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- EMDB-3494: Structure of the 30S Pre-Initiation Complex 1 (30S IC-1) Stalled ... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3494
タイトルStructure of the 30S Pre-Initiation Complex 1 (30S IC-1) Stalled by GE81112
マップデータ
試料
  • 複合体: 30S Pre-Initiation Complex Stalled by GE81112
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / ribosomal small subunit binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / chaperone-mediated protein folding ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / ribosomal small subunit binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of translational initiation / translational initiation / regulation of mRNA stability / translation initiation factor activity / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / regulation of translation / リボソーム生合成 / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / molecular adaptor activity / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor 3 ...Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KHドメイン / Type-2 KH domain profile. / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Translation initiation factor IF-3 / Translation initiation factor IF-2 / Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 ...30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Translation initiation factor IF-3 / Translation initiation factor IF-2 / Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) / Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å
データ登録者Lopez-Alonso JP / Fabbretti A / Kaminishi T / Iturrioz I / Brandi L / Gil Carton D / Gualerzi C / Fucini P / Connell S
資金援助 イタリア, スペイン, 4件
OrganizationGrant number
European UnionQLRT- 2001-00892 イタリア
Marie Curie Action Career Integration GrantPCIG14-GA-2013-632072 スペイン
Marie Curie Actions; COFUND スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2014-55907-R スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2017
タイトル: Structure of a 30S pre-initiation complex stalled by GE81112 reveals structural parallels in bacterial and eukaryotic protein synthesis initiation pathways.
著者: Jorge P López-Alonso / Attilio Fabbretti / Tatsuya Kaminishi / Idoia Iturrioz / Letizia Brandi / David Gil-Carton / Claudio O Gualerzi / Paola Fucini / Sean R Connell /
要旨: In bacteria, the start site and the reading frame of the messenger RNA are selected by the small ribosomal subunit (30S) when the start codon, typically an AUG, is decoded in the P-site by the ...In bacteria, the start site and the reading frame of the messenger RNA are selected by the small ribosomal subunit (30S) when the start codon, typically an AUG, is decoded in the P-site by the initiator tRNA in a process guided and controlled by three initiation factors. This process can be efficiently inhibited by GE81112, a natural tetrapeptide antibiotic that is highly specific toward bacteria. Here GE81112 was used to stabilize the 30S pre-initiation complex and obtain its structure by cryo-electron microscopy. The results obtained reveal the occurrence of changes in both the ribosome conformation and initiator tRNA position that may play a critical role in controlling translational fidelity. Furthermore, the structure highlights similarities with the early steps of initiation in eukaryotes suggesting that shared structural features guide initiation in all kingdoms of life.
履歴
登録2016年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2019年11月13日-
現状2019年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0747
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.0747
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5me0
  • 表面レベル: 0.0747
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0747 / ムービー #1: 0.0747
最小 - 最大-0.083444044 - 0.34673113
平均 (標準偏差)0.005679719 (±0.031103546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 363.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.022.022.02
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.600363.600363.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0830.3470.006

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_3494_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_3494_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_3494_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : 30S Pre-Initiation Complex Stalled by GE81112

全体名称: 30S Pre-Initiation Complex Stalled by GE81112
要素
  • 複合体: 30S Pre-Initiation Complex Stalled by GE81112
    • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-1
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-2
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-3
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-3
    • RNA: fMet-tRNA
  • リガンド: N-FORMYLMETHIONINEN-ホルミルメチオニン

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超分子 #1: 30S Pre-Initiation Complex Stalled by GE81112

超分子名称: 30S Pre-Initiation Complex Stalled by GE81112 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 497.404969 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC G(PSU)GCCAGCAG CC(G7M)CGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUU A AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACU GCAUCUGAUA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG A UACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UA AGUCGAC CGCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGU GGUUUA AUUCGAU(2MG)(5MC)A ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUG UGC CUUCGGGAAC CGUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACG AG CGCAACCCUU AUCCUUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUG G GGAUGACGUC AAGUCAUCAU G(2MG)CCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCG ACCU CGCGAGAGCA AGCGGACCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAA UCG CUAGUAAUCG UGGAUCAGAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCG(4OC)C CGU(5MC)ACACC AUGGGAGUGG GUUGCAAAAG AAGUAGGUAG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCG(UR3)AAC AAGGUAACCG UAGG(2MG)G(MA6)(MA6)CC UGCGGUUGGA UCA

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分子 #26: fMet-tRNA

分子名称: fMet-tRNA / タイプ: rna / ID: 26 / 詳細: Taken from PDB entry 3JCN / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 24.818893 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 26.78167 KDa
配列文字列: MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH ...文字列:
MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH EHIAIKEANN LGIPVFAIVD TNSDPDGVDF VIPGNDDAIR AVTLYLGAVA ATVREGRSQD LASQAEESFV EA E

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 26.031316 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.211058 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EE

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 17.637445 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFGS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE SIVYSALETL AQRSGKSELE AFEVALENVR PTVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWIVEAAR KRGDKSMALR LANELSDAAE NKGTAVKKRE DVHRMAEANK AFAHYRW

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.88627 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGNGKIVI NQRSLEQYFG RETARMVVRQ PLELVDMVEK LDLYITVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRSELR KAGFVTRDAR QVERKKVGLR KARRRPQFSK R

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.870975 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPHN GCRPPKKRRV

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.683053 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVK(D2T)L PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RPKA

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.128467 KDa
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.60656 KDa
配列文字列:
MAKQSMKARE VKRVALADKY FAKRAELKAI ISDVNASDED RWNAVLKLQT LPRDSSPSRQ RNRCRQTGRP HGFLRKFGLS RIKVREAAM RGEIPGLKKA SW

