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- EMDB-35991: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35991
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein Rv1280c
    • タンパク質・ペプチド: Putative peptide transport permease protein Rv1283c
    • タンパク質・ペプチド: Putative peptide transport permease protein Rv1282c
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
キーワードOppABCD / Type I ABC importer / Oligopeptide permease / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protein import / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / peptide binding / transmembrane transport ...Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protein import / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / peptide binding / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide transport permease C-like, N-terminal domain / ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / N-terminal TM domain of oligopeptide transport permease C / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. ...Oligopeptide transport permease C-like, N-terminal domain / ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / N-terminal TM domain of oligopeptide transport permease C / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative peptide transport permease protein Rv1283c / Putative peptide transport permease protein Rv1282c / Uncharacterized protein Rv1280c / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Yang X / Hu T / Zhang B / Rao Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200996 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: An oligopeptide permease, OppABCD, requires an iron-sulfur cluster domain for functionality.
著者: Xiaolin Yang / Tianyu Hu / Jingxi Liang / Zhiqi Xiong / Zhenli Lin / Yao Zhao / Xiaoting Zhou / Yan Gao / Shan Sun / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Zihe Rao / Bing Zhang /
要旨: Oligopeptide permease, OppABCD, belongs to the type I ABC transporter family. Its role is to import oligopeptides into bacteria for nutrient uptake and to modulate the host immune response. OppABCD ...Oligopeptide permease, OppABCD, belongs to the type I ABC transporter family. Its role is to import oligopeptides into bacteria for nutrient uptake and to modulate the host immune response. OppABCD consists of a cluster C substrate-binding protein (SBP), OppA, membrane-spanning OppB and OppC subunits, and an ATPase, OppD, that contains two nucleotide-binding domains (NBDs). Here, using cryo-electron microscopy, we determined the high-resolution structures of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state, oligopeptide-bound pre-translocation state, AMPPNP-bound pre-catalytic intermediate state and ATP-bound catalytic intermediate state. The structures show an assembly of a cluster C SBP with its ABC translocator and a functionally required [4Fe-4S] cluster-binding domain in OppD. Moreover, the ATP-bound OppABCD structure has an outward-occluded conformation, although no substrate was observed in the transmembrane cavity. Here, we reveal an oligopeptide recognition and translocation mechanism of OppABCD, which provides a perspective on how this and other type I ABC importers facilitate bulk substrate transfer across the lipid bilayer.
履歴
登録2023年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35991.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2371526 - 3.1825385
平均 (標準偏差)0.0027312986 (±0.05116844)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 291.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35991_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35991_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the re...

全体名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein Rv1280c
    • タンパク質・ペプチド: Putative peptide transport permease protein Rv1283c
    • タンパク質・ペプチド: Putative peptide transport permease protein Rv1282c
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the re...

超分子名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)

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分子 #1: Uncharacterized protein Rv1280c

分子名称: Uncharacterized protein Rv1280c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 64.38598 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: VADRGQRRGC APGIASALRA SFQGKSRPWT QTRYWAFALL TPLVVAMVLT GCSASGTQLE LAPTADRRAA VGTTSDINQQ DPATLQDGG NLRLSLTDFP PNFNILHIDG NNAEVAAMMK ATLPRAFIIG PDGSTTVDTN YFTSIELTRT APQVVTYTIN P EAVWSDGT ...文字列:
VADRGQRRGC APGIASALRA SFQGKSRPWT QTRYWAFALL TPLVVAMVLT GCSASGTQLE LAPTADRRAA VGTTSDINQQ DPATLQDGG NLRLSLTDFP PNFNILHIDG NNAEVAAMMK ATLPRAFIIG PDGSTTVDTN YFTSIELTRT APQVVTYTIN P EAVWSDGT PITWRDIASQ IHAISGADKA FEIASSSGAE RVASVTRGVD DRQAVVTFAK PYAEWRGMFA GNGMLLPASM TA TPEAFNK GQLDGPGPSA GPFVVSALDR TAQRIVLTRN PRWWGARPRL DSITYLVLDD AARLPALQNN TIDATGVGTL DQL TIAART KGISIRRAPG PSWYHFTLNG APGSILADKA LRLAIAKGID RYTIARVAQY GLTSDPVPLN NHVFVAGQDG YQDN SGVVA YNPEQAKREL DALGWRRSGA FREKDGRQLV IRDLFYDAQS TRQFAQIAQH TLAQIGVKLE LQAKSGSGFF SDYVN VGAF DIAQFGAVGD AFPLSSLTQI YASDGESNFG KIGSPQIDAA IERTLAELDP GKARALANQV DELIWAEGFS LPLTQS PGT VAVRSTLANF GATGLADLDY TAIGFMRRDY KDDDDK

