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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4050 | |||||||||
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タイトル | 70S ribosome from Staphylococcus aureus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | pathogenic ribosome / bL31 B-type / ribosome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Khusainov I / Vicens Q | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2016 タイトル: Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus. 著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova ...著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem / 要旨: Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact ...Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact translation specificity and its regulation. Although the importance of such features may be less obvious within more closely related organisms, their existence could account for vital yet species-specific mechanisms of translation regulation that would involve stalling, cell survival and antibiotic resistance. Here, we present the first full 70S ribosome structure from Staphylococcus aureus, a Gram-positive pathogenic bacterium, solved by cryo-electron microscopy. Comparative analysis with other known bacterial ribosomes pinpoints several unique features specific to S. aureus around a conserved core, at both the protein and the RNA levels. Our work provides the structural basis for the many studies aiming at understanding translation regulation in S. aureus and for designing drugs against this often multi-resistant pathogen. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4050.map.gz | 130.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4050-v30.xml emd-4050.xml | 64.4 KB 64.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4050.jpg emd_4050.png | 589.3 KB 332.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4050.cif.gz | 13 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4050 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4050_validation.pdf.gz | 313.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4050_full_validation.pdf.gz | 313 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4050_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4050 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome from Staphylococcus aureus
+超分子 #1: 70S ribosome from Staphylococcus aureus
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #21: 23S ribosomal RNA
+分子 #22: 5S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #23: 50S ribosomal protein L2
+分子 #24: 50S ribosomal protein L3
+分子 #25: 50S ribosomal protein L4
+分子 #26: 50S ribosomal protein L5
+分子 #27: 50S ribosomal protein L6
+分子 #28: 50S ribosomal protein L13
+分子 #29: 50S ribosomal protein L14
+分子 #30: 50S ribosomal protein L15
+分子 #31: 50S ribosomal protein L16
+分子 #32: 50S ribosomal protein L17
+分子 #33: 50S ribosomal protein L18
+分子 #34: 50S ribosomal protein L19
+分子 #35: 50S ribosomal protein L20
+分子 #36: 50S ribosomal protein L21
+分子 #37: 50S ribosomal protein L22
+分子 #38: 50S ribosomal protein L23
+分子 #39: 50S ribosomal protein L24
+分子 #40: 50S ribosomal protein L25
+分子 #41: 50S ribosomal protein L27
+分子 #42: 50S ribosomal protein L28
+分子 #43: 50S ribosomal protein L29
+分子 #44: 50S ribosomal protein L30
+分子 #45: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #46: 50S ribosomal protein L32
+分子 #47: 50S ribosomal protein L33 2
+分子 #48: 50S ribosomal protein L34
+分子 #49: 50S ribosomal protein L35
+分子 #50: 50S ribosomal protein L36
+分子 #51: MAGNESIUM ION
+分子 #52: OXYGEN ATOM
+分子 #53: ZINC ION
+分子 #54: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT |
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グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3850 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-5li0: |