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.290816 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.464126 KDa
配列文字列:
MTPDSVPRWG PVVLFTQEDV MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISD RVAALIKEVN KAA

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.455355 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE KAVESGDKKP LRTWSRRSTI FPNMIGLTIA VHNGRQHVPV FVTDEMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADKKA KKK

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.708464 KDa
配列文字列:
MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 8.524039 KDa
配列文字列:
MPVIKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRRREFYEK PTTERKRAKA SAVKRHAKKL ARENARRTRL Y

+
分子 #22: Translation initiation factor IF-1

分子名称: Translation initiation factor IF-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 詳細: Taken from PDB entry 1HR0 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 8.247664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKEKDTIRT EGVVTEALPN ATFRVKLDSG PEILAYISGK MRMHYIRILP GDRVVVEITP YDPTRGRIVY RK

+
分子 #23: Translation initiation factor IF-2

分子名称: Translation initiation factor IF-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: Taken from PDB entry 3JCN / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 97.498164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDVTIKTLA AERQTSVERL VQQFADAGIR KSADDSVSAQ EKQTLIDHLN QKNSGPDKLT LQRKTRSTLN IPGTGGKSKS VQIEVRKKR TFVKRDPQEA ERLAAEEQAQ REAEEQARRE AEESAKREAQ QKAEREAAEQ AKREAAEQAK REAAEKDKVS N QQDDMTKN ...文字列:
MTDVTIKTLA AERQTSVERL VQQFADAGIR KSADDSVSAQ EKQTLIDHLN QKNSGPDKLT LQRKTRSTLN IPGTGGKSKS VQIEVRKKR TFVKRDPQEA ERLAAEEQAQ REAEEQARRE AEESAKREAQ QKAEREAAEQ AKREAAEQAK REAAEKDKVS N QQDDMTKN AQAEKARREQ EAAELKRKAE EEARRKLEEE ARRVAEEARR MAEENKWTDN AEPTEDSSDY HVTTSQHARQ AE DESDREV EGGRGRGRNA KAARPKKGNK HAESKADREE ARAAVRGGKG GKRKGSSLQQ GFQKPAQAVN RDVVIGETIT VGE LANKMA VKGSQVIKAM MKLGAMATIN QVIDQETAQL VAEEMGHKVI LRRENELEEA VMSDRDTGAA AEPRAPVVTI MGHV DHGKT SLLDYIRSTK VASGEAGGIT QHIGAYHVET ENGMITFLDT PGHAAFTSMR ARGAQATDIV VLVVAADDGV MPQTI EAIQ HAKAAQVPVV VAVNKIDKPE ADPDRVKNEL SQYGILPEEW GGESQFVHVS AKAGTGIDEL LDAILLQAEV LELKAV RKG MASGAVIESF LDKGRGPVAT VLVREGTLHK GDIVLCGFEY GRVRAMRNEL GQEVLEAGPS IPVEILGLSG VPAAGDE VT VVRDEKKARE VALYRQGKFR EVKLARQQKS KLENMFANMT EGEVHEVNIV LKADVQGSVE AISDSLLKLS TDEVKVKI I GSGVGGITET DATLAAASNA ILVGFNVRAD ASARKVIEAE SLDLRYYSVI YNLIDEVKAA MSGMLSPELK QQIIGLAEV RDVFKSPKFG AIAGCMVTEG VVKRHNPIRV LRDNVVIYEG ELESLRRFKD DVNEVRNGME CGIGVKNYND VRTGDVIEVF EIIEIQRTI A

+
分子 #24: Translation initiation factor IF-3

分子名称: Translation initiation factor IF-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 詳細: Taken from PDB entry 1TIF / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
分子量理論値: 19.717984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SKDFIINEQI RAREVRLIDQ NGDQLGIKSK QEALEIAARR NLDLVLVAPN AKPPVCRIMD YGKFRFEQQK KEKEARKKQK VINVKEVRL SPTIEEHDFN TKLRNARKFL EKGDKVKATI RFKGRAITHK EIGQRVLDRL SEACADIAVV ETAPKMDGRN M FLVLAPKN DNK

+
分子 #25: Translation initiation factor IF-3

分子名称: Translation initiation factor IF-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: Taken from PDB entry 2IFE / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.667477 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSLREALEKA EEAGVDLVEI SPNAEPPVCR IMDYGKFLYE KSKSSKEQKK KQKVIQVKEI KFRPGTDEGD YQVKLRSLIR FLEEGDKAK ITLRFRGREM AHQQIGMEVL NRVKDDLQEL AVVESFPTKI EGRQMIMVLA PKKKQ

+
分子 #27: N-FORMYLMETHIONINE

分子名称: N-FORMYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / : FME
分子量理論値: 177.221 Da
Chemical component information

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.7
構成要素:
濃度名称
10.0 mMTrisHClTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
7.0 mMMgCl2Magnesium chloride
60.0 mMCH3CO2NH4Ammonium acetate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率(補正後): 74183 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 261 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 17.0 e/Å2

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 174142
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Previous empty 30S volume obtained in our lab.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 23112
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain


chain_id: v

chain_id: b

chain_id: W

chain_id: A, residue_range: 90-180

chain_id: A, residue_range: 3-78
詳細The fitting of the model to the EM volume was performed through rigid body fitting. The head and the body of the 30S were treated as independent bodies. Due to the low resolution of the volume, the conformation of the linking bases was not minimized. In addition, some of the clashes of the model are produced by flexible loops or protein side chains that were not refined.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5me0:
Structure of the 30S Pre-Initiation Complex 1 (30S IC-1) Stalled by GE81112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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