+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4022 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation. | |||||||||
マップデータ | Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Stark H / Schulman BA / Peters JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM of Mitotic Checkpoint Complex-Bound APC/C Reveals Reciprocal and Conformational Regulation of Ubiquitin Ligation. 著者: Masaya Yamaguchi / Ryan VanderLinden / Florian Weissmann / Renping Qiao / Prakash Dube / Nicholas G Brown / David Haselbach / Wei Zhang / Sachdev S Sidhu / Jan-Michael Peters / Holger Stark / ...著者: Masaya Yamaguchi / Ryan VanderLinden / Florian Weissmann / Renping Qiao / Prakash Dube / Nicholas G Brown / David Haselbach / Wei Zhang / Sachdev S Sidhu / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman / 要旨: The mitotic checkpoint complex (MCC) coordinates proper chromosome biorientation on the spindle with ubiquitination activities of CDC20-activated anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C(CDC20)). ...The mitotic checkpoint complex (MCC) coordinates proper chromosome biorientation on the spindle with ubiquitination activities of CDC20-activated anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C(CDC20)). APC/C(CDC20) and two E2s, UBE2C and UBE2S, catalyze ubiquitination through distinct architectures for linking ubiquitin (UB) to substrates and elongating polyUB chains, respectively. MCC, which contains a second molecule of CDC20, blocks APC/C(CDC20)-UBE2C-dependent ubiquitination of Securin and Cyclins, while differentially determining or inhibiting CDC20 ubiquitination to regulate spindle surveillance, checkpoint activation, and checkpoint termination. Here electron microscopy reveals conformational variation of APC/C(CDC20)-MCC underlying this multifaceted regulation. MCC binds APC/C-bound CDC20 to inhibit substrate access. However, rotation about the CDC20-MCC assembly and conformational variability of APC/C modulate UBE2C-catalyzed ubiquitination of MCC's CDC20 molecule. Access of UBE2C is limiting for subsequent polyubiquitination by UBE2S. We propose that conformational dynamics of APC/C(CDC20)-MCC modulate E2 activation and determine distinctive ubiquitination activities as part of a response mechanism ensuring accurate sister chromatid segregation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4022.map.gz | 113.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-4022-v30.xml emd-4022.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4022.png | 206.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4022 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4022 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion...
全体 | 名称: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion...
超分子 | 名称: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: biGBac |
分子量 | 理論値: 1.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Grafix treated complex |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 0.0035 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.0007 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 倍率(公称値): 94000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-17 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5911 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.35 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1142501 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 86398 |