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- EMDB-36678: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36678
タイトルPSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 12種
キーワードPhotosysrem I / Photosynthesis (光合成) / Dinoflagellate
生物種Amphidinium carterae (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li ZH / Li XY / Wang WD
資金援助 中国, 8件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structures and organizations of PSI-AcpPCI supercomplexes from red tidal and coral symbiotic photosynthetic dinoflagellates.
著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / ...著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the ...Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the photosynthetic properties of dinoflagellates. We report here three structures of photosystem I (PSI)-chlorophylls (Chls) /-peridinin protein complex (PSI-AcpPCI) from two species of dinoflagellates by single-particle cryoelectron microscopy. The crucial PsaA/B subunits of a red tidal dinoflagellate are remarkably smaller and hence losing over 20 pigment-binding sites, whereas its PsaD/F/I/J/L/M/R subunits are larger and coordinate some additional pigment sites compared to other eukaryotic photosynthetic organisms, which may compensate for the smaller PsaA/B subunits. Similar modifications are observed in a coral symbiotic dinoflagellate species, where two additional core proteins and fewer AcpPCIs are identified in the PSI-AcpPCI supercomplex. The antenna proteins AcpPCIs in dinoflagellates developed some loops and pigment sites as a result to accommodate the changed PSI core, therefore the structures of PSI-AcpPCI supercomplex of dinoflagellates reveal an unusual protein assembly pattern. A huge pigment network comprising Chls and and various carotenoids is revealed from the structural analysis, which provides the basis for our deeper understanding of the energy transfer and dissipation within the PSI-AcpPCI supercomplex, as well as the evolution of photosynthetic organisms.
履歴
登録2023年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-0.5627794 - 1.8833188
平均 (標準偏差)-0.00012137204 (±0.020952491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 665.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36678_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36678_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae

全体名称: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae
要素
  • 複合体: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaA光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaB光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaC光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaD光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaE光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaF光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaR光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaJ光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaL光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaM光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-15, acpPCI-15
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-17, acpPCI-17
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-16, acpPCI-16
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-14, acpPCI-14
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-1, acpPCI-1
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: PERIDININペリジニン
  • リガンド: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate
  • リガンド: Chlorophyll c1Chlorophyll c
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
超分子 #1: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae

超分子名称: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24, #26, #25, #27-#28
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)

+
分子 #1: Photosystem I PsaA

分子名称: Photosystem I PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 70.529703 KDa
配列文字列: DFSKAAFGSA TGLVAKAASQ TTTAIWNLHA DAHDFSNSSY LSKQVFAANL AHIGVVFIWL SGMHFHGAYF SNYLDWLQDP SIAPTAQQV SNIANQSVLN PIRVTSGFFN LWLAEGITST YQLKVIAAFG LIASALCFLG SYFHMHSSTS FTRVLNTKLT S LSTHHLVG ...文字列:
DFSKAAFGSA TGLVAKAASQ TTTAIWNLHA DAHDFSNSSY LSKQVFAANL AHIGVVFIWL SGMHFHGAYF SNYLDWLQDP SIAPTAQQV SNIANQSVLN PIRVTSGFFN LWLAEGITST YQLKVIAAFG LIASALCFLG SYFHMHSSTS FTRVLNTKLT S LSTHHLVG LLGLGSLAWA GHLIHISLPV NILLNAGVAV PSPHSLLSSK AVATIVEQLS FSALTSSDGY VWQPLVYSAM HH FALALVL IVGSIFLSTA SNPLMSFTVG SSWHLVLGVQ LFVTGTASVL YAQMSNAYPV YPYLLTDHPT VVSLFVHHMW IGG FFLVGA FAHLSIGLVR DTLPQSFSVV LTQRDIILGH LTWVVAFLGV HSFGLYVHND TMQALGRPDD MFSDNAISLL PVFA RWSTL TLNSTGSAVS VLGVELSTAD FMVTHIHAFT IHTTVLILVK GFLYARSSRL VNDKYKLDFR YPCDGPGRGG TCQIS PWDH VFLGLFWMYN SISVVIFHFF WEYQSNLASI KASAGGSIRA LASDFELNSI NTNGWLRNFL WSGAAQVIQS YGSPLA AYG LTFLASHFVW ALSLMFLFSG RGYWQELIES VLWAHHKLYV VPHIQPRALS ITSGRAVGLT HYLLGGIGTT WSFFLAR IV ATA

