA structures bound to Streptococcus pyogenes M4 and human CD89 provide insights into host-pathogen interactions.
著者: Qianqiao Liu / Beth M Stadtmueller /
要旨: Immunoglobulin (Ig) A functions as monomeric IgA in the serum and Secretory (S) IgA in mucosal secretions. Host IgA Fc receptors (FcαRs), including human FcαR1/CD89, mediate IgA effector functions; ...Immunoglobulin (Ig) A functions as monomeric IgA in the serum and Secretory (S) IgA in mucosal secretions. Host IgA Fc receptors (FcαRs), including human FcαR1/CD89, mediate IgA effector functions; however, human pathogen Streptococcus pyogenes has evolved surface-protein virulence factors, including M4, that also engage the CD89-binding site on IgA. Despite human mucosa serving as a reservoir for pathogens, SIgA interactions with CD89 and M4 remain poorly understood. Here we report cryo-EM structures of M4-SIgA and CD89-SIgA complexes, which unexpectedly reveal different SIgA-binding stoichiometry for M4 and CD89. Structural data, supporting experiments, and modeling indicate that copies of SIgA bound to S. pyogenes M4 will adopt similar orientations on the bacterium surface and leave one host FcαR binding site open. Results suggest unappreciated functional consequences associated with SIgA binding to host and bacterial FcαRs relevant to understanding host-microbe co-evolution, IgA effector functions and improving the outcomes of group A Streptococcus infection.
履歴
登録2023年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40567.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.86661124 - 1.3258854
平均 (標準偏差)-0.00016093526 (±0.016548203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 361.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40567_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40567_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)

全体名称: human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)
要素
  • 複合体: human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
    • タンパク質・ペプチド: Secretory component
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha Fc receptor
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1)

超分子名称: human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Immunoglobulin heavy constant alpha 1

分子名称: Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The sequence of the Fab region is not included due to legal reasons.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.687488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT WSESGQGVTA RNFPPSQDAS GDLYTTSSQL TLPATQCLAG KSVTCHVKH YTNPSQDVTV PCPVPSTPPT PSPSTPPTPS PSCCHPRLSL HRPALEDLLL GSEANLTCTL TGLRDASGVT F TWTPSSGK ...文字列:
ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT WSESGQGVTA RNFPPSQDAS GDLYTTSSQL TLPATQCLAG KSVTCHVKH YTNPSQDVTV PCPVPSTPPT PSPSTPPTPS PSCCHPRLSL HRPALEDLLL GSEANLTCTL TGLRDASGVT F TWTPSSGK SAVQGPPERD LCGCYSVSSV LPGCAEPWNH GKTFTCTAAY PESKTPLTAT LSKSGNTFRP EVHLLPPPSE EL ALNELVT LTCLARGFSP KDVLVRWLQG SQELPREKYL TWASRQEPSQ GTTTFAVTSI LRVAAEDWKK GDTFSCMVGH EAL PLAFTQ KTIDRLAGKP THVNVSVVMA EVDGTCY

UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant alpha 1

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分子 #2: Secretory component

分子名称: Secretory component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: secretory component / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.095578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KSPIFGPEEV NSVEGNSVSI TCYYPPTSVN RHTRKYWCRQ GARGGCITLI SSEGYVSSKY AGRANLTNFP ENGTFVVNIA QLSQDDSGR YKCGLGINSR GLSFDVSLEV SQGPGLLNDT KVYTVDLGRT VTINCPFKTE NAQKRKSLYK QIGLYPVLVI D SSGYVNPN ...文字列:
KSPIFGPEEV NSVEGNSVSI TCYYPPTSVN RHTRKYWCRQ GARGGCITLI SSEGYVSSKY AGRANLTNFP ENGTFVVNIA QLSQDDSGR YKCGLGINSR GLSFDVSLEV SQGPGLLNDT KVYTVDLGRT VTINCPFKTE NAQKRKSLYK QIGLYPVLVI D SSGYVNPN YTGRIRLDIQ GTGQLLFSVV INQLRLSDAG QYLCQAGDDS NSNKKNADLQ VLKPEPELVY EDLRGSVTFH CA LGPEVAN VAKFLCRQSS GENCDVVVNT LGKRAPAFEG RILLNPQDKD GSFSVVITGL RKEDAGRYLC GAHSDGQLQE GSP IQAWQL FVNEESTIPR SPTVVKGVAG GSVAVLCPYN RKESKSIKYW CLWEGAQNGR CPLLVDSEGW VKAQYEGRLS LLEE PGNGT FTVILNQLTS RDAGFYWCLT NGDTLWRTTV EIKIIEGEPN LKVPGNVTAV LGETLKVPCH FPCKFSSYEK YWCKW NNTG CQALPSQDEG PSKAFVNCDE NSRLVSLTLN LVTRADEGWY WCGVKQGHFY GETAAVYVAV EERHHHHHH

UniProtKB: Polymeric immunoglobulin receptor

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分子 #3: Immunoglobulin alpha Fc receptor

分子名称: Immunoglobulin alpha Fc receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.615742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QEGDFPMPFI SAKSSPVIPL DGSVKIQCQA IREAYLTQLM IIKNSTYREI GRRLKFWNET DPEFVIDHMD ANKAGRYQCQ YRIGHYRFR YSDTLELVVT GLYGKPFLSA DRGLVLMPGE NISLTCSSAH IPFDRFSLAK EGELSLPQHQ SGEHPANFSL G PVDLNVSG ...文字列:
QEGDFPMPFI SAKSSPVIPL DGSVKIQCQA IREAYLTQLM IIKNSTYREI GRRLKFWNET DPEFVIDHMD ANKAGRYQCQ YRIGHYRFR YSDTLELVVT GLYGKPFLSA DRGLVLMPGE NISLTCSSAH IPFDRFSLAK EGELSLPQHQ SGEHPANFSL G PVDLNVSG IYRCYGWYNR SPYLWSFPSN ALELVVTAID GRAHHHHHH

UniProtKB: Immunoglobulin alpha Fc receptor

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分子 #4: Immunoglobulin J chain

分子名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.611458 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QEDERIVLVD NKCKCARITS RIIRSSEDPN EDIVERNIRI IVPLNNRENI SDPTSPLRTR FVYHLSDLCK KCDPTEVELD NQIVTATQS NICDEDSATE TCYTYDRNKC YTAVVPLVYG GETKMVETAL TPDACYPD

UniProtKB: Immunoglobulin J chain

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 71.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ue7

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 249000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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