UniProtKB: Uncharacterized protein Rv1280c

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分子 #2: Putative peptide transport permease protein Rv1283c

分子名称: Putative peptide transport permease protein Rv1283c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 35.120133 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTRYLARRLL NYLVLLALAS FLTYCLTSLA FSPLESLMQR SPRPPQAVID AKAHDLGLDR PILARYANWV SHAVRGDFGT TITGQPVGT ELGRRIGVSL RLLVVGSVFG TVAGVVIGAW GAIRQYRLSD RVMTTLALLV LSTPTFVVAN LLILGALRVN W AVGIQLFD ...文字列:
MTRYLARRLL NYLVLLALAS FLTYCLTSLA FSPLESLMQR SPRPPQAVID AKAHDLGLDR PILARYANWV SHAVRGDFGT TITGQPVGT ELGRRIGVSL RLLVVGSVFG TVAGVVIGAW GAIRQYRLSD RVMTTLALLV LSTPTFVVAN LLILGALRVN W AVGIQLFD YTGETSPGVA GGVWDRLGDR LQHLILPSLT LALAAAAGFS RYQRNAMLDV LGQDFIRTAR AKGLTRRRAL LK HGLRTAL IPMATLFAYG VAGLVTGAVF VEKIFGWHGM GEWMVRGIST QDTNIVAAIT VFSGAVVLLA GLLSDVIYAA LDP RVRVS

UniProtKB: Putative peptide transport permease protein Rv1283c

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分子 #3: Putative peptide transport permease protein Rv1282c

分子名称: Putative peptide transport permease protein Rv1282c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 31.402119 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTEFASRRTL VVRRFLRNRA AVASLAALLL LFVSAYALPP LLPYSYDDLD FNALLQPPGT KHWLGTNALG QDLLAQTLRG MQKSMLIGV CVAVISTGIA ATVGAISGYF GGWRDRTLMW VVDLLLVVPS FILIAIVTPR TKNSANIMFL VLLLAGFGWM I SSRMVRGM ...文字列:
MTEFASRRTL VVRRFLRNRA AVASLAALLL LFVSAYALPP LLPYSYDDLD FNALLQPPGT KHWLGTNALG QDLLAQTLRG MQKSMLIGV CVAVISTGIA ATVGAISGYF GGWRDRTLMW VVDLLLVVPS FILIAIVTPR TKNSANIMFL VLLLAGFGWM I SSRMVRGM TMSLREREFI RAARYMGVSS RRIIVGHVVP NVASILIIDA ALNVAAAILA ETGLSFLGFG IQPPDVSLGT LI ADGTASA TAFPWVFLFP ASILVLILVC ANLTGDGLRD ALDPASRSLR RGVR

UniProtKB: Putative peptide transport permease protein Rv1282c

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分子 #4: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c

分子名称: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
分子量理論値: 65.370848 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSPLLEVTDL AVTFRTDGDP VTAVRGISYR VEPGEVVAMV GESGSGKSAA AMAVVGLLPE YAQVRGSVRL QGTELLGLAD NAMSRFRGK AIGTVFQDPM SALTPVYTVG DQIAEAIEVH QPRVGKKAAR RRAVELLDLV GISQPQRRSR AFPHELSGGE R QRVVIAIA ...文字列:
MSPLLEVTDL AVTFRTDGDP VTAVRGISYR VEPGEVVAMV GESGSGKSAA AMAVVGLLPE YAQVRGSVRL QGTELLGLAD NAMSRFRGK AIGTVFQDPM SALTPVYTVG DQIAEAIEVH QPRVGKKAAR RRAVELLDLV GISQPQRRSR AFPHELSGGE R QRVVIAIA IANDPDLLIC DEPTTALDVT VQAQILDVLK AARDVTGAGV LIITHDLGVV AEFADRALVM YAGRVVESAG VN DLYRDRR MPYTVGLLGS VPRLDAAQGT RLVPIPGAPP SLAGLAPGCP FAPRCPLVID ECLTAEPELL DVATDHRAAC IRT ELVTGR SAADIYRVKT EARPAALGDA SVVVRVRHLV KTYRLAKGVV LRRAIGEVRA VDGISLELRQ GRTLGIVGES GSGK STTLH EILELAAPQS GSIEVLGTDV ATLGTAERRS LRRDIQVVFQ DPVASLDPRL PVFDLIAEPL QANGFGKNET HARVA ELLD IVGLRHGDAS RYPAEFSGGQ KQRIGIARAL ALQPKILALD EPVSALDVSI QAGIINLLLD LQEQFGLSYL FVSHDL SVV KHLAHQVAVM LAGTVVEQGD SEEVFGNPKH EYTRRLLGAV PQPDPARRG

UniProtKB: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv1281c

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95101
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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