+
分子 #2: Photosystem I PsaB

分子名称: Photosystem I PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 67.96257 KDa
配列文字列: YGRCATQRYF QVLGNIHDIE LNESLNSPQA IQALSFGQLS VILLWLAAYT FHIGWSGNFE AFIDNPLGVQ PINHFVLDPH YSQYKVDTT IAALTNHPIY HWLMTVGFTS NAQIYRFTLG LEITAAVMLV LSLAPSVGLL SMGGLEVVSW ISICWAGHLV N FAPGAANL ...文字列:
YGRCATQRYF QVLGNIHDIE LNESLNSPQA IQALSFGQLS VILLWLAAYT FHIGWSGNFE AFIDNPLGVQ PINHFVLDPH YSQYKVDTT IAALTNHPIY HWLMTVGFTS NAQIYRFTLG LEITAAVMLV LSLAPSVGLL SMGGLEVVSW ISICWAGHLV N FAPGAANL TNVVMEGPGS LGNLMNVLTF NGGIQLGTQA LAVSDVAHHH VAIGIVGLWI SALLRVSKYA WNFNTQSSYH LD LSLSLTV GGILTSLLAQ QAYVYPALSY LPYDYLTTTS LYVHHQYIGA FLATGGFVHG GIFLVRDYTL SNDLVGKLLA TKA TVISTL SWITLFLGFH ATGLYMHNDA MAAFGVPQKQ IIIEPVFAEF IQQVFFLGTP VYGLGSAAVS STPTLSFLPI ISGG DFLVH HAIALGLHTT VLVLIKGALD SQGSYLFPDK QSFGYGFACD GPGRGGTCDI STWDSFYLAF FWVNNTVAWF TYYFH WKVL SLWQSSTAVF DENSLYLMGW FRDYLWQNCA ALLSGYDSLG SNDLAVWAWA FLLAHLAWAT GFMFLISWRG YWQELI DTV IYMHLKAPFF NEIWSADVVT PVALSIVQAR FIGLAHYVAG FILTYLAFVV GATS

+
分子 #3: Photosystem I PsaC

分子名称: Photosystem I PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 9.409729 KDa
配列文字列:
AHAVKIYDTC IGCTLCVRAC PTDVIEMVPA TVNAAKQVAS TPRVEDCVGC KRCETACPTD FLSIRVYLQE NEETQYSLGL DLADWS

+
分子 #4: Photosystem I PsaD

分子名称: Photosystem I PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 28.754719 KDa
配列文字列: AVPNTPKSSP DTLAGNRTEA SAVSRPYDKF NVNYPLSSPD QARTEVTTKE IPRPEDLVDS PKFPLFGGSA NGYMSKATRE RHAITWTAK EETTFEMPTS GWAMMNKGEN LCYFRKKEQC IALCKQLRSM KINDVKIYRL SKDGTVTFLH PSDGVFPEKV N KGRVPVNF ...文字列:
AVPNTPKSSP DTLAGNRTEA SAVSRPYDKF NVNYPLSSPD QARTEVTTKE IPRPEDLVDS PKFPLFGGSA NGYMSKATRE RHAITWTAK EETTFEMPTS GWAMMNKGEN LCYFRKKEQC IALCKQLRSM KINDVKIYRL SKDGTVTFLH PSDGVFPEKV N KGRVPVNF RPFTVCQNAK QGELKFTEYW TKPYEADALT TLFVKARVAA YNDVVNLFPL PNPKLTSGPA EPTSVDYDAL TK EAMEGQK KRIEAAMASV

+
分子 #5: Photosystem I PsaE

分子名称: Photosystem I PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 8.617627 KDa
配列文字列:
AWVGPKKGSQ VRILRPESYW FQQRGTVVNV NQKTNIKYPV TVKFDFVNYA NVNTNGFALW EVDELKEGEY DPDL

