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- EMDB-35618: Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35618
タイトルCryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state
マップデータ
試料
  • 複合体: porcine Cytochrome bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 5種
キーワードComplex / mitochondria (ミトコンドリア) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c ...subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / respirasome / hippocampus development / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / シトクロムb / Complex III subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Wang YX / Dong JQ / Yang GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state
著者: Wang YX / Dong JQ / Yang GF
履歴
登録2023年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35618.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.3680341 - 3.6266444
平均 (標準偏差)0.0038988374 (±0.11321616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 240.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35618_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_35618_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : porcine Cytochrome bc1 complex

全体名称: porcine Cytochrome bc1 complex
要素
  • 複合体: porcine Cytochrome bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bシトクロムb
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 9ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: CARDIOLIPIN

+
超分子 #1: porcine Cytochrome bc1 complex

超分子名称: porcine Cytochrome bc1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 42.840715 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MTNIRKSHPL MKIINNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWVIR YLHANGASM FFICLFIHVG RGLYYGSYMF LETWNIGVVL LFTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTD L VEWIWGGF ...文字列:
MTNIRKSHPL MKIINNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWVIR YLHANGASM FFICLFIHVG RGLYYGSYMF LETWNIGVVL LFTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTD L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI ITALAAVHLL FLHETGSNNP TGISSDMDKI PFHPYYTIKD ILGALFMMLI LL ILVLFSP DLLGDPDNYT PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALVAS ILILILMPML HTSKQRSMMF RPL SQCLFW MLVADLITLT WIGGQPVEHP FIIIGQLASI LYFLIILVLM PITSIIENNL LKW

UniProtKB: シトクロムb

+
分子 #2: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 35.48893 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MSAAAAASLR GAVLGPRGAG LPGARARGLL CGPRPGQLPL RTPQALSLSS KSGLSRGRKV ILSALGMLAA GGAGLAVALH SAVSATDLE LHAPSYPWSH RGLLSSLDHT SIRRGFQVYK QVCSSCHSMD YVAYRHLVGV CYTEEEAKAL AEEVEVQDGP N EDGEMFMR ...文字列:
MSAAAAASLR GAVLGPRGAG LPGARARGLL CGPRPGQLPL RTPQALSLSS KSGLSRGRKV ILSALGMLAA GGAGLAVALH SAVSATDLE LHAPSYPWSH RGLLSSLDHT SIRRGFQVYK QVCSSCHSMD YVAYRHLVGV CYTEEEAKAL AEEVEVQDGP N EDGEMFMR PGKLSDYFPK PYPNPEAARA ANNGALPPDL SYIVRARHGG EDYVFSLLTG YCEPPTGVSL REGLYFNPYF PG QAIAMAP PIYNEVLEFD DGTPATMSQV AKDVCTFLRW ASEPEHDHRK RMGLKMLMMM GLLLPLVYAM KRHKWSVLKS RKL AYRPPK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 21.610492 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: SHTDIRVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSD ARKGFSYLIT ATTTVGVAYA AKNAVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDIRVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSD ARKGFSYLIT ATTTVGVAYA AKNAVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPTYEFT SDDLVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #4: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 52.75632 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MAASAVCRVA GTGSRVLLRT CRSPALLRSP ALRGTATYAQ ALQSVPETQV SQLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDAGSR YENEKNNGA GYFVEHLAFK GTKNRPGSAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKAVELLAD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI ...文字列:
MAASAVCRVA GTGSRVLLRT CRSPALLRSP ALRGTATYAQ ALQSVPETQV SQLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDAGSR YENEKNNGA GYFVEHLAFK GTKNRPGSAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKAVELLAD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI LQELQENDSS MRDVVFDYLH ATAFQGTPLA QSVEGPSENV RKLSRADLTE YVSQHYKAPR MVLAAAGGVE HR QLLDLAQ KHFSSLSGTY VEDAVPAFTP CRFTGSEIRH RDDALPLAHV AIAVEGPGWA NPDNVPLQVA NAIIGHYDST YGG GTHMSS TLASVAATRK LCQSFQTFNI CYAETGLLGA HFVCDNMSID DMMFFLQGQW MRLCTSATES EVVRGKNILR NALV SHLDG TTPVCEDIGR SLLTYGRRIP LAEWESRIAE VDASVVREVC SKYFYDQCPA VAGLGPIEQL PDYNRIRSGM FWLRF

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 48.264477 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MKLITRAGSF SRFYSLKVAP KALASAAPAG VPLQPQDLEF TRLPNGLVIA SLENYAPASR IGLFIKAGSR YEDSNNLGTS HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTSTRESM AYTVECLRDD IEILMEFLLN VTAAPEFRRW EVAALQSQLR I DKAVAFQN ...文字列:
MKLITRAGSF SRFYSLKVAP KALASAAPAG VPLQPQDLEF TRLPNGLVIA SLENYAPASR IGLFIKAGSR YEDSNNLGTS HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTSTRESM AYTVECLRDD IEILMEFLLN VTAAPEFRRW EVAALQSQLR I DKAVAFQN PQAQVLENLH AAAYRNALAN SLYCPDYRIG KVTPDQLHYY VQNHFTSARM ALIGLGVSHP VLKQVAERFL NM RGGLGLS GAKAKYRGGE IRDQNGDSLV HAALVAESAA TGSAEANAFS VLQHVLGAGP HVKRGSNATS SLYQAVAKGV HQP FDVSAF NASYSDSGLF GIYTISQAAS AGDVIKSAYD QVKAIAQGNL SNTDVQAAKN KLKAGYLMSV ESSEGFLDEV GSQA LVAGS YMQPSTVLQQ IDSVADADVI NAAKKFVSGR KSMAASGNLG HTPFVDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 10.685803 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MGLEDEQRML TGSGDPKEEE EEEEELVDPL TTVREQCEQI EKCIKARERL ELCDQRVSSR SQTEEDCTEE LFDFLHARDH CVAHKLFNS LK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.587549 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MASRPAVAAS SKWLEGIRKW YYNAAGFNKL GLMRDDTIYE DDDVKEAIRR LPENLYNDRV FRIKRALDLT MRQQILPKEQ WTKYEEDKF YLEPYLKEVI RERKEREEWA KK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 9.784339 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MGREFGHLTR MRHVITYSLS PFEQRAFPHY FTKGIPNVLR RTRACILRVA PPFVVFYLVY TWGTQEFEKS KRKNPAAYEN DK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #9: Complex III subunit 9

分子名称: Complex III subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.41253 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MAAPTLTARL YSLLFRRTST FALTIAVGAL FFERAFDQGA DAIYEHINQG KLWKHIKHKY ENKE

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 6.560654 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MLSRFLGPRY RELARNWIPT ASMWGAVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KFKKED

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11
詳細: Author stated: Chain C/c and Chain K/k are truly from one polypeptide, and the polypeptide will be cleaved into two chains upon maturation.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.900107 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MLSVASRSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAALPATSES PVLDAKRSFL CRESLSGQAA GRPLVASVGL NVPASVRY

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #12: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #13: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM / Discrete optimized protein energy

+
分子 #14: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

+
分子 #15: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #16: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1% DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 701 / 平均電子線量: 49.21 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 191014
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98300

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5gup


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8iog:
Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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