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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3540 | |||||||||
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タイトル | Asymmetric reconstruction of MS2 virion | |||||||||
マップデータ | Asymmetric reconstruction of bacteriophage MS | |||||||||
試料 | MS2 virion != Enterobacterio phage MS2 MS2 virion
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生物種 | Enterobacterio phage MS2 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Koning RI / Gomez Blanco J / Akopjana I / Vargas J / Kazaks A / Tars K / Carazo JM / Koster AJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Asymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2 reveals genome structure in situ. 著者: Roman I Koning / Josue Gomez-Blanco / Inara Akopjana / Javier Vargas / Andris Kazaks / Kaspars Tars / José María Carazo / Abraham J Koster / 要旨: In single-stranded ribonucleic acid (RNA) viruses, virus capsid assembly and genome packaging are intertwined processes. Using cryo-electron microscopy and single particle analysis we determined the ...In single-stranded ribonucleic acid (RNA) viruses, virus capsid assembly and genome packaging are intertwined processes. Using cryo-electron microscopy and single particle analysis we determined the asymmetric virion structure of bacteriophage MS2, which includes 178 copies of the coat protein, a single copy of the A-protein and the RNA genome. This reveals that in situ, the viral RNA genome can adopt a defined conformation. The RNA forms a branched network of stem-loops that almost all allocate near the capsid inner surface, while predominantly binding to coat protein dimers that are located in one-half of the capsid. This suggests that genomic RNA is highly involved in genome packaging and virion assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3540.map.gz | 11.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3540-v30.xml emd-3540.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3540.png | 149.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3540 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3540 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric reconstruction of bacteriophage MS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.356 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MS2 virion
全体 | 名称: MS2 virion |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterobacterio phage MS2
超分子 | 名称: Enterobacterio phage MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 12022 / 生物種: Enterobacterio phage MS2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SUBSPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 3.6 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: MS2 / 直径: 275.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Enterobacterio phage MS2 RNA