+
分子 #6: Photosystem I PsaF

分子名称: Photosystem I PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 20.761107 KDa
配列文字列:
IDTAPVTKMK NLKTGTVEVD QTKLSVKSWG HMEPCGQNKK FQKRIKDEAF KLKKRQDKYA KGSAAYAGVQ EVIDQAKDTA KAYEGRWCG KKDGLPRVIA TGEVTRGGIV TPALMFLYTT GWIGYAGRSY LLRTKDAAKE IKIDVPLALT CMTSAFAWPV Y SWQDITNG RFVAKDTEIR VQRMHMA

+
分子 #7: Photosystem I PsaR

分子名称: Photosystem I PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 14.937079 KDa
配列文字列:
YTESAQDAKL FETVFSTYTA EYLKGPMYET PEKMIGRRPF NPGEPLWGED KKLTSNVLGP LKRVSSNELA FLTMICLAIG AWGEAQFLW FDPQFAAIDR GEYFNPIYII AASLLPVSFW AHIACYIQKA NGK

+
分子 #8: Photosystem I PsaI

分子名称: Photosystem I PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 14.184242 KDa
配列文字列:
AYGDGPKKWG AVLLPLTIFG VGITAMGTFV LYTFSEDFFW AFVPGSKRSM ELEKKKKEMA EKYPSPVVQH PADPLAGLVN RADYEKGLE EAWDKVKPKG STVTVEEKLK ELSTQNNPHY WRNAIKS

+
分子 #9: Photosystem I PsaJ

分子名称: Photosystem I PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 7.757844 KDa
配列文字列:
RKIPAGPYSV SVEPLRDGAT NEVSIVTPPI SSEGVQEYLS LAPVFFMALA IFTSGFAIEV LRFFPDTRYW

+
分子 #10: Photosystem I PsaL

分子名称: Photosystem I PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 27.994172 KDa
配列文字列: VLPYMENIPR AIVEKEALEG VLAMTPREQW EDPPEDSVLY TLKVYAETYG EGKATKMPWW DWLYMRFELP DANEVSAEKI KLMEDDAKI QRRMMEGKIP LYVPILGVPI YTGMTLDWKP EAELFAGDQI RSPISDSRFA KNFIGNTAFY REGLENWQRG L EIGMAHGY ...文字列:
VLPYMENIPR AIVEKEALEG VLAMTPREQW EDPPEDSVLY TLKVYAETYG EGKATKMPWW DWLYMRFELP DANEVSAEKI KLMEDDAKI QRRMMEGKIP LYVPILGVPI YTGMTLDWKP EAELFAGDQI RSPISDSRFA KNFIGNTAFY REGLENWQRG L EIGMAHGY FLVGPFTTLG PLRNTPEAAT VGLLSACAVI GIVSVGGLLF GATVKPRAFD KDGATAGSGF TEIINWHAVG GL GGAGFCH LLLTLF

+
分子 #11: Photosystem I PsaM

分子名称: Photosystem I PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 9.634945 KDa
配列文字列:
ERIPGGKFTK AQGKIVATPD EDGFTDSEVA LALIIAAVVL YLAIEVTKSL FYGEDPETTA KGPMTPFEKR VVEKGLFGSR GDSYSPFRP

+
分子 #12: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 19.554451 KDa
配列文字列:
EFAGGLIGGQ SAFASQEYNF DPLGLAEKFP EQLPFFREAE LKHGRIAMLA WVGLVVPEFV RIPGPEKCWQ ASAVDAHSAC VETGALTQV FIFCGTLEIC GTWAKMNPMP YLPLSQSGST GGLTMENAGD YRLGVNFLPD EPEKVKEMKL KELKNGRLAM L AFGGAITQ ATLTGSGFPW LY

+
分子 #13: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 23.78017 KDa
配列文字列: AHPKHMLVAG VRGYEMEWQP IPGDAVKYPK PNSEEMFKTM IGADVETGGE AWDPLGFHKL FDRNFDFNML PVYPHVQWLR EAEIKHGRV CMLAFIGCFA QAGYHIGSYP VQPDWSKALA ECYASPTGAV GLFQISVLIG WIEGKNYNGD AWVGMSEKEP G DLGFDPAG ...文字列:
AHPKHMLVAG VRGYEMEWQP IPGDAVKYPK PNSEEMFKTM IGADVETGGE AWDPLGFHKL FDRNFDFNML PVYPHVQWLR EAEIKHGRV CMLAFIGCFA QAGYHIGSYP VQPDWSKALA ECYASPTGAV GLFQISVLIG WIEGKNYNGD AWVGMSEKEP G DLGFDPAG FTKNPDFDLK KAQLQEIKNG RLAMVGCASI AANHFIPGSV PLLTGFY

