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- EMDB-34791: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34791
タイトルDoublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT
マップデータdoublet microtubule, WT zebrafish sperm axoneme
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Yamaguchi H / Kikkawa M
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H02502 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04762 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121002j001 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Calaxin stabilizes the docking of outer arm dyneins onto ciliary doublet microtubule in vertebrates.
著者: Hiroshi Yamaguchi / Motohiro Morikawa / Masahide Kikkawa /
要旨: Outer arm dynein (OAD) is the main force generator of ciliary beating. Although OAD loss is the most frequent cause of human primary ciliary dyskinesia, the docking mechanism of OAD onto the ciliary ...Outer arm dynein (OAD) is the main force generator of ciliary beating. Although OAD loss is the most frequent cause of human primary ciliary dyskinesia, the docking mechanism of OAD onto the ciliary doublet microtubule (DMT) remains elusive in vertebrates. Here, we analyzed the functions of Calaxin/Efcab1 and Armc4, the two of five components of vertebrate OAD-DC (docking complex), using zebrafish spermatozoa and cryo-electron tomography. Mutation of caused complete loss of OAD, whereas mutation of caused only partial loss of OAD. Detailed structural analysis revealed that OADs are tethered to DMT through DC components other than Calaxin, and that recombinant Calaxin can autonomously rescue the deficient DC structure and the OAD instability. Our data demonstrate the discrete roles of Calaxin and Armc4 in the OAD-DMT interaction, suggesting the stabilizing process of OAD docking onto DMT in vertebrates.
履歴
登録2022年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2023年4月26日-
現状2023年4月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈doublet microtubule, WT zebrafish sperm axoneme
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 1000.0
最小 - 最大-673.7715 - 2549.0269
平均 (標準偏差)805.615 (±235.76212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 1105.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34791_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: combined with radial spokes, masked

ファイルemd_34791_additional_1.map
注釈combined with radial spokes, masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map1, unmasked

ファイルemd_34791_half_map_1.map
注釈half map1, unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2, unmasked

ファイルemd_34791_half_map_2.map
注釈half map2, unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT

全体名称: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT

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超分子 #1: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT

超分子名称: Doublet microtubule of zebrafish sperm axoneme, WT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 株: TL / 器官: testis / 組織: spermatozoa / Organelle: flagella / 細胞中の位置: axoneme

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
詳細: 30 mM HEPES at pH 7.2, 5 mM MgSO4, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, and 50 mM CH3COOK
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 15000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 35 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.45 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 7 / 使用した粒子像数: 3884 / 参照モデル: EMD-6954
ソフトウェア: (名称: IMOD (ver. 4.12.10), PEET (ver. 1.15.0))
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15.0) / 使用したサブトモグラム数: 2822
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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