分子 | 名称: Enterobacterio phage MS2 RNA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MRAFSTLDRE NETFVPSVRV YADGETEDNS FSLKYRSNWT PGRFNSTGAK TKQWHYPSPY SRGALSVTSI DQGAYKRSGS SWGRPYEEKA GFGFSLDARS CYSLFPVSQN LTYIEVPQNV ANRASTEVLQ KVTQGNFNLG VALAEARSTA SQLATQTIAL VKAYTAARRG ...文字列: MRAFSTLDRE NETFVPSVRV YADGETEDNS FSLKYRSNWT PGRFNSTGAK TKQWHYPSPY SRGALSVTSI DQGAYKRSGS SWGRPYEEKA GFGFSLDARS CYSLFPVSQN LTYIEVPQNV ANRASTEVLQ KVTQGNFNLG VALAEARSTA SQLATQTIAL VKAYTAARRG NWRQALRYLA LNEDRKFRSK HVAGRWLELQ FGWLPLMSDI QGAYEMLTKV HLQEFLPMRA VRQVGTNIKL DGRLSYPAAN FQTTCNISRR IVIWFYINDA RLAWLSSLGI LNPLGIVWEK VPFSFVVDWL LPVGNMLEGL TAPVGCSYMS GTVTDVITGE SIISVDAPYG WTVERQGTAK AQISAMHRGV QSVWPTTGAY VKSPFSMVHT LDALALIRQR LSR |
-分子 #2: Enterobacterio phage MS2 RNA
分子 | 名称: Enterobacterio phage MS2 RNA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MASNFTQFVL VDNGGTGDVT VAPSNFANGV AEWISSNSRS QAYKVTCSVR QSSAQNRKYT IKVEVPKVAT QTVGGVQLPV AAWRSYLNME LTIPIFATND DCALIVKAMQ GLLKDGNPIP SAIAANSGIY |
-分子 #3: Enterobacterio phage MS2 RNA
分子 | 名称: Enterobacterio phage MS2 RNA / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA |
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配列 | 文字列: GGGTGGGACC CCTTTCGGGG TCCTGCTCAA CTTCCTGTCG AGCTAATGCC ATTTTTAATG TCTTTAGCGA GACGCTACCA TGGCTATCGC TGTAGGTAGC CGGAATTCCA TTCCTAGGAG GTTTGACCTG TGCGAGCTTT TAGTACCCTT GATAGGGAGA ACGAGACCTT ...文字列: GGGTGGGACC CCTTTCGGGG TCCTGCTCAA CTTCCTGTCG AGCTAATGCC ATTTTTAATG TCTTTAGCGA GACGCTACCA TGGCTATCGC TGTAGGTAGC CGGAATTCCA TTCCTAGGAG GTTTGACCTG TGCGAGCTTT TAGTACCCTT GATAGGGAGA ACGAGACCTT CGTCCCCTCC GTTCGCGTTT ACGCGGACGG TGAGACTGAA GATAACTCAT TCTCTTTAAA ATATCGTTCG AACTGGACTC CCGGTCGTTT TAACTCGACT GGGGCCAAAA CGAAACAGTG GCACTACCCC TCTCCGTATT CACGGGGGGC GTTAAGTGTC ACATCGATAG ATCAAGGTGC CTACAAGCGA AGTGGGTCAT CGTGGGGTCG CCCGTACGAG GAGAAAGCCG GTTTCGGCTT CTCCCTCGAC GCACGCTCCT GCTACAGCCT CTTCCCTGTA AGCCAAAACT TGACTTACAT CGAAGTGCCG CAGAACGTTG CGAACCGGGC GTCGACCGAA GTCCTGCAAA AGGTCACCCA GGGTAATTTT AACCTTGGTG TTGCTTTAGC AGAGGCCAGG TCGACAGCCT CACAACTCGC GACGCAAACC ATTGCGCTCG TGAAGGCGTA CACTGCCGCT CGTCGCGGTA ATTGGCGCCA GGCGCTCCGC TACCTTGCCC TAAACGAAGA TCGAAAGTTT CGATCAAAAC ACGTGGCCGG CAGGTGGTTG GAGTTGCAGT TCGGTTGGTT ACCACTAATG AGTGATATCC AGGGTGCATA TGAGATGCTT ACGAAGGTTC ACCTTCAAGA GTTTCTTCCT ATGAGAGCCG TACGTCAGGT CGGTACTAAC ATCAAGTTAG ATGGCCGTCT GTCGTATCCA GCTGCAAACT TCCAGACAAC GTGCAACATA TCGCGACGTA TCGTGATATG GTTTTACATA AACGATGCAC GTTTGGCATG GTTGTCGTCT CTAGGTATCT TGAACCCACT AGGTATAGTG TGGGAAAAGG TGCCTTTCTC ATTCGTTGTC GACTGGCTCC TACCTGTAGG TAACATGCTC GAGGGCCTTA CGGCCCCCGT GGGATGCTCC TACATGTCAG GAACAGTTAC TGACGTAATA ACGGGTGAGT CCATCATAAG CGTTGACGCT CCCTACGGGT GGACTGTGGA GAGACAGGGC ACTGCTAAGG CCCAAATCTC AGCCATGCAT CGAGGGGTAC AATCCGTATG GCCAACAACT GGCGCGTACG TAAAGTCTCC TTTCTCGATG GTCCATACCT TAGATGCGTT AGCATTAATC AGGCAACGGC TCTCTAGATA GAGCCCTCAA CCGGAGTTTG AAGCATGGCT TCTAACTTTA CTCAGTTCGT TCTCGTCGAC AATGGCGGAA CTGGCGACGT GACTGTCGCC CCAAGCAACT TCGCTAACGG GGTCGCTGAA TGGATCAGCT CTAACTCGCG TTCACAGGCT TACAAAGTAA CCTGTAGCGT TCGTCAGAGC TCTGCGCAGA ATCGCAAATA CACCATCAAA GTCGAGGTGC CTAAAGTGGC AACCCAGACT GTTGGTGGTG TAGAGCTTCC TGTAGCCGCA TGGCGTTCGT ACTTAAATAT GGAACTAACC ATTCCAATTT TCGCTACGAA TTCCGACTGC GAGCTTATTG TTAAGGCAAT GCAAGGTCTC CTAAAAGATG GAAACCCGAT TCCCTCAGCA ATCGCAGCAA ACTCCGGCAT CTACTAATAG ACGCCGGCCA TTCAAACATG AGGATTACCC ATGTCGAAGA CAACAAAGAA GTTCAACTCT TTATGTATTG ATCTTCCTCG CGATCTTTCT CTCGAAATT TACCAATCAA TTGCTTCTGT CGCTACTGGA AGCGGTGATC CGCACAGTGA CGACTTTACA GCAATTGCTT ACTTAAGGGA CGAATTGCTC ACAAAGCATC CGACCTTAGG TTCTGGTAAT GACGAGGCGA CCCGTCGTAC CTTAGCTATC GCTAAGCTAC GGGAGGCGAA TGGTGATCGC GGTCAGATAA ATAGAGAAGG TTTCTTACAT GACAAATCCT TGTCATGGGA TCCGGATGTT TTACAAACCA GCATCCGTAG CCTTATTGGC AACCTCCTCT CTGGCTACCG ATCGTCGTTG TTTGGGCAAT GCACGTTCTC CAACGGTGCT CCTATGGGGC ACAAGTTGCA GGATGCAGCG CCTTACAAGA AGTTCGCTGA ACAAGCAACC GTTACCCCCC GCGCTCTGAG AGCGGCTCTA TTGGTCCGAG ACCAATGTGC GCCGTGGATC AGACACGCGG TCCGCTATAA CGAGTCATAT GAATTTAGGC TCGTTGTAGG GAACGGAGTG TTTACAGTTC CGAAGAATAA TAAAATAGAT CGGGCTGCCT GTAAGGAGCC TGATATGAAT ATGTACCTCC AGAAAGGGGT CGGTGCTTTC ATCAGACGCC GGCTCAAATC CGTTGGTATA GACCTGAATG ATCAATCGAT CAACCAGCGT CTGGCTCAGC AGGGCAGCGT AGATGGTTCG CTTGCGACGA TAGACTTATC GTCTGCATCC GATTCCATCT CCGATCGCCT GGTGTGGAGT TTTCTCCCAC CAGAGCTATA TTCATATCTC GATCGTATCC GCTCACACTA CGGAATCGTA GATGGCGAGA CGATACGATG GGAACTATTT TCCACAATGG GAAATGGGTT CACATTTGAG CTAGAGTCCA TGATATTCTG GGCAATAGTC AAAGCGACCC AAATCCATTT TGGTAACGCC GGAACCATAG GCATCTACGG GGACGATATT ATATGTCCCA GTGAGATTGC ACCCCGTGTG CTAGAGGCAC TTGCCTACTA CGGTTTTAAA CCGAATCTTC GTAAAACGTT CGTGTCCGGG CTCTTTCGCG AGAGCTGCGG CGCGCACTTT TACCGTGGTG TCGATGTCAA ACCGTTTTAC ATCAAGAAAC CTGTTGACAA TCTCTTCGCC CTGATGCTGA TATTAAATCG GCTACGGGGT TGGGGAGTTG TCGGAGGTAT GTCAGATCCA CGCCTCTATA AGGTGTGGGT ACGGCTCTCC TCCCAGGTGC CTTCGATGTT CTTCGGTGGG ACGGACCTCG CTGCCGACTA CTACGTAGTC AGCCCGCCTA CGGCAGTCTC GGTATACACC A AGACTCCG TACGGGCGGC TGCTCGCGGA TACCCGTACC TCGGGTTTCC GTCTTGCTCG TATCGCTCGA GAACGCAAGT TCTTCAGCGA AAAGCACGAC AGTGGTCGCT ACATAGCGTG GTTCCATACT GGAGGTGAAA TCACCGACAG CATGAAGTCC GCCGGCGTGC GCGTTATACG CACTTCGGAG TGGCTAACGC CGGTTCCCAC ATTCCCTCAG GAGTGTGGGC CAGCGAGCTC TCCTCGGTAG CTGACCGAGG GACCCCCGTA AACGGGGTGG GTGTGCTCGA AAGAGCACGG GTGCGAAAGC GGTCCGGCTC CACCGAAAGG TGGGCGGGCT TCGGCCCAGG GACCTCCCCC TAAAGAGAGG ACCCGGGATT CTCCCGATTT GGTAACTAGC TGCTTGGCTA GTTACCACCC A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa / 詳細: 30 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: Blotted using filter paper for 1 to 2 seconds before blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 61403 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.02 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 97.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 751 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 22441 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Icosahedral symmetrized map was used as start for asymmetric reconstruction |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 18977 |