+
分子 #14: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 21.347398 KDa
配列文字列: KETSASVPFL PKPKNLAGWV GGETEFDPIG FSNWFDMKWL REAELKHGRV CMMATVGFVL QPYIGAYPGV EMPADSLQAV YAAPSEAWF AFIFAAGYIE SSSYNGKITQ LNMFEDSDRV PGNLGWGSTR LEGMSKEESE LMQLKELKNG RLAMLAFSGM V HHNIVVKG ...文字列:
KETSASVPFL PKPKNLAGWV GGETEFDPIG FSNWFDMKWL REAELKHGRV CMMATVGFVL QPYIGAYPGV EMPADSLQAV YAAPSEAWF AFIFAAGYIE SSSYNGKITQ LNMFEDSDRV PGNLGWGSTR LEGMSKEESE LMQLKELKNG RLAMLAFSGM V HHNIVVKG ALFPLVPDGW TGPEPWAVGS IMNNMG

+
分子 #15: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 19.171273 KDa
配列文字列:
GGYKMSKAVP FLPMSPALEG YVGAEEEGFD PMGFSLALDI RWLREAELKH GRICMLATVG WIATDLGMRL PGPAYQVSTL EAHDAMVKF GPMAQILIWL GIIEVFSFLA ITNMMEGTTD RQPGDYGLRR LYPKDEEGQY EMQLKELRNG RLAMLAFSGI V TTAVLTGR TWPF

+
分子 #16: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 19.33507 KDa
配列文字列:
FEGELGVTPP MGYFDPLGLS SDGDKKTFIR RRKSELKNGR VAMWACMGWI VPEWYRFPGE LSPSSGLKFS EIPNGMAALK ALPTEAWAQ MGAFVALLEL GPLWQDESRA PGDFKTCAKY GFPMFFVGGR EGSDSDPVKN QYSLNSEINN GRLAMMAITG M VFQNGITG TTGPEMWA

+
分子 #17: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 18.231799 KDa
配列文字列:
REAPKVLAGT GGPLPESFWD PAGFTNNKTD EELLFYRAAE LKHGRIAMAA VVGWFTNASG FHYLGDLWLK KPASDNPIEA FNQLSLLGV FQMVFFIGCL EWLTTVPCPP PKDAPWDVIG MSDVLEEDTD ENPMAEYKKI QMQELNNSRL AMVAIIGLIV Q ATTTG

+
分子 #18: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 18.956426 KDa
配列文字列:
FAGGLTGSDY GGFGGKYEWD PVGFSTRWPE HLAWYREAEL KHGRIAMLAF AGLLAPDLFR LPWAEFQDSS LDFANAHDKF VAGFGPMWW GFIACGGIEY QRFRKLGLGM EGLTLENAGN LGWFDLPKNS EERLFYETAE LKNGRLAMLA VSGIFTAGIF W DQHHFPFI

+
分子 #19: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 20.585494 KDa
配列文字列:
ARRELAVAYE DAGIDLMDNG KFAQGLVGAE AAFGRYEFDP IGFSKYTELV PWFREAELKH GRIAMLAWLG LVVPDFVRIP GEAYSFEAV PRVIDAHDAL NADAGPNFQI ILFISIVELC CAKKVFEWNS VETAGDYNLT RLFPEDDEAQ KQMRIAELKN G RLAMIAFG GAVTQAVITG KPFPWTF

+
分子 #20: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.068318 KDa
配列文字列:
FENELGVQAP TGFFDPLGLS SDGSIDNFKR RRASEIKHGR VAMLATMGYM TPEITGKFPG YLSYSQSIKF ADVPNGLAAM SKVPVLGWA QVAAYGAVCE LSQDQSPGTP GAAGDFGFKV ITSEDEETLK RKLNSELANG RLAMMAIIGL FFQDGLTGGA Y

