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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34266 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human Pannexin1 with R217H congenital mutation. | |||||||||
マップデータ | human Pannexin 1 R217H mutant | |||||||||
試料 |
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キーワード | Pannexin1 / ATP release / large-pore ion channel / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / gap junction channel activity / ギャップ結合 / positive regulation of macrophage cytokine production / oogenesis / response to ATP ...Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / gap junction channel activity / ギャップ結合 / positive regulation of macrophage cytokine production / oogenesis / response to ATP / monoatomic cation transport / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / calcium ion transport / actin filament binding / cell-cell signaling / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / 小胞体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Hussain N / Penmatsa A | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into pore dynamics of human Pannexin isoforms. 著者: Hussain N / Apotikar A / Pidathala S / Mukherjee S / Burada AP / Sikdar SK / Vinothkumar KR / Penmatsa A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34266.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34266-v30.xml emd-34266.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34266_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34266.png | 68.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34266.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_34266_half_map_1.map.gz emd_34266_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gtsMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | human Pannexin 1 R217H mutant | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_34266_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_34266_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pannexin 1 (R217H)
全体 | 名称: Pannexin 1 (R217H) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pannexin 1 (R217H)
超分子 | 名称: Pannexin 1 (R217H) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: human isoform 1 of Pannexin. Expressed in plasma membranes involved in ATP release |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48 kDa/nm |
-分子 #1: Pannexin-1
分子 | 名称: Pannexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.074816 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAIAQLATEY VFSDFLLKEP TEPKFKGLRL ELAVDKMVTC IAVGLPLLLI SLAFAQEISI GTQISCFSPS SFSWRQAAFV DSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKFF PYILLLFAIL LYLPPLFWRF AAAPHICSDL KFIMEELDKV YNRAIKAAKS A RDLDMRDG ...文字列: MAIAQLATEY VFSDFLLKEP TEPKFKGLRL ELAVDKMVTC IAVGLPLLLI SLAFAQEISI GTQISCFSPS SFSWRQAAFV DSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKFF PYILLLFAIL LYLPPLFWRF AAAPHICSDL KFIMEELDKV YNRAIKAAKS A RDLDMRDG ACSVPGVTEN LGQSLWEVSE SHFKYPIVEQ YLKTKKNSNN LIIKYISCHL LTLIIILLAC IYLGYYFSLS SL SDEFVCS IKSGILRNDS TVPDQFQCKL IAVGIFQLLS VINLVVYVLL APVVVYTLFV PFRQKTDVLK VYEILPTFDV LHF KSEGYN DLSLYNLFLE ENISEVKSYK CLKVLENIKS SGQGIDPMLL LTNLGMIKMD VVDGKTPMSA EMREEQGNQT AELQ GMNID SETKANNGEK NARQRLLDSS C UniProtKB: Pannexin-1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Fresh solution containing detergent was prepared for every prep. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 milli amps for 60s | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: sequentially blotted for 2 and 3.5 seconds with a wait of 10 s.. | |||||||||||||||
詳細 | Sample is homoheptamer purified to homogeneity. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
特殊光学系 | 位相板: OTHER / 球面収差補正装置: None / 色収差補正装置: None / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Bioquantum with K2 camera |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1776 / 平均電子線量: 41.12 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |