[日本語] English
万見
- EMDB-3528: nora virus structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3528
タイトルnora virus structure
マップデータnora virus b-factor corrected map.
試料
  • ウイルス: Nora virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP4Cカプシド
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP4Bカプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4Aカプシド
機能・相同性カプシド / カプシド / ORF4 polyprotein
機能・相同性情報
生物種Nora virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Laurinmaki P / Shakeel S / Ekstrom J-O / Butcher SJ
資金援助 フィンランド, 3件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland139178 フィンランド
Academy of Finland275199 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structure of Nora virus at 2.7 Å resolution and implications for receptor binding, capsid stability and taxonomy.
著者: Pasi Laurinmäki / Shabih Shakeel / Jens-Ola Ekström / Pezhman Mohammadi / Dan Hultmark / Sarah J Butcher /
要旨: Nora virus, a virus of Drosophila, encapsidates one of the largest single-stranded RNA virus genomes known. Its taxonomic affinity is uncertain as it has a picornavirus-like cassette of enzymes for ...Nora virus, a virus of Drosophila, encapsidates one of the largest single-stranded RNA virus genomes known. Its taxonomic affinity is uncertain as it has a picornavirus-like cassette of enzymes for virus replication, but the capsid structure was at the time for genome publication unknown. By solving the structure of the virus, and through sequence comparison, we clear up this taxonomic ambiguity in the invertebrate RNA virosphere. Despite the lack of detectable similarity in the amino acid sequences, the 2.7 Å resolution cryoEM map showed Nora virus to have T = 1 symmetry with the characteristic capsid protein β-barrels found in all the viruses in the Picornavirales order. Strikingly, α-helical bundles formed from the extended C-termini of capsid protein VP4B and VP4C protrude from the capsid surface. They are similar to signalling molecule folds and implicated in virus entry. Unlike other viruses of Picornavirales, no intra-pentamer stabilizing annulus was seen, instead the intra-pentamer stability comes from the interaction of VP4C and VP4B N-termini. Finally, intertwining of the N-termini of two-fold symmetry-related VP4A capsid proteins and RNA, provides inter-pentamer stability. Based on its distinct structural elements and the genetic distance to other picorna-like viruses we propose that Nora virus, and a small group of related viruses, should have its own family within the order Picornavirales.
履歴
登録2016年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3528.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nora virus b-factor corrected map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.04889733 - 0.11284691
平均 (標準偏差)0.0005152229 (±0.007036079)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-240-240-240
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 508.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z508.800508.800508.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ364364364
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0490.1130.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_3528_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: nora virus, not b-factor corrected

ファイルemd_3528_additional.map
注釈nora virus, not b-factor corrected
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_3528_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_3528_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Nora virus

全体名称: Nora virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Nora virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP4Cカプシド
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein VP4Bカプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4Aカプシド

-
超分子 #1: Nora virus

超分子名称: Nora virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Drosophila Nora virus strain Umea 2007 was derived from an infectious cDNA clone (accession GQ257737).
NCBI-ID: 363716 / 生物種: Nora virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

-
分子 #1: capsid protein VP4C

分子名称: capsid protein VP4C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nora virus (ウイルス)
分子量理論値: 45.258152 KDa
配列文字列: SLPENAPNAV SNPQQFITPA TALSAEEYNV HEALGETEEL ELDEFPVLVF KGNVPVDSVT SIPLDLATIY DFAWDGEQNA ISQKFQRFA HLIPKSAGGF GPVIGNYTIT ANLPTGVAGR ILHNCLPGDC VDLAVSRIFG LKSLLGVAGT AVSAIGGPLL N GLVNTAAP ...文字列:
SLPENAPNAV SNPQQFITPA TALSAEEYNV HEALGETEEL ELDEFPVLVF KGNVPVDSVT SIPLDLATIY DFAWDGEQNA ISQKFQRFA HLIPKSAGGF GPVIGNYTIT ANLPTGVAGR ILHNCLPGDC VDLAVSRIFG LKSLLGVAGT AVSAIGGPLL N GLVNTAAP ILSGAAHAIG GNVVGGLADA VIDIGSNLLT PKEKEQPSAN SSAISGDIPI SRFVEMLKYV KENYQDNPVF PT LLVEPQN FISNAMTALK TIPIEVFANM RNVKVERNLF DRTVVPTVKE ATLADIVIPN HMYGYILRDF LQNKRAFQSG TKQ NVYFQQ FLTVLSQRNI RTHITLNDIT SCSIDSESIA NKIERVKHYL STNSSGETTE EFSRTDTGLL PITTRKIVLG ESKR RTERY VAETVFPSVR Q

-
分子 #2: capsid protein VP4B

分子名称: capsid protein VP4B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nora virus (ウイルス)
分子量理論値: 28.166934 KDa
配列文字列: ADNEVTAEGG KLVQELVYDH SAIPVAPVVE TQAEQPEVPV SLVATRKNDT GHLATKWYDF AKISLSNPAN MNWTTLTIDP YNNVTLSRD GESMVLPWRR NVWTTGSKSI GYIRTMVAQI NIPRPPQISG VLEVKDSINN SSISLVEFGG KVEIPIIPKV M NGLATTAS ...文字列:
ADNEVTAEGG KLVQELVYDH SAIPVAPVVE TQAEQPEVPV SLVATRKNDT GHLATKWYDF AKISLSNPAN MNWTTLTIDP YNNVTLSRD GESMVLPWRR NVWTTGSKSI GYIRTMVAQI NIPRPPQISG VLEVKDSINN SSISLVEFGG KVEIPIIPKV M NGLATTAS LPRHRLNPWM RTAESKVELQ YRIIAFNRTS DIADLNVSVL LRPGDSQFQL PMKPDNNVDT RHFELVEALM YH YDSLRIR GEEQ

-
分子 #3: Capsid protein VP4A

分子名称: Capsid protein VP4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nora virus (ウイルス)
分子量理論値: 29.019826 KDa
配列文字列: MQNPTQTMHI YDMPLRVIAG LSTLAKTTEE DDNTSTGIVV SEVGEPQVVN HPAWIDPFVA YQLRAPRKNI TPDFIFGRAD IGNAFSAFL PRRFSAPAVG TRLVVDPVFT YQQRTVLGLY NYFHADFYYI VHVPAPLGTG IYLKIYAPEF DTTTVTRGIR F KPSASPTI ...文字列:
MQNPTQTMHI YDMPLRVIAG LSTLAKTTEE DDNTSTGIVV SEVGEPQVVN HPAWIDPFVA YQLRAPRKNI TPDFIFGRAD IGNAFSAFL PRRFSAPAVG TRLVVDPVFT YQQRTVLGLY NYFHADFYYI VHVPAPLGTG IYLKIYAPEF DTTTVTRGIR F KPSASPTI ALSVPWSNDL STVETSVGRV GQSGGSIVIE TIEDNSNETV NTPLSITVWC CMANIKATGY RHADTSAYNE KG MNFIPVP VPKPPVPPTK PITGEEQ

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCl pH 7.4.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 75 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3516 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 30313
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial map was generated using random model generation (RMC) in AUTO3DEM.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 16131
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5mm2:
nora virus structure

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る