+
分子 #21: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 19.562781 KDa
配列文字列:
VKMSPSVPYL PYPERLEGWV GGEKGFDPLR TSDIIDVYWL REAELKHGRI CMLATLGWIS VDAGWRFEAE MFQGVSVINA HNKMVEMGV MQQMLSIVGV CEIFSLYLIK EGLLGKIQRK AGDYFIGKNF LPKEEDKAKD MQLKELENGR LAMLAFSGIC T QANLFPES HFPY

+
分子 #22: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.109432 KDa
配列文字列:
FESELGVQAP TGFWDPLGFA KDGSMKAFKR RRASEIKHGR IAMLATMGYI TPEITGKFPG YLSPSTLLKY DDIPNGLGAI SKVPALGWA QIFVYCGYAE LSQDQTPGSP GAEGNFGFKV LTSSDPDSLE KKLASEIANG RLAMMAFTGM ATQDGLTGSA W

+
分子 #23: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.119342 KDa
配列文字列:
FENELGVQAP VGFWDPVGFT ADGNVASFRR RRTVELKHGR ISMLAAMGYM TPEITGKFPG YLSPSTLLKY DDIPNGLGAI SKVPALGWA QIFVYCGYAE LSQDQTPGSP GAEGNFGFKV LTSSDPDSLE KKLASEIANG RLAMMAFTGM ATQDGLTGSA W

+
分子 #24: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-15, acpPCI-15

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-15, acpPCI-15
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.422854 KDa
配列文字列:
ESERGAQPPF GFWDPLGLSA DGDVATFKRR RASEIKHGRI AMLAAMGYMT PEITGKFPGY LSPSTGVKYA DIPNGLAAIS KVPVVGWLQ IFAWTAVCEL WEDQVPGTPG HEGEFCFKAF KVTSDAPETR ETKLASELAN GRLAMMAIIG LFFQDGLTGS A Y

+
分子 #25: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-16, acpPCI-16

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-16, acpPCI-16
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.109498 KDa
配列文字列:
FESELGAQAP LGFFDPLKLT GDGSVEAFKR RRQSEIKHGR ISMLAAMGYM TPEITGKFPG YLSPSLNLKF ADVPNGLAAV SKVPAAGWA QILGYMAYCE TSQDQSAGTP GAAGEFGFKV ITSDDDEVLK RKLASELANG RLAMMAIIGM FYQDGLTGSA W

+
分子 #26: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-17, acpPCI-17

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-17, acpPCI-17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.357012 KDa
配列文字列:
FENERGVQAP VGYWDPLGFA RDGNVALFKI RRATEIKHGR ISMLAAMGYI TPEVTGKFPG YLSPSMGLKF ADIPNGLAAI SKVPGYGWA QILGWMAFCE ISVDQSPGKP GAAGDMGFKA FKVTADAPET TEKKLASELA NGRLAMMAII GMFFQDGLTG S AW

+
分子 #27: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-14, acpPCI-14

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-14, acpPCI-14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 17.355807 KDa
配列文字列:
FENELGVQAP TGFWDPLGFA KDGSMKAFKR RRASEIKHGR IAMLATMGYI TPELTGKFPG LLSPSMGLKY EDIPNGLGAI SKVPAVGWA QILAYTFYCE QSQDQSEGSA GEAGDFGFKV LTSKDEEGLK RKLNSELANG RLAMMAIIGM FFQDGLTGSA W

+
分子 #28: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-1, acpPCI-1

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-1, acpPCI-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
分子量理論値: 15.280452 KDa
配列文字列:
VAGVCAPLTE KFDPLGLGTE EKMEQFTAAE IKHGRCAMIA CLGYVLPEWF RFPGCESYES GLGALGSLPA EGWFQLVALI GAHEVLVKP REGGLGAFDF GLGSELLEGQ SAEEVERKQT VERNNGRLAM VGFAGLVSQE LMF

+
分子 #29: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 223 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #30: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #31: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #32: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 12 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #33: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 11 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 49 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / ジアジノキサンチン

+
分子 #37: PERIDININ

分子名称: PERIDININ / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 49 / 式: PID
分子量理論値: 630.81 Da
Chemical component information

ChemComp-PID:
PERIDININ / ペリジニン

+
分子 #38: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9...

分子名称: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0] ...名称: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 12 / 式: UIX
分子量理論値: 642.907 Da

+
分子 #39: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 39 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1 / Chlorophyll c

+
分子 #40: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 356838
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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