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- EMDB-35189: CalA3 with hydrolysis product -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35189
タイトルCalA3 with hydrolysis product
マップデータpostprocessed map
試料
  • 細胞: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation
    • タンパク質・ペプチド: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I
  • リガンド: 11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain ...Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces chartreusis NRRL 3882 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Wang J / Wang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32270033 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: C-N bond formation by a polyketide synthase.
著者: Jialiang Wang / Xiaojie Wang / Xixi Li / LiangLiang Kong / Zeqian Du / Dandan Li / Lixia Gou / Hao Wu / Wei Cao / Xiaozheng Wang / Shuangjun Lin / Ting Shi / Zixin Deng / Zhijun Wang / Jingdan Liang /
要旨: Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are molecular factories that produce diverse metabolites with wide-ranging biological activities. PKSs usually work by constructing and modifying the ...Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are molecular factories that produce diverse metabolites with wide-ranging biological activities. PKSs usually work by constructing and modifying the polyketide backbone successively. Here, we present the cryo-EM structure of CalA3, a chain release PKS module without an ACP domain, and its structures with amidation or hydrolysis products. The domain organization reveals a unique "∞"-shaped dimeric architecture with five connected domains. The catalytic region tightly contacts the structural region, resulting in two stabilized chambers with nearly perfect symmetry while the N-terminal docking domain is flexible. The structures of the ketosynthase (KS) domain illustrate how the conserved key residues that canonically catalyze C-C bond formation can be tweaked to mediate C-N bond formation, revealing the engineering adaptability of assembly-line polyketide synthases for the production of novel pharmaceutical agents.
履歴
登録2023年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0078
最小 - 最大-0.015045934 - 0.03744029
平均 (標準偏差)8.265911e-05 (±0.00085637206)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 341.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: full map

ファイルemd_35189_additional_1.map
注釈full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_35189_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_35189_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation

全体名称: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation
要素
  • 細胞: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation
    • タンパク質・ペプチド: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I
  • リガンド: 11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid

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超分子 #1: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation

超分子名称: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptomyces chartreusis NRRL 3882 (バクテリア)

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分子 #1: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I

分子名称: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces chartreusis NRRL 3882 (バクテリア)
分子量理論値: 178.383562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPDEEKLQKY LRKVTAELQQ ARRRLAAAES QSQEPIAVLG IGCRFPGGVR SPEDLWDLVD SGGDAVGGLP AGRGWQAGSA LDGVNAGFI HGVEEFDPYF FGLDPVEAAA MDPQQRLLLE TTWEAFERAG IDPVAARGSR TAVYAGVQFG GYPLLMREAP P PQVLDHLG ...文字列:
MPDEEKLQKY LRKVTAELQQ ARRRLAAAES QSQEPIAVLG IGCRFPGGVR SPEDLWDLVD SGGDAVGGLP AGRGWQAGSA LDGVNAGFI HGVEEFDPYF FGLDPVEAAA MDPQQRLLLE TTWEAFERAG IDPVAARGSR TAVYAGVQFG GYPLLMREAP P PQVLDHLG LGNSVGAASG RLAYQFGLLG GAVTVDTQCT SSIVALHLAV KALRNGECAL ALAGGACVMS LPTVLMDFHR RS LLAPDGR SKSFAAAADG VSLAEGAGML LLERLSDARR NGHPVMAVIR GTAINQDGAT NGIISPSGRA QERVIRAALA DGR VTADSV DAVEGHGVGA TLGDGVEVTS LLSTYGQERP AGRPLLLGSV KSNIGHTQTV GAVAGIVKLV MALRNERLPR TVHV DGPTP HADWSSGTVR LLTEPEPWRR GERVRRAGLT CLTLSGTNGH LILEEPPADE PAARPANPER TVPLVLSAKS PTALR EQAE RLRATITAAE PVDVGHSLHT TRSSFRHRAV VLGTGREELA AGLDALAGDR TADGLVRGVA RAQGQTALLF GGAGDG TSG DRPADAEGPR TARGLYEAFP AFAEALDEVT EHLAGLLGPE VRAAVREPGP ACAEPTVVGQ AVAFALNTAL HRLLTAF AV RPDATLGHGA GEVAAAYAAG ALSLADGAAL VTALGRITER VATGPGASVW VRATEDEVRA ALSGSQEQVG AAVAAVDE P GTTVVSGDAG AVARVAAHWR AHGRATGAPR PARLLLSPDD EQAALAELRA IVAGLAFREP EVPLLSTVTG QPVEPAELR SAEHWLDHLR GPTRFLDGVR RLRTDGVTRL VGLDLSGDLT GPAGRSAAGF GEPGRPLLLA SVPGGGRPPG QALLSALGEL HTDGVAIDW SQAFEGRGAR RVDLPTYPYQ KVRCWLVPPE PQVSVVAAPP HPLLGTALDL VDATGQSFTQ QLTPGQVAGV F GQQLYGTP VLPAGARLEW LLAAARHGSP DSAWTLTGIR LPGTVSAASG TPVALQTSRE DSGDGHRVRA FVKGPGTGGG RW AERGGAT VVPAVTRPAP DRVDPESLPE GLAELDVAEV YRRLWRQGSD YAEPLRVLRR VWLGGDEAVA LVGTADVPTG PSG WSRWAA VLEAAVQLAA LSGSGPRTPV SVDRLEVSGP PSEVVWLRVR HGADGAADAV VLSGEGVRLA AVQGLRLRPM AGRE PAGLA EAPLERHEVV WHALAEDGRP GAIGGGTGSW LVFSDDPERA AAWCDELALF GVPAVALAGE DAEGRDGTET VPVGT GDPD VVGKTFAELR ERGVTVAGLL VHDAGDAREP ASGADDPLDA ACRRGGRTLA LVRGFLQEYA EQTPRIVLCS AGAAAG LAG GPPHPAQAPL TALFTSLVWE HPELPCAQVD LDPAEDPPTV VSLLGQVMRL PGAGRLAVRG GRWFEARLER RPAPADR GE RLALRPDATY LVAGGDTRHA AAALEWLAAR GARSVVLAGA ESERGDLAGA RTTGHAGIER LEHVAVDLSS AADVARLA E LCADGRPPLR GVLLLPQPVA GGGLDELDGA RFGAELAGAL RGPVELTRRF TDVGLTGGTD FFVLSTSVVS LPGRAGTVV GSAADAFLTA LARHHRQAGL PVVAAAWGPW LESVDESDEA PAVAFAEAGV YPAPGGEMLD ALLPLPAAGE ADGSGEAGLA RVDWDRYLT AGHRPLPYTV LETRASYDEE KAPGFGQNRM

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分子 #2: 11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid

分子名称: 11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ONF
分子量理論値: 265.348 Da
Chemical component information

ChemComp-ONF:
11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.06 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141918
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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