[日本語] English
万見
- EMDB-34604: Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34604
タイトルImmune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
マップデータImmune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
試料
  • 複合体: SARS-CoV-1 2P in complex with W328-6H2 Fab
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1-2P
    • 複合体: W328-6H2 Fab
キーワードComplex / SARS-CoV-1 (SARSコロナウイルス) / antibody (抗体) / Homo sapiens (ヒト) / RBD / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Zhu JY / Zhou BN
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentE1l0511ZX 中国
Other governmentE1XT2611FT 中国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Dissecting the intricacies of human antibody responses to SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 infection.
著者: Ruoke Wang / Yang Han / Rui Zhang / Jiayi Zhu / Xuanyu Nan / Yaping Liu / Ziqing Yang / Bini Zhou / Jinfang Yu / Zichun Lin / Jinqian Li / Peng Chen / Yangjunqi Wang / Yujie Li / Dongsheng ...著者: Ruoke Wang / Yang Han / Rui Zhang / Jiayi Zhu / Xuanyu Nan / Yaping Liu / Ziqing Yang / Bini Zhou / Jinfang Yu / Zichun Lin / Jinqian Li / Peng Chen / Yangjunqi Wang / Yujie Li / Dongsheng Liu / Xuanling Shi / Xinquan Wang / Qi Zhang / Yuhe R Yang / Taisheng Li / Linqi Zhang /
要旨: The 2003 severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) causes more severe disease than SARS-CoV-2, which is responsible for COVID-19. However, our understanding of antibody response to ...The 2003 severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) causes more severe disease than SARS-CoV-2, which is responsible for COVID-19. However, our understanding of antibody response to SARS-CoV-1 infection remains incomplete. Herein, we studied the antibody responses in 25 SARS-CoV-1 convalescent patients. Plasma neutralization was higher and lasted longer in SARS-CoV-1 patients than in severe SARS-CoV-2 patients. Among 77 monoclonal antibodies (mAbs) isolated, 60 targeted the receptor-binding domain (RBD) and formed 7 groups (RBD-1 to RBD-7) based on their distinct binding and structural profiles. Notably, RBD-7 antibodies bound to a unique RBD region interfaced with the N-terminal domain of the neighboring protomer (NTD proximal) and were more prevalent in SARS-CoV-1 patients. Broadly neutralizing antibodies for SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, and bat and pangolin coronaviruses were also identified. These results provide further insights into the antibody response to SARS-CoV-1 and inform the design of more effective strategies against diverse human and animal coronaviruses.
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_34604.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0202
最小 - 最大-0.028504193 - 0.058226645
平均 (標準偏差)0.0002484983 (±0.0043682037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 424.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD...

ファイルemd_34604_half_map_1.map
注釈Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD...

ファイルemd_34604_half_map_2.map
注釈Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-CoV-1 2P in complex with W328-6H2 Fab

全体名称: SARS-CoV-1 2P in complex with W328-6H2 Fab
要素
  • 複合体: SARS-CoV-1 2P in complex with W328-6H2 Fab
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1-2P
    • 複合体: W328-6H2 Fab

-
超分子 #1: SARS-CoV-1 2P in complex with W328-6H2 Fab

超分子名称: SARS-CoV-1 2P in complex with W328-6H2 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Immune complex of W328-6H2 Fab binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1-2P

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1-2P / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: SARS-CoV-1 2P
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)

-
超分子 #3: W328-6H2 Fab

超分子名称: W328-6H2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: W328-6H2 Fab
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5x58

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る