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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35166 | |||||||||
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タイトル | Rubisco from Phaeodactylum tricornutum bound to PYCO1(452-592)リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Rubisco (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / phase separation / rubisco linker protein / condensation (凝縮) / pyrenoid (ピレノイド) / phaeodactylum tricornutum (フェオダクチラム) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) | |||||||||
生物種 | Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Oh ZG / Ang WSL / Bhushan S / Mueller-Cajar O | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: A linker protein from a red-type pyrenoid phase separates with Rubisco via oligomerizing sticker motifs. 著者: Zhen Guo Oh / Warren Shou Leong Ang / Cheng Wei Poh / Soak-Kuan Lai / Siu Kwan Sze / Hoi-Yeung Li / Shashi Bhushan / Tobias Wunder / Oliver Mueller-Cajar / 要旨: The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as ...The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as pyrenoids in the majority of eukaryotic microalgae. Diatoms dominate marine photosynthesis, but the interactions underlying their pyrenoids are unknown. Here, we identify and characterize the Rubisco linker protein PYCO1 from . PYCO1 is a tandem repeat protein containing prion-like domains that localizes to the pyrenoid. It undergoes homotypic liquid-liquid phase separation (LLPS) to form condensates that specifically partition diatom Rubisco. Saturation of PYCO1 condensates with Rubisco greatly reduces the mobility of droplet components. Cryo-electron microscopy and mutagenesis data revealed the sticker motifs required for homotypic and heterotypic phase separation. Our data indicate that the PYCO1-Rubisco network is cross-linked by PYCO1 stickers that oligomerize to bind to the small subunits lining the central solvent channel of the Rubisco holoenzyme. A second sticker motif binds to the large subunit. Pyrenoidal Rubisco condensates are highly diverse and tractable models of functional LLPS. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35166.map.gz | 47.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35166-v30.xml emd-35166.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35166.png | 152 KB | ||
その他 | emd_35166_additional_1.map.gz emd_35166_half_map_1.map.gz emd_35166_half_map_2.map.gz | 56.4 MB 47.9 MB 47.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35166 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.858 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_35166_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35166_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35166_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylu...
全体 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylum tricornutum |
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要素 |
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-超分子 #1: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylu...
超分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylum tricornutum タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻) / 株: Pt 1 8.6 CCMP 2561 |
分子量 | 理論値: 550 kDa/nm |
-分子 #1: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase
分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻) |
配列 | 文字列: MSQSVSERTR IKSDRYESGV IPYAKMGYWD AAYAVKNTDV LALFRIT(HYP)QP GVDPVEAAAA VAGESSTATW TVVWTD LLT ACDRYRAKAY RVDPVPNTTD QYFAFIAYE(CSO) DLFEEGSLAN LTASIIGNVF GFKAVSALRL EDMRIPHSYL (LYO)TFQG(HYP) ...文字列: MSQSVSERTR IKSDRYESGV IPYAKMGYWD AAYAVKNTDV LALFRIT(HYP)QP GVDPVEAAAA VAGESSTATW TVVWTD LLT ACDRYRAKAY RVDPVPNTTD QYFAFIAYE(CSO) DLFEEGSLAN LTASIIGNVF GFKAVSALRL EDMRIPHSYL (LYO)TFQG(HYP)ATG VIVERERLNK YGIPL(HLU)GATV KPKLGLSGKN YGRVVYEGL(LYO) GGLDFL(KCX)DDE N INSQPFMR WRERFLYCME GINRASAATG ETKGSYLNIT AGTMEEVYKR AEYAKTVGSI VVMIDLVMGY TAIQSAAIWA RD NDLILHL HRAGNSTYAR QKNHGINFRV ICKWMRMCGV DHIHAGTVVG KLEGDPLMI(M3L) GFYDTLLLTH LNVNLPYGI FFEMTWASLR KCMPVASGGI HCGQMHQLVH YLGDDVVLQF GGGTIGHPDG IQAGATANRV ALEAMILARN EGADYFNSDI GPQILRNAA KTCGPLQTAL DLWKDISFNY TSTDTSDFSV TPTANV |
-分子 #2: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small chain
分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻) |
配列 | 文字列: MRLTQGCFSF LPDLTDQQIE KQIAYCITKG WAMNVEWTDD PHPRNSYWEL WGLPLFDVKD PASVMFELRE ARKSCAAGYI RINAFNAAY GTESCVMSFI VNRPSNEPGF YLERQELEGR RIAYTTKSYS VQANPEGGRY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM Tris pH 8.0 20 mM NaCl | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.6 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted for 2 sec with blot force of 1.. | |||||||||
詳細 | 0.5 mg/mL Rubisco |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Gatan EF |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8861 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 10 frames per second |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 3354751 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: Rigid body docking with Rubisco from similar species. |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) 詳細: Initial model was built in situ in Relion using Initial model generation |
最終 3次元分類 | クラス数: 30 / 平均メンバー数/クラス: 8659 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Final 2D classification used 259,796 particles. |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 30 想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 259796 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Coot was used for model building |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |